国产IBV疫苗株核衣壳蛋白基因的亲缘关系

利用自行设计的引物Cx和Cs，通过RT－PCR方法分别扩增出鸡传染性支气管炎病毒（IBV）D41株，H120GD株、H120SH株、H52GD株等4个国产疫苗株和标准强毒M41－E4株完整的N基因cDNA,然后将其分别克隆到pGEM T-Easy或pMD 18-T载体中并测序。测序结果表明，这5个IBV毒株可分2组，其中D41株，H120GD株和H120SH株为一组，它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％－99．8％和99．0％－99．5％，而H52GD株与M41－E4株构成另一组，其核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％和99．5％；而2组之间的最大同源性仅为91．0％和93．2％。在系统发生进化树上，这2组分别位于不同的分支簇上。值得注意的是，国内的H52GD株与国外报道的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41－E4株以及国外报道的M41株在同一分支簇上。这一结果表明，国内的H52GD疫苗株与国外报道的H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41－E4株和M41株。     

国产IBV疫苗株膜蛋白基因的亲缘关系研究

利用自行设计的引物Wx和Ws，通过RT－PCR方法分别扩增出IBVD41株、H120GD株、H120SH株、H520GD株4个国产疫苗株和标准强素M41－E4株完整的M基因cDNA，然后将其分别克隆到pGMET－Easy或pMD18－T载体中。测序结果发现：这5个IBV毒株的M基因均为678bp，分别编码由225个氨基酸残基组成的多肽。序列分析表明：D41株、H120GD株和H120SH株M基因之间的核苷酸序列及推导氨基酸序列同源性均为100％，它们在系统发生进化树中处同一分支；而H52GD株和国内的M41－E4株和国外的M41株M基因之间的核苷酸及推导氨基酸序列同源性分别为99．9％和99．6％，它们之间的亲缘关系最近，在系统发生进化树上处另一个分支。     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H120疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了一对引物,通过RT-PCR特异性扩增出IBV H120疫苗株的S1基因,产物大小为1.62 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,H120株与H52、M41和BEAU株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为97.1 %、96.9 %和96.8 %,表明IBV H120疫苗株与标准毒株的S1基因具有高度的同源性.     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H120疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了一对引物，通过：RT-PCR特异性扩增出IBV H120疫苗株的S1基因，产物大小为1．62kb，与设计相符。同源性比较结果显示，H120株与H52、M41和BEAU株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为97．1％、96．9％和96．8％，表明IBV H120疫苗株与标准毒株的S1基因具有高度的同源性。     

嗜肾型鸡传染性支气管炎病毒W93疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）S1基因序列，设计了两对引物并以RT－PCR特异性扩增出嗜肾型IBV W93疫苗株的S1基因，基因产物大小为1.62kb，与设计相符，对其进行序列测定后，与标准毒株H52、H120、M41、BEAU株的S1基因进行同源性比较，结果表明，W93株与H52、H120、M41和BEAU株的核苷酸序列的同源性分别为96．8％、97．1％、96．9％和96．8％，由此可以看出嗜肾型IBV W93疫苗株与标准毒株在S1基因上具有高度的同源性。     

鸡传染性支气管炎病毒M41、4/91及疫苗株Ma5、H52、H120 N基因的克隆与序列分析

参照IBVN基因序列,设计一对引物通过RT-PCR扩出IBV标准强毒株株M41,传支变异株4/91和疫苗株Ma5、H52、H120的N蛋白基因序列,基因产物大小为1.23kb。序列分析结果表明,M41株与Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为92.2%～92.9%,而经4/91与M41、Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为91.2%～92.0%,结果表明这几个毒株N基因是相对保守的。     

4株IBV中国地方分离株部分结构基因变异的研究

本研究通过RT-PCR分别获得了4个国内IBV分离株的S1、M和N基因，并进行了克隆及测序。序列分析结果表明：HaN2-95株的S1、M和N基因核苷酸序列均与IBV H120疫苗株的同源性最高；尽管HaN1-95株的S1基因与IBV H52疫苗株的亲缘关系最近，但是该毒株的M基因和N基因却与IBV Gray株的同源性最高；GX1-98株的S1和M基因均与IBV H52疫苗株的亲缘关系最近，但其N基因却与IBV Gray株和Ark99株有高度的同源性；GX2-98株的S1基因却与IBV Holte株的亲缘关系最近。上述结果提示国内有些IBV分离株的出现可能与疫苗株的使用有关。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

传染性支气管炎DN-1分离株S1基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了1对引物,通过RT-PCR特异性扩增出DN-1株的S1基因,产物为1.7 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,DN-1株与H52、H120株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为99.7%、99.2%,表明IBV DN-1分离株与疫苗株的S1基因具有高度的同源性.     

传染性支气管炎病毒的分离及其S1基因高变区Ⅰ的遗传变异性分析

应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西某一鸡场两群分别为48日龄和7日龄疑患传染性支气管炎的鸡中分离到两株传染性支气管炎病毒(IBV)(分别命名为GX-NN1和GX-NN2);利用反转录-聚合酶链式反应技术对分离株S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)进行扩增并测定其核苷酸序列,以分析分离株遗传变异的情况。结果表明,两个分离毒株HVRⅠ核苷酸之间的同源性仅为76.3%,分离毒株与参考毒株的同源性在69.3%～99.1%之间;其中分离株GX-NN2与疫苗株H120、H52、Ma5、D41和标准株M41、Beaudette的同源性比较高(95.6%～99.1%),同属一个分支;而分离株GX-NN1则与这些参考毒株的同源性比较低(74.6%～75.4%),独自成为另一个分支。本研究的结果提示,广西养鸡业现场流行的IBV毒株已经发生了变异。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株M基因的分子特征

本实验根据已经发表的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）M基因序列设计并合成一对引物，利用RT－PCR扩增得到了IBM新疆分离株LX4株（HA价为2^7)M基因678bp的片段，将该片段克隆到PUC18载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析，PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger's双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了IBV－LX4株M基因的核苷酸序列，利用DNASIS分析软件，将它与GENBANK中发表的15株国外参考毒株相比较，发现核苷酸的同源性（除D1466和DE072外）为85％－92％，氨基酸的同源性为83％－92％，与国内参考株（H52－GD）相比分别为90％和92％，确证我们得到的克隆片段为IBV－LX4株的M基因，且含有两个糖基化位点，9个高度保守的半胱氨酸，三个跨膜区域，与国外的报道一致。     

鸡传染性支气管炎病毒国内分离株D971 mRNA3和mRNA4cDNA的分子特征

参照已发表的鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus，IBV)基因序列，设计合成了1对引物，经RT—PCR扩增得到了IBV国内分离株D971约1．3kb的片段，其中包含3a、3b、E及M蛋白基因的完整0RF，并将该片段进行了克隆和序列测定。与国内外部分IBV毒株序列比较表明：D9713a基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、GA／99和UK／66的3a基因核苷酸序列同源性在83％～89％之间，氨基酸序列同源性为77％～91％，其中与CU—T2毒株的同源性最低(分别为83％和77％)；3b基因与上述毒株的对应核苷酸序列同源性在85％～95％之间，氨基酸序列同源性为72％～96％，与CU—T2的同源性最高(分别为95％和96％)；E蛋白基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、Ark99、H52、Gray、GA／99和UK／66的核苷酸序列同源性在81％～86％之间，氨基酸序列同源性为74％～80％。不同毒株推导的E蛋白C末端表现不同特征，其中D971E蛋白C末端比CU—T2的时应区多9个氨基酸残基，而比本试验选用的其他参考毒株的相应区域短5～7个氨基酸残基。M基因与Cu—T2、DE072、Gray、M41、H120、H52、SD／97／02、LX4及D41的M基因核苷酸序列同源性在86％～91％之间，氨基酸序列同源性为85％～95％，其中与SD／97／02的同源性最高(分别为91％和95％)。对M蛋白的3个功能区进行序列比较发现，其N端第1～19位与SD／97／02的同源性最高，达90％，与CU—T2的同源性为80％，而与其他毒株同源性均低于61％；N端第20～100位含有3个跨膜蔬水区，D971与其他参考毒株比较，该部位第20～67位相对保守，其中与SD／97／02的同源性为100％，与其他毒株的同源性在97％以下；在推测的与核衣壳连接的C端，D971与SD／97／02在第101～182位同源性为100％，与疫苗株H52和H120及国内分离株LX4和D41的同源性为97％，而与本试验所选的国外参考毒株同源性在96％以下；在C端第184～219位D971与H52的同源性为100％，与H120和SD／97／02的同源性为97％，与其他毒株的同源性也在96％以下，而且在C末端第220～222及224位与上述国内外参考毒株均不同，国内外各毒株在该4个位点氨基酸为丙氨酸、苏氨酸、甘氨酸和丝氨酸，而D971M蛋白的该区域氨基酸突变为丝氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸，该突变是否与D971的生物学特性尤其是组织嗜性的变化相关还有待于进一步研究。以上结果表明，D971与SD／97／02亲缘关系较其他毒株为近，但其遗传衍化又与国内使用的疫苗株H52和H120具有一定的联系。从其mRNA3和mRNA4cDNA的序列分析来看，D971又具有独特的分子特征。     

IBV安徽分离株AH1-99M基因克隆及序列分析

利用RT-PCR技术成功扩增出IBV分离株AH1-99 M基因全长cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体上,获得该分离株M基因的重组质粒.序列分析结果表明,该分离株M基因全长共678个核苷酸,编码225个氨基酸;同其他IBV的核苷酸序列的同源性为87.2%～92.5%,氨基酸的同源性为89.8%～95.1%;在IBV M基因核苷酸进化关系树中,AH1-99株M基因与H120、M41、Beaudette以及多数国内分离株亲源关系较近.     

鸽源冠状病毒PSH中国分离株S1基因克隆及分子进化分析

对分离鉴定的鸽源冠状病毒PSH株纤突蛋白S1基因进行RT-PCR法扩增、克隆和序列测定分析.结果表明其S1基因由1 626个核苷酸组成,编码541个氨基酸,S蛋白的切割识别位点为精氨酸-精氨酸-苯丙氨酸-精氨酸-精氨酸（RRFRR）,与常见的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）S蛋白切割识别位点相似（RRF/SRR）.该病毒与火鸡蓝冠病病毒（TCV）Gh、G1株S1基因推导的氨基酸同源性仅为24.7%、25%,而与IBV H52、H120、M41、Beau、Conn、Gray、Hotel、SH1、SH2、SH5、SH6基因推导的氨基酸同源性在75.0%～99.6%,其中与SH2、SH5的氨基酸同源性更是达到了99.6%,进一步证明该冠状病毒可能来源于IBV.     

鸡传染支气管炎病毒H52、H120和M41株的PCR鉴别方法研究

根据GenBank发表的序列,对鸡传染性支气管炎病毒（IBV）H52、H120和M41株全基因组序列进行比较,设计并合成了两对特异性引物,其中一对引物能以M41株为模板,特异性扩增出1791bp的目的片断,从而特异鉴定IBVM41株;另一对引物能以H52株和H120株为模板,特异性扩增1700bp的目的片断,再用限制性内切酶NaeI对PCR产物进行酶切,H120株能够被切成1000bp和700bp两个片段,而H52株的PCR产物不存在该酶切位点,从而能区分H52株和H120株。本研究建立的PCR方法和技术具有快速、简单、特异性强等优点,可用于IBVH52、H120和M41株活疫苗的分子鉴别。     

肾型鸡传染性支气管炎病毒X株S1基因序列的测定及同源性分析

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒 (IBV) S1基因序列 ,设计了 2对引物并以 RT- PCR特异性扩增出IBV X株的 S1基因 ,基因产物大小为 1.6 4kb,与设计相符 ,对其进行序列测定后 ,与标准毒株 H5 2、H12 0、M41、BEAU和澳大利亚 T株的 S1基因进行同源性比较。结果表明 ,X株与 H5 2、H12 0、M41、BEAU和澳大利亚 T株的核苷酸序列的同源性分别为 75 .8%、76 .1%、76 .3%、75 .5 %和 76 .9%,由此可以看出 ,IBV X株与标准毒株在 S1基因上存在较大差异。     

鸡传染性支气管炎病毒SD03株N基因的克隆、序列分析及N蛋白理化性质分析

试验旨在确定国内鸡肾型传染性支气管炎病毒(IBV)流行毒株核蛋白N与市场上现用疫苗株、近年国内外分离株的差异性.本研究利用自山东某鸡场病鸡肾脏组织分离获得、经PCR鉴定为IBV阳性的毒株(命名为SD03株),参考NCBI上部分IBV毒株N基因的保守区域设计引物,进行RT-PCR扩增,构建重组pMD18-T-N/DH5α菌,测序获得N基因序列.与参考株进行了核苷酸及氨基酸同源性分析,结合DNAStar软件与http://www.expasy.org/网站对该基因编码的蛋白进行理化性质分析.结果显示,SD03株为IBV肾型毒株,与LDT3、partridge/GD/S14/2003毒株(肾型)核苷酸及氨基酸同源性均在99.0%以上.与其他国内外肾型经典毒株Ma5、W93、Gray、Holte株氨基酸同源性为90.0%～94.6%,与国内外呼吸型疫苗株H120、H52、M41氨基酸同源性为89.7%～91.0%.本研究深入分析了当前流行株SD03株N蛋白的理化特性,为N蛋白亚单位疫苗在不同系统中表达及蛋白纯化提供了理论依据,为中国现阶段IBV的防控奠定了一定的理论基础.     

鸡传染性支气管炎病毒BD01株S1基因的特性分析

用RT-PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒(IBV)DB01株S1基因,获得了约1.7 kb的基因序列,利用DNAMan软件对DB01株S1基因的核苷酸和氨基酸序列与标准疫苗株H120、H52和M41进行比较.结果表明,其同源性均低于80%,亲缘关系比较远.在DB01的S1蛋白氨基酸序列上出现了5个新的糖基化位点,1个糖基化位点丢失,其中有3个变异位点在抗原表位上.亲水性也发生了较大变化.     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株S1基因的克隆与序列测定

根据基因库中收录的鸡传染性支气管炎病毒 (IBV)S1基因的序列 ,设计了一对引物并采用RT -PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒HN99株的S1基因 ,扩增产物进行了克隆、测序 ,获得了IBVHN99株S1基因片段 ,其大小为1 739bp(含前导序列 ) ,其核苷酸序列与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte的S1基因核苷酸序列同源性较低 ,分别为 79.1 %,79.2 %,77.3%,77.8%,79 .4%,有大量的点突变并伴有基因插入和缺失 ;IBVHN99株的S1基因推导的氨基酸与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte株氨基酸的同源性分别为80 .1 %,79.9%,79.5%,78.5%,78.5%,经S1基因系统进化分析 ,提示IBVHN99株与其它各毒株的亲缘关系较远 ,初步证实IBVHN99株为一新的IBV毒株