甘油脱水酶结构基因(gldABC)克隆及序列分析

以肺炎克雷伯氏菌As1.1736的基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到了目的基因(gldABC)并将该基因克隆到pMD19-TSimple载体。通过对该基因的序列分析,甘油脱水酶(gldABC)结构基因的全长为2816bp,由三个独立的开放阅读框架组成,三个独立的读码框分别由1668、585、426bp组成,分别编码556、195、142个氨基酸。通过BLAST同源性分析,该基因与GenBank中已发表的gldABC基因(U60992)的核苷酸序列同源性为99.39%。氨基酸的同源性为100%。     

南方红豆杉GGPP合酶基因的克隆与生物信息学分析

根据GeneBank中公布的GGPPS基因保守区设计特异引物,克隆南方红豆杉GGPPS基因的DNA和cDNA序列,并通过生物信息学方法对其核苷酸序列和蛋白质结构进行分析预测。结果表明,GGPPS基因DNA和cDNA序列都为1 182 bp,DNA序列中无内含子,cDNA序列为一个编码393个氨基酸残基的开放式阅读框;GGPPS的理论相对分子质量为42 590,等电点为5.68。核苷酸同源性分析显示,它与Taxus canadensis(AF081514)同源性为98.8%;推导出的氨基酸序列与Taxus canadensis(AAD16018)同源性达99.0%。利用Protparam、SignalP、ProtScale、SOPMA、Swiss-Modeling、Scan Prosite和MEGA4.0等生物信息学工具分别对其理化性质、信号肽、疏水性、亲水性、二级结构、三级结构和进化树进行分析,为其功能研究和生物合成紫杉醇研究提供分子基础。     

钝裂银莲花Actin基因片段的克隆与序列分析

提取钝裂银莲花叶片中的基因组DNA,用来克隆其Actin基因序列片段,为研究其生理功能及其他基因在钝裂银莲花中的表达和调控奠定基础。根据GenBan中登录的植物肌动蛋白基因同源核苷酸保守序列设计简并引物。以钝裂银莲花叶片总DNA为模板,利用RT—PCR技术获得了3个Actin基因片段。序列分析表明,3个Actin基因片段长为780bp,含有一段内含子,第一段外显子编码128个氨基酸,具有2个Actin基因的功能位点;与其他植物同源序列进行分析表明,其核苷酸序列同源性在81%-90％之间,氨基酸序列同源性在95％-100％之间。第二段外显子编码84个氨基酸,与其他植物同源性序列进行分析表明其氨基酸序列同源性在94％-99％之间。本研究中得到的3个基因序列是Actin基因的同源片段,分别命名为AOACTI,AOACT2,AOACT3。     

云南烟草中烟草花叶病毒株系比较与分析

利用TAS-ELISA方法对采自云南不同烟草种植区的710份花叶病样进行检测,其中546份样品与TMV抗体呈阳性反应。根据地理分布的差异,选择了38个代表性分离物进行TMV外壳蛋白基因的IC-RT-PCR扩增、克隆和测序。测序分析表明,38个TMV cp基因核苷酸序列相似性在95%~100%之间,其推导的氨基酸序列同源性为97.5%~100%。云南不同TMV分离物与TMV-U1、TMV-Fujian核苷酸相似性大于90%,其系统关系与TMV-U1和TMV-Fujian分离物聚为一簇,研究表明云南38个烟草分离物均属于TMV-U1株系。      

天然无咖啡碱茶叶N-甲基转移酶基因克隆与序列分析

本研究以天然无咖啡碱南昆山毛叶茶为主要研究材料,以不同咖啡碱含量的英红9号茶树品种和红山茶等山茶属植物为对照,采用RT-PCR技术,克隆获得南昆山毛叶茶、英红9号和福云6号茶树品种的NMT基因全长,分别编码365、369和369个氨基酸。序列比较分析表明南昆山毛叶茶NMT基因与其它茶树NMT基因的核苷酸序列同源性高于86.5%,氨基酸序列同源性高于86.3%,并包含了六个保守序列、三个SAM结合区A、B’、C及一个保守域VFFF。基于同源性比较,推测核苷酸序列的差异可能是导致南昆山毛叶茶NMT基因活性改变、影响茶树体内咖啡碱代谢的原因之一。     

茶叶多酚氧化酶基因克隆与序列分析

以天然无咖啡碱南昆山毛叶茶、英红9号和福云6号三个茶树品种为研究材料,采用同源克隆法,根据已克隆的植物多酚氧化酶基因的序列分析,设计特异引物,从三个茶树品种中克隆获得多酚氧化酶基因全长,分别编码595、599和597个氨基酸。序列比较分析表明,茶树多酚氧化酶基因的核苷酸序列同源性高于92.6%,氨基酸序列同源性高于94.6%,并包含两个富含组氨酸的铜离子保守区域。     

大豆rbcL基因克隆、序列分析及原核表达

利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1488bp,包括1449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源性为85．37％～95．31％,氨基酸的同源性为90．87％-96．47％。将该基因与表达载体pET-30a（＋）连接,转化大肠杆菌Rosseta感受态细胞,PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,阳性菌液IPTG诱导后经10％SDS—PAGE分析,结果显示,诱导表达出分子量约为60kD的特异融合蛋白。     

黄花烟草K+通道基因NKCl克隆与序列分析

通过已知生物钾通道蛋白保守序列分析,设计兼并引物对钾饥饿处理的烟草幼根总RNA的反转录产物进行PCR扩增,分离到K 通道基因NKCl,该基因的cDNA阅读框由2481个核苷酸组成,编码的蛋白含有826个氨基酸(分子量为94.6KD),等电点为6.60;将核苷酸序列输入NCBI进行BlastX其同源序列大部分为高亲和K 转运体,与该基因同源性最高的是Solanum tuberosum钾通道基因SKT1,其氨基酸同源性为79%,预测该蛋白具有6个跨膜区域,采用同源模建方法预测了NKC蛋白活性区域的3维结构.同时,特异性转录分析发现NKCl基因在烟草幼根、叶片和花各器官均有表达,而以幼根组织中转录量最多;缺钾处理可显著诱导根系中NKC基因的转录,而高浓度NH4 处理对该基因的转录具有抑制作用,证实NKC基因在黄花烟草的钾吸收过程中起着重要作用.     

黄花烟草K^＋通道基因NKC1克隆与序列分析

通过已知生物钾通道蛋白保守序列分析,设计兼并引物对钾饥饿处理的烟草幼根总RNA的反转录产物进行PCR扩增,分离到K^＋通道基因NKC1,该基因的cDNA阅读框由2481个核苷酸组成,编码的蛋白含有826个氨基酸（分子量为94.6KD）,等电点为6.60;将核苷酸序列输入NCBI进行BlastX其同源序列大部分为高亲和K＋转运体,与该基因同源性最高的是Solanum tuberosum钾通道基因SKT1,其氨基酸同源性为79%,预测该蛋白具有6个跨膜区域,采用同源模建方法预测了NKC蛋白活性区域的3维结构。同时,特异性转录分析发现NKC1基因在烟草幼根、叶片和花各器官均有表达,而以幼根组织中转录量最多;缺钾处理可显著诱导根系中NKC基因的转录,而高浓度NH4^＋处理对该基因的转录具有抑制作用,证实NKC基因在黄花烟草的钾吸收过程中起着重要作用。     

狗头枣ACC I氧化酶基因的克隆及其序列分析

为利用RNAi技术开展调控乙烯合成延迟狗头枣果实成熟等研究,以狗头枣试管苗叶片的总DNA为模板,根据冬枣ACC I氧化酶基因的序列设计引物,通过PCR方法获得一长1 294 bp片段,序列分析结果表明,该片段具有4个外显子和3个内含,依次在106~201、430~541 bp与877~1 002 bp碱基处。此序列与冬枣ACC I氧化酶基因(EU216549.1)的核苷酸和氨基酸序列同源性均为99.69%,表明成功地克隆了狗头枣ACC I氧化酶基因。     

Rapid discrimination of Salmonella isolates by single-strand conformation polymorphism analysis

A molecular typing technique was developed for the differentiation of Salmonella isolates based on single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of amplicons generated by PCR. Amplicons from parts of the fimA (both the 5' and 3' ends), mdh, invA, and atpD genes were generated separately from a panel of Salmonella strains representing Salmonella bongori, and four subspecies and 17 serovars of Salmonella enterica. These amplicons were subjected to SSCP analysis for differentiation of the salmonellae on the basis of different conformational forms arising due to nucleotide sequence variations in the target genes. Several distinct SSCP banding patterns (a maximum of 14 each for atpD and fimA 3' end) were observed with this panel of Salmonella strains for amplicons generated from each target gene. The best discrimination of Salmonella subspecies and serovar was achieved from the SSCP analysis of a combination of at least three gene targets: atpD, invA, and either mdh or fimA 3' end. This demonstrates the applicability of SSCP analysis as an important additional method to classical typing approaches for the differentiation of foodborne Salmonella isolates. SSCP is simple to perform and should be readily transferable to food microbiology laboratories with basic PCR capability.     

芝麻黄花叶病病原的分子鉴定

从芝麻黄花叶病株上分离得到花生条纹病毒2个分离物（Peanut stripe virus sesame isolate,PStV-sel和PStV-se2）。提取感病芝麻叶片的总RNA,RT-PCR扩增外壳蛋白基因（cp）片段。序列测定结果显示,印基因含有861个核苷酸,编码分子量为32．4kDa的蛋白。2个株系cp基因与PStV其它株系核苷酸序列一致性为94．4％～99．9％,氨基酸序列一致性为93．7％～100％。株系间CP氨基酸序列系统进化树结果表明,芝麻PStV分离物与中国其它寄主来源的PStV株系处于同一进化分支。     

Sequencing and analysis of 51 kb on the right arm of chromosome XV from Saccharomyces cerevisiae reveals 30 open reading frames

We have sequenced a region of 51 kb of the right arm from chromosome XV of Saccharomyces cerevisiae. The sequence contains 30 open reading frames (ORFs) of more than 100 amino acid residues. Thirteen new genes have been identified. Thirteen ORFs correspond to known yeast genes. One delta element and one tRNA gene were identified. Upstream of the RPO31 gene, encoding the largest subunit of RNA polymerase III, lies a Abf1p binding site. The nucleotide sequence data reported in this paper are available in the EMBL, GenBank and DDBJ nucleotide sequence databases under the Accession Number X90518.     

北疆部分地区食源性大肠杆菌血清型、毒力基因及耐药基因的研究

目的研究北疆部分地区食源性大肠杆菌的优势血清型、毒力基因和耐药基因的相关性。方法采用玻片凝集法测定了大肠杆菌血清型分布,PCR方法调查11种耐药基因和9种毒力基因。结果血清试验,定型菌株26株,分别属于17种血清型,其中O1、O115为优势血清型;PCR结果表明,不含有所检测耐药基因的分离株占12.50%,至少含有2种以及以上的分离株占50.00%,分离株对blaOXA基因携带率高达57.14%;检出率较高的毒力基因为fimC(64.29%)和fimA(25.00%)。结论 O1、O115为主要的血清型,2种血清型菌株拥有的耐药基因谱和毒力基因谱不相同。     

Salt shock enhances the expression of ZrATP2, the gene for the mitochondrial ATPase beta subunit of Zygosaccharomyces rouxii

In the course of a study of cell wall proteins from the salt-tolerant yeast Zygosaccharomyces rouxii, a protein that increased its expression as the NaCl concentration of the culture medium increased was identified. Several degenerate primers were constructed based on partial amino acid sequences of this protein and were used in PCR amplification of a gene termed ZrATP2. The amino acid sequence deduced from nucleotide sequence of the gene revealed that ZrATP2 encodes the beta subunit of mitochondrial F1 ATPase. Northern blot analysis demonstrated that NaCl shock induced an elevation in ZrATP2 expression, which corresponded with the resumption of Z. rouxii cell growth after salt shock.     

Cloning and sequence analysis of the estA gene encoding enzyme for producing (R)-beta-acetylmercaptoisobutyric acid from Pseudomonas aeruginosa 1001

The estA gene encoding the enzyme that catalyzes the production of (R)-beta-acetylmercaptoisobutyric acid from (R,S)-ester from Pseudomonas aeruginosa 1001, was cloned in Escherichia coli and its nucleotide sequence was determined, revealing the presumed open reading frame encoding a polypeptide of 316 amino acid residues (948 nucleotides). The overall A + T and C + G compositions were 32.59% and 67.41%, respectively. The amino acid sequence of the estA gene product showed a significant similarity with that of the triacylglycerol lipase from Psychrobacter immobilis (38% identity), triacylglycerol lipase from Moraxella sp. (36% identity), and two forms of carboxyl esterases from Acinetobacter calcoaceticus (17% and 17% identities). The deduced amino acid sequences have a pentapeptide consensus sequence, G-X-S-X-G, having an active serine residue, and another active site, dipeptides H-G, located at 70-100 amino acids upstream of the G-X-S-X-G consensus sequence.     

巴斯德醋酸杆菌AC2005乙醇脱氢酶基因克隆与蛋白序列分析

以具有优良醋酸发酵性能的巴斯德醋酸杆菌AC2005基因组DNA为模板,利用PCR的方法分别克隆了编码乙醇脱氢酶亚基Ⅰ和乙醇脱氢酶亚基Ⅱ的基因adhA和adhB。序列分析表明,adhA与GenBank已报道的序列（accessio nnumber：D13893.1）具有94%的同源性,氨基酸序列同源性达98%;adhB与GenBank已报道的序列（accession number：D13893.1）同源性为93%,氨基酸序列同源性达97%。利用TMHMM 2.0软件,对乙醇脱氢酶跨膜结构进行了分析,发现乙醇脱氢酶亚基Ⅰ和乙醇脱氢酶亚基II均为膜结合蛋白。利用Swiss-Model在线软件模拟了巴斯德醋酸杆菌AC2005乙醇脱氢酶亚基I的三维立体结构。该研究对该酶的结构和功能的进一步分析提供了基础。     

四川凉山地区烟草黑胫病菌的ITS序列分析

本研究利用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增四川省凉山州不同地区的20株烟草黑胫病菌的ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序。结果表明,20个供试菌株的ITS1-5.8S-ITS2总长均为803 bp;各菌株之间的ITS序列同源性达到99.3%以上;与GenBank报道的寄生疫霉台湾烟草分离株Phytophthora parasitica(GU111675.1)的同源性在99.6%~100%之间;但各菌株ITS序列的个别位点存在突变,这些突变主要集中在ITS2区上,其中第468处的突变具有一定地域性,主要为德昌和西昌的菌株。利用MEGA6软件对20个供试菌株及GenBank中登陆的15个疫霉属菌株序列进行聚类分析,供试菌株与GenBank上登录的GU111675.1、KF010303.1、AJ854295.1、KC768775.1、L41383聚在同一聚类组上,均为Phytophthora parasitica(或Phytophthora nicotianae),其它疫霉种聚在不同的聚类组上,遗传关系较远,这表明来自四川凉山不同地区的20株烟草黑胫病分离菌株均为寄生疫霉(Phytophthora parasitica)。     

苦荞和甜荞二氢黄酮醇4-还原酶基因（Dfr）的克隆及序列分析

采用同源基因克隆的方法,以苦荞和甜荞叶片为材料,提取总RNA,经RT-PCR 扩增获得其二氢黄酮醇4- 还原酶基因(dfr)cDNA 序列,并通过T 载体克隆后测序。序列分析表明,获得了苦荞和甜荞dfr 的全长cDNA编码序列,其1026bp 的全长开放阅读框(ORF)均编码341 个氨基酸,并具典型的dfr 结构特征和功能模块。同源性分析显示,苦荞和甜荞与其他植物的dfr 基因核苷酸相似性为71%～98%;根据氨基酸序列构建系统进化树表明,二者与豆科、桑科和蔷薇科聚为一类。