AQP7基因内含子4多态性与郏县红牛生长性状的关联分析

本试验旨在研究郏县红牛AQP7基因内含子4的遗传变异,分析其遗传多态性对生长性状的影响。采用PCR-SSCP、DNA序列分析及生物信息学技术探讨郏县红牛AQP7基因内含子4的多态性及其与生长性状的关联情况。结果发现,郏县红牛AQP7基因内含子4存在A、B、C 3个等位基因,其基因频率依次为0.838、0.076、0.086;郏县红牛AQP7基因4种不同基因型与其体重和胸围有显著相关(P< 0.05),与其他指标不存在相关性(P> 0.05),且BC基因型个体的体重和胸围均显著大于其他3种基因型(P< 0.05)。暗示BC基因型是提高郏县红牛生长性状的有利基因型,AQP7基因内含子4的遗传多态性与郏县红牛的生长性状存在相关,因此可作为该品种生长性状分子标记辅助选择的候选基因。     

黄牛LYST基因InDel检测及其与生长性状的关联分析

以LYST基因作为候选基因,基于GeneBank提供的序列,以鲁西牛、南阳牛、秦川牛、郏县红牛4个品种共计602个个体为试验材料,利用DNA池测序结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对LYST基因的插入缺失(InDel)进行探索验证,并对不同个体进行基因分型,再结合体尺数据分析不同基因型与生长性状的关系。结果表明:(1)黄牛LYST基因的第44内含子上检测到一段InDel,片段长度为22bp;(2)LYST基因内含子区P2InDel突变位点在郏县红牛、秦川牛、鲁西牛群体中均存在II、ID、DD共3种基因型,而在南阳牛群体中仅存在野生纯合基因型DD和杂合子ID两种基因型,无II基因型存在;(3)LYST基因第28号内含子区InDel位点多态性与郏县红牛的体高、胸围、体重、重高比及体躯指数之间存在显著相关性,可以作为候选分子标记用于郏县红牛分子标记辅助选择。结论:本研究在LYST基因第28内含子发现一个能显著影响郏县红牛生长性状的22bp插入突变,该突变可作为郏县红牛生长性状的潜在分子标记。     

郏县红牛SREBP-1c基因84 bp缺失突变的检测及其对6个生长性状的影响

旨在研究牛SREBP-1c基因内含子7区域84bp缺失的遗传多态性及其对生长性状的影响。本试验以中国地方品种郏县红牛共计441头个体为实验动物,通过DNA测序技术和琼脂糖凝胶电泳方法检测该区域缺失突变的多态性。结果发现,在该突变位点检测到2种基因型:WW和WD型,等位基因W和D频率分别为0.8651和0.1349。He、Ne和PIC值都很低,说明在本突变位点遗传多态性不够丰富。该突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。该位点的多态性与郏县红牛6个生长性状指标关联分析显示,郏县红牛WD基因型个体在12、18、24月龄的体质量和胸围显著高于WW基因型个体(P0.01或P0.05),基因型WD个体在18、24月龄的体斜长显著高于WW基因型个体(P0.05),基因型WD个体在18月龄的平均日增体质量显著高于WW基因型个体(P0.01)。初步认为WD型是提高黄牛体质量和体尺指标性状的有利基因型。本研究结果表明,黄牛SREBP-1c基因内含子7区域84bp缺失位点可作为郏县红牛生长性状的潜在分子育种标记,具有很大的研究价值。     

郏县红牛FGF13基因拷贝数变异及其与生长性状关联性分析

本研究旨在检测郏县红牛成纤维生长因子13（fibroblast growth factor 13, FGF13）基因的拷贝数变异（copy number variation, CNV）及其与生长性状之间的相关性分析。本研究利用实时定量PCR（real-time quantitative PCR, qPCR）技术,以57头郏县红牛为研究对象,检测FGF13基因CNV,并利用皮尔逊相关分析进行FGF13基因拷贝数与郏县红牛生长性状的关联分析。结果表明,郏县红牛FGF13基因的相对拷贝数高于对照组秦川牛（P<0.05）,在郏县红牛群体中,FGF13基因CNV位点存在拷贝数增加Gain,拷贝数正常Normal和拷贝数减少Loss三种类型;关联分析结果显示,FGF13基因的相对拷贝数与郏县红牛的体斜长呈显著的正相关（P<0.05）。该研究结果表明,FGF13基因的CNV位点与郏县红牛的生长性状显著相关,可作为分子标记应用于郏县红牛的分子标记辅助选择育种工作中。     

郏县红牛与不同品种肉牛杂交后代肉用性能比较研究

为了研究郏县红牛与不同品种肉牛杂交后代的肉用性能和肉品质情况,试验选取红安格斯牛、西门塔尔牛、夏洛莱牛与郏县红牛的杂交1代公牛各5头,纯种郏县红牛5头,分为试验A组（郏县红牛公牛）、B组（红郏F1代公牛（红安格斯牛×郏县红牛））、C组（西郏F1代公牛（西门塔尔牛×郏县红牛））和D组（夏郏F1代公牛（夏洛莱牛×郏县红牛））4个试验组,在同样的饲养管理条件下,持续育肥3个月后屠宰,利用屠宰测定和检验分析的方法对郏县红牛及其不同杂交品种的体尺发育、肉用性能和肉品质进行分析测定。结果表明：采用红安格斯牛、夏洛莱牛改良郏县红牛,在体高、体斜长、胸围和管围方面与郏县红牛纯种牛相比均无显著性差异（P>0.05）;屠宰测定方面,杂交后代组的头重、皮厚、皮重、前二蹄重和尾重,屠体器官食道、气管、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏的重量,以及胴体产肉率、眼肌面积、肉骨比与郏县红牛纯种牛相比均无显著性差异（P>0.05）,但其胴体后腿宽显著高于郏县红牛纯种牛（P<0.05）;红郏F1代公牛高档肉块重和优质肉块重最高,分别为70.22和105.22 kg,但高档牛肉率4组之间差异不显著（P>0.05）,红郏F1代公牛优质牛肉率达到34.43%,显著高于郏县红牛和西郏F1代公牛（P<0.05）,高于夏郏F1代公牛（P>0.05）。在肉品质方面,红郏F1代公牛与肉品风味有关的肌苷酸含量最高,而不饱和脂肪酸含量和与鲜味有关的氨基酸（天门冬氨酸、谷氨酸、甘氨酸和丙氨酸）含量均为夏郏F1代公牛含量最高,分别为53.85%和8.04%。结果提示,采用红安格斯牛、西门塔尔牛和夏洛莱牛改良郏县红牛,没有在体尺发育和肉用性能方面表现出显著优势,但采用红安格斯牛改良郏县红牛可提高郏县红牛肉用性能的潜力,可适度提高高档牛肉和优质牛肉肉块重量,而夏洛莱牛改良郏县红牛可适度提高牛肉品质。     

郏县红牛IGF2基因多态性与生长性状关系研究

本研究利用PCR-SSCP技术首次对郏县红牛母牛IGF2基因多态性及其与生长性状关系进行了研究。结果表明:IGF2基因第2外显子表现多态性,存在AA、AB、BB三种不同基因型。其频率分别为0.235/0.480/0.285;A/B等位基因频率分别为0.474/0.526;该位点纯合度为0.501,杂合度为0.499,位点间有效等位基因数为1.996。该基因位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。通过对郏县红牛IGF2基因第2外显子位点不同基因型与样本体重及其它体尺指标的关联分析表明:不同基因型对胸围(P<0.01)和体重(P<0.05)有显著影响,AB基因型个体的胸围和体重明显大于AA和BB型个体。说明IGF2基因可以作为标记用于郏县红牛的肉用选育。     

郏县红牛TAFA1基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨TAFA趋化素样家族成员1（TAFA1）基因多态性与郏县红牛生长的关联性。试验共采集了79头郏县红牛成年母牛的血样并提取基因组DNA,利用直接测序法对TAFA1基因上的错义突变SNP rs137516577进行基因型分型,并与郏县红牛体高、体长、胸围、腰角宽、坐骨端宽、尻长、十字部高、荐高、胸深、胸宽、体重等11个生长和体尺性状进行关联分析。同时根据“Animal Omics Datebase”数据库对TAFA1基因的组织表达情况进行分析。结果发现该SNP与体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重等性状显著相关（P<0.05）,且GC型个体体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重均显著高于GG型（P<0.05）。TAFA1基因在牛大脑组织中表达量最高。结果表明,TAFA1基因上错义突变SNP rs137516577与郏县红牛生长性状相关,可作为郏县红牛生长性状的分子标记。     

红安格斯牛改良郏县红牛的试验效果

[目的]在保持郏县红牛优良特性的前提下,为了增大郏县红牛体格,提高载肉量和商品率.[方法]遵照以本品种选育为主,适当导入外血(1/2～1/4)杂交改良的选育方向,从2010年开始在河南农业大学大学相关专家的指导下,由平顶山市畜牧局和郏县畜牧局等相关部门相互协作,在平顶山市郏县红牛良种繁育中心引进红安格斯牛对当地饲养的郏县红牛进行杂交改良.[结果]表明安郏F1公牛初生重平均为31.65 kg,母牛为29.03 kg,比郏县红牛初生重分别提高了13.09 kg和10.65 kg;6月龄安郏F1公母牛比同龄郏县红牛的体重分别提高13.52 kg和20.48 kg;12月龄安郏F1公母牛比同龄郏县红牛的体重分别提高46.92 kg和6.90 kg;安郏F1公母牛比同龄郏县红牛的体高、体长、胸围和管围也有较大提高,6月龄安郏F1郏县红牛的体高、体长、胸围和管围分别提高5.91,5.93 cm,12.75,1.37和1.73,5.45,15.67,0.81 cm;12月龄安郏F1公母牛比同龄郏县红牛的体高、体长、胸围和管围分别提高2.93,2.54,13.21,2.07和13.49,3.84,21.14,1.78 cm.[结论]说明利用红安格斯牛改良郏县红牛效果十分显著.     

7个脂肪代谢相关基因因果突变位点在西门塔尔牛中分布特征及与乳成分性状关联分析

西门塔尔牛是世界著名的乳肉兼用型品种,探究牛肉脂肪代谢相关基因与乳成分之间的关系,对该品种的双向选育具有重要意义。本实验以213头西门塔尔牛为研究对象,选择7个与牛肉脂肪代谢相关的基因SREBP1、FABP3、FABP4、MC1R、LXR-α、FASN和GH,对已报道的因果突变位点进行基因分型,并与乳成分性状进行关联分析。群体遗传分析结果表明：FABP3、FASN和GH基因处于中度多态性（0.25相似文献   

秦川牛和郏县红牛GBP2基因拷贝数变异检测及其对生长性状的效应分析

本研究旨在黄牛中检测GBP2基因的拷贝数变异及其遗传效应分析。运用实时定量荧光PCR(q PCR)技术,分别在80头秦川牛和30头郏县红牛个体中检测GBP2基因2个拷贝数变异CNV1和CNV2,并对GBP2基因这2个拷贝数变异与黄牛的生长性状进行关联分析。结果表明:GBP2基因拷贝数在秦川牛和郏县红牛中均存在Gain(拷贝数增加)、Median(拷贝数正常)和Loss(拷贝数缺失)3种类型;关联分析发现,GBP2基因拷贝数变异对秦川牛体长、体高和体重等几个重要性状的影响差异显著(P0.05),其中CNV1和CNV2均表现为Loss/Median型在生长性状上优于Gain型;在郏县红牛中CNV1为Loss型的个体在腰角宽和坐骨端宽性状上显著强于Gain/Median型,CNV2则在体高上表现为Loss型优于Median型(P0.05)。因此,GBP2基因的拷贝数变异CNV1和CNV2均与生长性状显著相关,可作为秦川牛和郏县红牛的生长性状辅助选择分子标记之一。     

中国不同牛种DGAT1基因遗传多样性及经济性状关联分析研究进展

乙酰辅酯A∶二酰甘油酰基转移酶(DGAT1)是甘油三脂合成过程中唯一的关键酶,对动物机体脂肪代谢、沉积起重要作用,已成为研究奶牛泌乳性状和肉牛主要经济性状的重要候选基因之一。近年来,随着相关研究的不断深入,研究者普遍认为DGAT1基因对奶牛的产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、乳脂肪酸及空怀天数、输精次数、初配年龄等繁殖性状均有显著影响,且与肉牛体脂也存在相关性。作者主要介绍了DGAT1基因的遗传多态性及其与经济性状关联分析在中国各地区不同品种奶牛、肉牛、水牛和牦牛上的研究进展,指出该基因对奶牛的产奶性能及肉牛的肉质性状、生长性状具有重要的调控作用。但由于环境条件、品种及选育背景等因素影响,DGAT1基因遗传多态性对不同地区不同牛群体的经济性状影响不尽相同。因此,要将DGAT1基因实际应用在品种选育工作中还需明确该基因对研究群体的具体遗传效应,并结合其他候选基因进行综合分析。     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

宁夏西门塔尔杂种牛UCP2基因多态性及其与生长性状的关联性分析

本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。     

Correlation Analysis between UCP2 Gene and Growth Traits in Ningxia Hibrid Simmental Cattle

To find genotype with fast growth rates in Ningxia hibrid Simmental cattle,the genetic variation of UCP2 gene were detected by PCR-SSCP method and DNA sequencing,then analyzed UCP2 gene polymorphism related with some growth traits.The results showed that there were three SNPs (T632C,A655G and A689C) in UCP2 gene exon 1,which divided into AA,BB and AB genotypes by PCR-SSCP method.Individuals with different genotypes in different months of age,body weight,body height, chest circumference and body length were AA > AB > BB.AA genotype in different age of body height and chest circumference were significantly different than BB genotype (P < 0.05;P < 0.01),and were no significant difference with AB genotype (P > 0.05).The results demonstrated that T632C locus had significant meaning for improving weight trait breeding of Ningxia hibrid Simmental cattle,AA genotype could be the breeding genotype.     

Associations of polymorphisms in the Pit-1 gene with growth and carcass traits in Angus beef cattle

The Pit-1 gene was studied as a candidate for genetic markers of growth and carcass traits. Angus beef cattle that were divergently selected for high- or low-blood serum IGF-I concentration were used in this study. The single-strand conformation polymorphism method was used to identify polymorphism in the Pit-1 gene including regions from intron 2 to exon 6. Two polymorphisms, Pit1I3H (HinfI) and Pit1I3NL (NlaIII), were detected in intron 3 of the Pit-1 gene. One polymorphism, Pit1I4N (BstNI), was found in intron 4, and a single nucleotide polymorphism, Pit1I5, was found in intron 5. The previously reported polymorphism in exon 6, Pit1E6H (HinfI), was also studied in 416 Angus beef cattle. Associations of the polymorphisms with growth traits, carcass traits, and IGF-I concentration were analyzed using a general linear model procedure. No significant associations were observed between these polymorphisms and growth and carcass traits.     

延黄牛ARID5B基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

试验旨在研究延黄牛富含AT相互作用功能域5B（AT-rich interactive domain 5B，ARID5B）基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性。选取18月龄的99头延黄牛母牛为研究对象，利用PCR测序查找ARID5B基因13个外显子的SNP位点，通过HRM分型的方法分析SNP位点的多态性，使用SPSS 19.0软件分析该基因多态性与延黄牛体尺和肉质性状的关联性。结果表明，延黄牛ARID5B基因外显子10 Chr28：18186635 bp处存在A/G突变，有3种基因型：AA、AG和GG，其中AA基因型为优势等位基因型，A为优势等位基因；经卡方适合性检验，该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），但A/G突变位点的杂合度相对较低，在延黄牛群体中的变异较小，属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。关联分析结果表明，ARID5B基因外显子10 GG基因型与延黄牛体尺性状中的体高、胸围和腹围以及肉质性状中的肌内脂肪含量存在显著差异（P<0.05）。本试验揭示了ARID5B基因与牛肉用性状的相关性，为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考，为延黄牛分子育种提供试验依据。     

Association analysis of novel polymorphisms in 2′, 5′‐oligoadenylate synthetase gene with reproductive traits in indigenous and cross‐bred cattle of Indian Origin

2′, 5′‐Oligoadenylate synthetases (OAS) are important components of an interferon‐mediated antiviral pathway. No polymorphisms in exonic regions of bovine OAS1 gene have been identified and associated with reproduction traits. The objective of the study was to detect and evaluate the effects of mutations in exonic region of bovine OAS1 gene with reproduction traits in cattle. DNA samples collected from 250 individual cows of two Indian dairy breeds (Sahiwal and Frieswal) of cattle were used in the study. The genetic variants of the OAS1 gene were identified with polymerase chain reaction–single‐strand conformation polymorphism (PCR‐SSCP) and sequence analysis using seven set of primer pairs. The PCR‐SSCP analysis revealed polymorphism in the fragments comprising of exon 2, exon 5 and first fragment of exon 6 while the fragments of exons 1, 3, 4 and second fragment of exon 6 were monomorphic in Sahiwal and Frieswal cattle. The mutations in the amplified region comprising of exon 2 were found to have significant association with age at first breeding and calving, service period, dry period and pregnancy rate. Significant associations were found between SNPs in the exon 5 and service and dry periods of the animal, whereas the genetic variants in the first fragment of the exon 6 showed significant association with age at first breeding and calving. To our knowledge, this study demonstrated for the first time that the polymorphisms in OAS1 gene were associated with reproductive traits and it can be chosen as a candidate gene for improvement of reproductive performance of cattle.     

延黄牛ALDH1A1基因内含子4多态性及其与肉用性状的相关性分析

试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1（acetaldehyde dehydrogenase 1A1，ALDH1A1）基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛，采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性（SNP），运用SPSS 19.0软件分析ALDH1A1基因内含子4 SNP与延黄牛肉用性状（体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围、体重、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪）的关联性。结果显示，延黄牛ALDH1A1基因内含子4存在C/T突变位点，共发现3种基因型：TT、TC和CC，2种等位基因：T和C，其中TC为优势等位基因型，C为优势等位基因。卡方适合性检验结果发现，该SNP在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现，该突变位点的杂合度（He）相对较低，表明其在延黄牛群体中的变异较小，该位点属于中度多态（0.250.05）。结果表明，ALDH1A1基因内含子4在延黄牛中存在突变，能否作为延黄牛肉用性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。     

秦川牛肉用性状功能基因确定及核心群分子育种遗传进展分析

[目的]为加快秦川肉牛肉用新品种的选育进程。[方法]根据秦川牛育种目标性状,采用PCR-SSCP技术分析了21个基因的多态性,找到了4个与秦川肉牛肉用性状紧密连锁的分子标记,初步确定了影响秦川肉牛肉用性状的主要功能基因,并进一步将分子育种技术和常规育种技术紧密结合,应用于秦川肉牛早期选种。[结果]通过育种核心群多育种目标性状相比,生长发育性状的遗传进展最快,其次为繁殖性状和胴体性状,[结论]明显提高了育种工作的效率和准确性。     

槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究

[目的]揭示α-肌动蛋白1（actin alpha 1,ACTA1）基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据.