基于Oncomine数据库分析SNRPB基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:研究小核糖体核蛋白B（small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1，SNRPB)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:运用Oncomine数据库搜索乳腺癌与SNRPB基因相关的数据，通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNRPB基因与乳腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中SNRPB基因癌组织／正常组织表达量分析结果共有414个，在癌组织中显著高表达109个，低表达3个。其中13个分析结果显示SNRPB在乳腺癌组织(包括6个侵袭性乳腺癌分析结果)中显著高表达，低表达的分析结果为1个。运用Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示，高表达SNRPB的乳腺癌患者其总体生存率（OS）、无复发生存率（PFS）、无远处转移生存率（DMFS）显著低于低表达SNRPB的乳腺癌患者(P＜0.05)。结论:SNRPB基因在乳腺癌中高表达，可以作为有效的生物标志物预测乳腺癌患者转移的发生及判断预后，可为乳腺癌的靶向治疗提供依据。     

SQLE在乳腺癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法分析角鲨烯环氧化酶（squalene epoxidase,SQLE）在乳腺癌中的表达情况及其临床意义。方法:挖掘Oncomine和GEPIA数据库中 SQLE在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达情况,分析CCLE数据库中 SQLE在乳腺癌细胞系中的表达水平,同时利用HPA和UALCAN数据库分析 SQLE蛋白在正常和乳腺癌组织中的表达水平,并利用免疫组化方法通过临床样本进一步验证SQLE蛋白的表达情况。最后用K-M plotter数据库和GEPIA数据库分析 SQLE表达与预后的关系。结果:Oncomine和GEPIA数据分析显示 SQLE基因在乳腺癌组织中高表达,CCLE数据分析表明 SQLE在乳腺癌细胞系中显著高表达,HPA数据库免疫组化结果和UALCAN数据库结果以及临床样本免疫组化结果均显示乳腺癌组织 SQLE蛋白相对于正常乳腺组织高表达;Kapan-Meier Plotter和GEPIA数据库分析显示高表达SQLE的乳腺癌预后不良。结论:SQLE在乳腺癌组织和细胞中均高表达,其可能是乳腺癌中潜在的促癌基因,有望成为乳腺癌治疗的新靶标。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

基于Oncomine数据库荟萃分析COL1A2在胃癌患者中的表达及其临床意义

目的:通过对Oncomine数据库进行挖掘，分析Ⅰ型胶原α2链（collagen type1 alpha2，COL1A2）基因在胃癌中的表达及其临床意义。方法:收集Oncomine数据库中COL1A2基因在胃癌组织中的表达信息，并进行荟萃分析。利用Kaplan Meier-Plotter进行患者生存周期分析。使用基于TCGA数据集的UALCAN在线数据库对COL1A2在胃癌患者中的表达及预后进行验证。结果:Oncomine数据库中共收集了有关COL1A2表达在348项不同肿瘤中的研究结果，其中关于COL1A2表达有统计学差异的研究结果有102个。有9项研究显示COL1A2在胃癌组织与正常组织中的表达有差异，包括478个样本，荟萃分析发现，与正常胃组织相比，COL1A2在胃癌组织中高表达，差异有统计学意义 (P＜0.001)。生存分析显示COL1A2表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性，高表达COL1A2的患者总体生存期较低表达者缩短 (P＜0.001)。亚组分析发现，高表达COL1A2的肠型胃癌患者的总体生存期较低表达者缩短（P＜0.001）。TCGA数据集验证显示COL1A2在胃癌组织中的表达量与预后相关。结论：COL1A2基因在胃癌中高表达，且其表达水平与胃癌患者总体生存相关。COL1A2是与胃癌预后相关的生物标志物，有望成为胃癌精准治疗的靶点。     

基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库分析GPX2在非小细胞肺癌组织中的表达和临床意义

目的:探讨谷胱甘肽过氧化物酶2（glutathione peroxidase 2,GPX2）在非小细胞肺癌组织中的表达及预后意义。方法:基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库,收集关于GPX2表达的相关数据集,深入挖掘GPX2在非小细胞肺癌组织与正常组织中的差异表达情况。采用Kaplan-Meier法进行预后分析,并绘制生存曲线。此外,通过单/多因素COX回归进一步评估GPX2在不同临床特征中的预后评估价值。结果:与正常组织相比,GPX2在非小细胞肺癌组织中高表达（P＜0.001）。 GPX2高表达非小细胞肺癌患者的总体生存率（HR=1.42,95%CI:1.25~1.61,P=5.6E-08）和肺腺癌患者的总体生存率（HR=1.35,95%CI:1.07~1.71,P=0.011）均差于低表达组。但GPX2表达水平对鳞癌患者预后无显著影响（HR=1.06,95%CI:0.84~1.35,P=0.61）。此外,本研究也发现GPX2的表达对同一临床特征（如男性、临床分期、吸烟/不吸烟、经化疗方式治疗）的患者的预后有预测评估价值。多因素分析结果显示临床分期和GPX2的表达是非小细胞肺癌患者预后的独立影响因素。结论:检测非小细胞肺癌组织中GPX2的表达有助于患者预后评估。     

数据库挖掘ACAA2基因在卵巢癌中的表达及血根碱对其水平的影响

目的：卵巢癌是女性生殖系统常见恶性肿瘤，死亡率居高不下且预后差。血根碱是白屈菜中的主要活性成分之一，具有潜在的抗癌作用。本研究通过Oncomine数据库挖掘乙酰辅酶Ａ酰基转移酶2（acety-Coenzyme Aacyltransferase 2，ACAA2）在浆液性卵巢癌中的表达情况及其临床意义，并在体外实验中探究血根碱对卵巢癌细胞ACAA2水平的影响。方法：获取并二次分析Oncomine数据库中ACAA2的信息，探讨ACAA2在浆液性卵巢癌中的表达，借助Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析，探讨其与卵巢癌患者预后的关系。血根碱处理人浆液性卵巢癌SKOV3细胞，基因芯片检测，获得差异表达基因，探讨血根碱对卵巢癌SKOV3细胞ACAA2基因表达的影响。结果：Oncomine数据库中共收录了447项ACAA2基因在不同类型肿瘤中的研究数据，其中9项超过1500个样本涉及卵巢癌的研究。与正常卵巢组织相比，ACAA2在浆液性卵巢癌中表达降低差异有统计学意义（P＜0.05）。ACAA2高表达者总体生存率高于低表达者（P＜0.05）。血根碱处理后卵巢癌SKOV3细胞中ACAA2表达水平显著上调（｜logFC｜≥2，FDR＜0.05，P＜0.05）。结论：浆液性卵巢癌组织中ACAA2表达降低，表达水平高者预后更好，可能发挥抑癌基因的作用，血根碱可能通过上调ACAA2基因发挥作用。     

基于Oncomine和LinkedOmics数据库分析PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义

目的:探究PCMT1基因在乳腺癌中的表达水平及临床意义。方法:检索Oncomine和LinkedOmics数据库中有关PCMT1的信息,并对所获取的数据资料进行二次分析。结果:在Oncomine数据库中,有关PCMT1基因在不同类型肿瘤中的研究结果共搜集了197项,其中有12个数据集涉及PCMT1在乳腺癌和正常组织中的表达,共包括1018例标本。在数据库中综合比较这12个数据集,发现与正常组织相比,PCMT1在乳腺癌组织中的表达量高于正常组织(P<0.05)。此外,通过挖掘LinkedOmics数据库,发现高表达PCMT1的乳腺癌患者总体死亡率较高,而低表达PCMT1的乳腺癌患者预后较好(P<0.05)。结论:PCMT1基因在乳腺癌组织中表达升高,并与乳腺癌患者预后相关,有望成为潜在的治疗靶点。     

基于数据挖掘分析 PDCD5表达对胃癌预后的影响

目的：PDCD5（programmed cell death 5）在多种肿瘤组织和细胞中表达降低,但是在胃癌组织未见系统研究,本文基于数据挖掘分析 PDCD5表达对胃癌预后的影响。方法：利用 Oncomine 数据库挖掘 PDCD5在胃癌组织中的表达情况。利用 Kaplan - Meier Plotter 进行胃癌患者生存周期分析。结果：相比正常胃组织, PDCD5基因在弥漫型胃癌组织和混合型胃癌组织中呈低表达,而肠型胃癌组织未见明显变化。PDCD5高表达能够延长弥漫型胃癌、混合型胃癌和肠型胃癌患者的生存时间。结论：大样本数据挖掘能迅速准确地获取胃癌组织中 PDCD5表达的相关信息,为深入研究奠定基础。     

公共数据库分析RACGAP1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨Rac GTP酶活性蛋白-1（RACGAP1）基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中有关RACGAP1信息，对所获取的数据资料进行二次分析，对其在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。通过GOBO数据库分析该基因在乳腺癌亚型中的表达情况。利用 Kaplan-Meier Plotters数据库进行患者的生存周期分析。结果:Oncomine数据库中共收集了349项不同类型的研究结果，其中关于RACGAP1表达差异有统计学意义的研究共有74项，RACGAP1表达增高的有69项，表达降低的有5项。共有3项研究，10个数据集涉及RACGAP1在乳腺癌组织和正常组织中的表达，包括2 776个样本。综合比较3项研究成果，发现RACGAP1在乳腺癌中的表达量高于正常组(P<0.05)。此外，通过GOBO数据库分析发现RACGAP1表达水平在激素受体（HR）敏感亚型、三阴性（TN）和HER-2亚型间有统计学差异（P<0.05）。不仅如此，RACGAP1表达量与乳腺癌患者总体生存率存在相关性，高表达者总体生存率较差，低表达者预后较好。结论:RACGAP1在乳腺癌组织中呈现高表达，且与乳腺癌预后有关，可为乳腺癌的药物开发和预后预测提供一定的理论依据。     

基于Oncomine数据库及生物信息学方法分析肝细胞生长因子在多发性骨髓瘤中的表达及作用机制研究

目的:基于Oncomine数据库的基因信息,探讨肝细胞生长因子（HGF）在多发性骨髓瘤（MM）中的表达及作用机制。方法:收集Oncomine数据库中关于HGF研究的信息,对MM中HGF的表达水平变化进行分析。应用Genecards数据库收集与HGF基因相关的蛋白,并通过STRING软件绘制HGF相关蛋白网络图,应用DAVID在线工具分析蛋白功能富集的生理过程。通过DRUGSURV数据库及其在线工具分析HGF表达水平与MM患者生存间的关系,探讨其临床意义。结果:Oncomine数据库中共检索到445项不同肿瘤中关于HGF的研究;其中23项研究显示肿瘤组织与正常组织间HGF表达水平差异有统计学意义（ P<0.05）,包括肿瘤组织HGF表达增高10项,表达降低13项。Oncomine数据库中关于MM和正常组织HGF基因差异表达3项研究的4个数据集中,HGF在MM组织中的表达水平均高于正常组织（均 P<0.05）。通过Genecards数据库收集到SDC1、YWHAG、RAF1等25个与HGF相关的蛋白;蛋白功能富集分析显示,这些蛋白主要富集在过氧化氢介导的程序性细胞死亡的负调控、突触可塑性调节、死亡域受体对外源性凋亡信号通路的负调控等过程中,与PI3K-AKT及肿瘤相关通路有关。基于DRUGSURV数据库进行的生存分析显示,HGF高表达和低表达的MM患者总生存率差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:HGF基因可能通过PI3K-AKT通路调节MM细胞的凋亡,在MM的发生、发展中发挥作用。HGF可能是一个潜在的MM标志物,但其在预后判断中的价值需要进一步研究论证。     

基于Oncomine和GEO数据库荟萃分析HMGA1在卵巢癌中的表达及其与预后的相关性

目的:探讨HMGA1在卵巢癌中的表达及其临床意义。方法:对Oncomine和GEO数据库进行检索有关HMGA1的相关信息，并对所获取的信息进行二次分析，并荟萃分析HMGA1在卵巢癌表达中的作用，最后利用GEO数据库中的Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析。结果:Oncomine数据库中共收集了449项不同类型的关于HMGA1的研究结果，在肿瘤组织与正常对照组中表达差异具有统计学意义的研究结果共54项，其中HMGA1高表达有48项，低表达有6项。进一步分析发现卵巢癌中HMGA1高表达有8项，低表达0项。这8项研究涉及HMGA1 在卵巢癌组织和正常卵巢组织中的表达，共计355例样本。通过对这8项数据集进行比较分析，发现在卵巢癌组织中HMGA1的表达量较正常卵巢组织显著升高(P<0.05)。通过进一步挖掘GEO 数据库进行Kaplan-Meier分析，我们发现卵巢癌患者HMGA1 的表达水平与卵巢癌和卵巢子宫内膜样腺癌的总生存率(OS)无显著相关性(P>0．05)。结论:我们通过对Oncomine以及GEO基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘，提出HMGA1在卵巢癌组织中高表达，但HMGA1表达量与卵巢癌预后无显著相关性。     

基于数据挖掘分析S100A6在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:探讨S100蛋白超家族A6（S100 family member A6,S100A6）在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine生物信息学在线分析网站，挖掘分析大型癌症公共数据癌症基因组图谱(TCGA)及GEO(Gene Expression Omnibus)中肝癌S100A6 mRNA的表达信息，基于TCGA中的肝癌数据，利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:在Oncomine数据库中，前后共收集了337项不同类型的研究结果，关于S100A6基因表达有统计学差异的研究结果有30个，其中S100A6基因表达降低的研究有12项，表达增高的研究有18项。共有4项研究涉及S100A6在HCC癌组织和正常肝组织中的表达，与正常肝组织相比，S100A6在HCC中高表达（P=4.58E-4）。此外，S100A6表达量与HCC总体生存率存在相关性，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.048、P=0.005 1）。进一步结合TNM分期进行分析发现，S100A6表达在Ⅳ期最高。S100A6表达与Ⅰ（P=0.31）、Ⅱ（P=0.2）期患者预后无相关性，在Ⅲ期患者中，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.007 1）。结论:本研究通过对基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘和剖析，发现S100A6基因在肝细胞癌组织中呈现高表达，并且与肝细胞癌预后关系密切，尤其对HCC Ⅲ期患者有预后指导意义。     

基于数据库挖掘分析SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及与细胞耐药的关系

目的:探讨SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及临床意义,并分析其在乳腺癌耐药细胞中的表达。方法:利用Oncomine数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中mRNA表达情况,利用HPA数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中蛋白表达情况,采用Kaplan-Meier法分析SLC12A8表达水平与乳腺癌患者总生存期、无复发生存期和无远处转移生存期的关系。利用GEO数据库分析乳腺癌耐药细胞中SLC12A8的表达,进一步利用cBioPortal数据库分析乳腺癌耐药细胞中与SLC12A8共表达基因。结果:与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC12A8 mRNA具有高表达(P＜0.000 1)且其蛋白表达水平也较高。通过生存分析发现低表达SLC12A8基因的乳腺癌患者总生存期（OS）、无复发生存期（RFS）和无远处转移生存期（DMFS）明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P＜0.01)。乳腺癌耐阿霉素细胞MCF7/ADR中SLC12A8 mRNA表达高于非耐药细胞MCF7(P＜0.05),SLC12A8表达与MCF/ADR中表达降低的GREB1、PDZK1、GFRA1基因呈负相关,且这三个基因与乳腺癌耐药密切相关。结论:SLC12A8基因在乳腺癌组织中呈现高表达,其表达水平与乳腺癌患者预后呈负相关,该基因可能通过与GREB1、PDZK1、GFRA1相互作用参与乳腺癌耐药过程。     

基于生物信息学分析ASPH在预测肺腺癌预后中的价值及机制研究

目的:探讨天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)在肺腺癌中的表达情况、预后价值和在癌症中的作用机制。方法:使用Oncomine、GEPIA和TIMER数据库分析ASPH在肿瘤组织和正常组织中的表达差异,并用HPA数据库在蛋白水平验证,推测其临床意义。应用Kaplan-Meier plotter及GEPIA探讨ASPH表达水平与肺腺癌患者总生存时间的关系,提取Oncomine数据库中患者的生存信息加以整理分析,绘制生存曲线,研究ASPH表达水平与预后的关系。绘制ASPH蛋白互作网络,并进行功能富集分析,研究其作用机制。结果:来自Oncomine、GEPIA和TIMER数据库的数据均表示ASPH在肺腺癌组织中显著高表达(P＜0.05),GEPIA数据库还证明了ASPH与肺腺癌患者病理分期显著相关。分析Oncomine数据表明,ASPH表达升高肺腺癌患者的生存时间更短(HR=0.39,95%CI:0.17~0.88,P=0.024 0),GEPIA及Kaplan-Meier plotter分析结果均支持ASPH高表达预示着肺腺癌患者预后更差(P=2.4E-08)。ASPH及相关基因功能涉及钙离子调控及缺氧反应,并参与Notch、mTOR信号通路,影响肿瘤的发生与发展。ASPH还与免疫细胞浸润及相关标志物呈现弱相关性。结论:ASPH在肺腺癌组织中表达明显升高,预示着患者预后不良,且参与多条与癌症相关的信号通路,与免疫细胞浸润呈现弱相关性,ASPH可能是肺腺癌新的预后和潜在治疗标志物。     

lncRNA MALAT1在结直肠癌中的表达、生物学功能及其与患者预后的关系

目的:探讨lncRNA MALAT1在结直肠癌（colorectal cancer,CRC）中的表达、生物学功能及其与患者预后的关系。方法:采用生物信息方法在TCGA数据库和Oncomine数据库中分析比较MALAT1在CRC患者癌组织和癌旁组织中的差异表达情况,并比较高低表达组患者总生存期（OS）和无病生存期（DFS）是否存在差异。采用cBioPortal在线分析TCGA数据库中MALAT1突变种类及频率。采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)技术检测我院收治并手术治疗的30例CRC患者手术切除标本的癌组织、癌旁组织、肠癌细胞系(SW620、LOVO、HCT116)及正常人肠上皮细胞(NCM460)中MALAT1的相对表达水平。小干扰RNA敲低SW620细胞中MALAT1表达后观察MALAT1细胞迁移和侵袭能力改变情况。siRNA下调SW620细胞MALAT1,利用免疫印迹实验检测上皮间质化标志物E-cadherin、N-cadherin和Vimentin的表达水平。结果:Oncomine数据库中,CRC患者癌组织中高表达MALAT1的研究有6项;30对人配对CRC组织标本中,相比癌旁组织,MALAT1 在46.7%（14/30）的CRC患者组织中表达增高（P＜0.05）;Real-time PCR结果显示,肠癌细胞系(SW620、LOVO、HCT116)中MALAT1的相对表达量显著高于正常人肠上皮细胞(NCM460),差异有统计学意义（P＜0.05）。MALAT1基因突变类型主要为融合突变、扩增突变及深度缺失突变,其在各种肿瘤中的总体突变率为1.1%,在CRC组织中的突变率为0.34%。小干扰RNA抑制MALAT1表达可明显抑制SW620细胞的划痕迁移与小室侵袭能力。抑制MALAT1表达后,SW620细胞中E-cadherin的表达水平升高,同时N-cadherin和Vimentin的表达水平明显降低,表明上皮间质化过程受到明显抑制。MALAT1表达水平与结肠癌患者DFS存在明显的关系,高表达患者DFS显著低于低表达患者（HR=1.6,P=0.044）。结论:lncRNA MALAT1在肠癌中表达上调,并通过抑制上皮间质化抑制细胞迁移和侵袭能力。MALAT1高表达结肠癌患者预后不良,可能成为结肠癌预后分子标志物。