不同季节新鲜鸭蛋表面污染细菌的多样性分析

为研究鸭蛋壳表面污染细菌的多样性以及季节性变化,在春、夏、秋和冬4 个季节采集新鲜鸭蛋,利用超声波洗涤蛋壳制备细菌样本,通过Illumina MiSeq高通量测序分析样品细菌菌群的多样性。结果表明,共获得697 244 条优化序列归属于650 个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,包括35 个门,298 个属,447 个种。其中相对丰度占比较大的优势菌有：厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌属（Bacillus）和肠球菌属（Enterococcus）,分别占比17.78%和17.16%;变形菌门（Proteobacteria）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）占比17.14%。4 个季节样品的优势菌群相同,皆为芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）和埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）,但种群结构和物种丰度各不相同,冬季样本Chao指数和ACE指数最大,平均分别为596.5±22.29和587.5±17.82;Shannon指数最大和Simpson指数最小,平均分别为3.52±1.02和0.1±0.07,种群复杂度表现最为突出;春夏秋冬四季样品共有的OTU为35 个,分别占各样品OTU数目的0.06%～70.00%,独有的OTU数目分别为9（春）、0（夏）、17 个（秋）和496 个（冬）,各个季节样品的菌群种类具有较大的差异性;不同季节分别有弧菌（Vibrio）、淤泥假单胞菌（Pseudomonas_caeni）、肠杆菌（Enterobacter）、溶菌杆菌（Lysinibacillus）、梭菌（Clostridium_sensu_stricto_1）等存在,部分致病菌受气温影响明显。该结果为进一步研究鸭蛋主要腐败菌及其控制提供了理论依据。     

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异。结果表明：14 个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99。分析细菌,臭苋菜梗固形物的可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）最多、Shannon指数最高;而酸笋固形物中的OTU最少,酸笋汁的Shannon指数最低;且臭苋菜梗汁、固形物和培养物以及酸笋固形物和培养物的菌群结构更为接近。分析真菌,臭冬瓜培养物和酸茭白固形物中的真菌OTU最多,臭苋菜梗培养物中的OTU最少,而酸茭白汁中没有检测出真菌;酸笋汁的Shannon指数最高,臭苋菜梗培养物的Shannon指数最低;除卤水、臭苋菜梗汁和酸笋样品外其余样品的真菌群落组成更为接近。在属水平,臭冬瓜培养物、酸笋汁、酸笋固形物和酸茭白汁的优势细菌属分别为脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）、埃希菌属（Escherichia）和Caproiciproducens,卤水培养物、酸茭白固形物和培养物的优势细菌属为梭菌属（Clostridium）,臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势细菌属为拟杆菌属（Bacteroides）,卤水、臭冬瓜汁和固形物的优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）;卤水的优势真菌属为柯达酵母属（Kodamaea）,臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势真菌属为假丝酵母属（Candida）,而其他样品的优势真菌属为Leptospora。     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

基于高通量测序技术分析北京清香型大曲微生物多样性

利用高通量测序方法对北京某清香型酒厂大曲细菌16S rDNA V4区和真菌ITS1区进行测序分析其微生物多样性,并对大曲微生物在不同分类水平相对丰度进行统计。结果表明：大曲中在细菌操作分类单元(OTU)为47、真菌OTU为11,细菌种类较真菌种类丰富;细菌中优势菌是乳酸菌,包括乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属、明串珠菌属四个属。同时也检测到醋杆菌属、芽孢杆菌属等;真菌中优势菌是假丝酵母属,此外还有曲霉属、毛霉属、威克汉姆酵母属等;对大曲物种Alpha多样性分析表明测序深度基本覆盖该酒曲中微生物种类;最后分析讨论了大曲优势微生物在白酒酿造中的功能。该研究对于指导白酒生产具有重要意义。     

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析。结果表明:(1)所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群落多样性最高的样品分别是HNL9和WG。(2)所分析的雪茄烟样品的优势菌门为厚壁菌门和子囊菌门,优势菌属为葡萄球菌属、不动杆菌属、假单胞菌属和曲霉属。(3)不同样品中细菌和真菌群落多样性和结构存在显著差异,聚类分析显示来自同一产地国的GXB和MT样品菌群分布比较相似。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

芽孢杆菌加强菌对酱香型白酒酒醅微生物群落及蛋白酶活力的影响

为改善酱香型白酒酒醅的微生物菌系组成,以未加入芽孢杆菌加强菌酱香白酒酒醅样品（福瑞王1号、瑞丰1号）为对照,通过高通量测序分析加入芽孢杆菌加强菌酱香白酒酒醅样品（福瑞王2号、瑞丰2号）的微生物Alpha多样性及群落结构,并测定酸性蛋白酶活力。结果表明,与对照相比,福瑞王2号样品中真菌、细菌菌群的Chao1指数和Shannon指数分别提高了45.6和12.2、0.47和1.27;瑞丰2号样品中真菌、细菌菌群的Chao1指数和Shannon指数分别提高了7.5和51.9、0.47和1.27;福瑞王2号、瑞丰2号样品中第一优势真菌门均为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属分别为接合酵母属（Zygosaccharomyces）、伊萨酵母菌属（Issatchenkia）;第一优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）,第一优势细菌属均为乳杆菌属（Lactobacillus）。福瑞王2号、瑞丰2号样品的酸性蛋白酶活力分别提高了9.6×103U/m L、3.5×103U/m L。