基因表达连续分析标签数据库的实时定量多聚酶链反应验证

目的 采用实时定量多聚酶链反应(PCR)技术验证不同丰度和匹配度的基因表达序列标签,尝试用该技术补充和完善高通量基因表达谱的结果.方法 根据各基因序列全长设计引物,选择9个单匹配标签,6个多匹配标签,1个美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库更新后无匹配标签和2个无匹配基因进行实时定量PCR验证.结果 挑选的所有基因均得到特异性扩增.基因表达量分析结果显示,基因表达连续分析(SAGE)文库中9个单匹配标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;6个多匹配标签中有3个标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;1个NCBI数据库更新后无匹配标签表达趋势和定量结果相反;2个无匹配基因表达量数据提示两组间没有显著性差别.结论 实时定量PCR技术是验证SAGE等高通量数据的可靠工具之一.SAGE文库标签匹配度可影响数据的可信度.     

良性与恶性葡萄胎基因表达差异的研究

目的:通过基因表达的差异分析,筛选良性与恶性葡萄胎间的分子标志,以探讨侵袭性葡萄胎早期诊断的方法和可能性.方法:采用mRNA差异显示、斑点杂交和DNA重组、测序等技术对良性与恶性葡萄胎差异表达的基因片段进行筛选和序列测定,通过和基因库数据对比,明确所获基因片段是否为已知序列. 结果:筛选出28条侵袭性葡萄胎高表达的基因片段,其中20个可再扩增,斑点杂交分析确认有13个片段在侵袭性葡萄胎中高表达,克隆其中3个片段,经序列测定和NCBI数据库的BLAST检索比对,发现16号片段序列(IHM-F16)未见记载,为新发现的表达基因片段,并已被NCBI数据库所收录(dbEST_Id:10875704;GenBank_Accn:BM403211),其他两个片段为已知的序列.结论:良性与恶性葡萄胎间基因表达存在明显差异,差异基因的检测分析对侵袭性葡萄胎的早期诊断具有潜在意义.     

不同表型平滑肌细胞c—sis、c—myc和P~(53)基因表达的比较研究

本研究发现收缩型平滑肌细胞内c—sis和c—myc基因表达低,P~(53)基因表达高;合成型平滑肌细胞c—sis和c—myc基因表达高,p~(53)基因表达低。结果提示c—sis、c—myc和P~(53)可能参与平滑肌细胞表型转变和细胞增殖的调控。     

急性心肌梗死大鼠心肌基因表达谱构建、鉴定及功能基因的研究

目的:构建急性心肌梗死(acute myocardial infarction, AMI)大鼠缺血心肌基因表达谱,对筛选出的目标基因进行功能研究.方法:结扎Wistar大鼠冠状动脉左前降支建立AMI模型,饲养7d处死,提取正常和缺血心肌总RNA,应用长标签基因表达系列分析(long serial analysis of gene expression, LongSAGE)方法,构建AMI后大鼠缺血心肌基因差异表达谱,运用荧光定量PCR技术验证差异基因表达谱的可靠性,同时应用该技术定量两个功能基因的表达.生化法检测功能基因所表达的蛋白酶活性.结果:在建立的AMI后缺血心肌和正常心肌组织LongSAGE标签库中,共获得标签15966个,对照NCBI网站BLAST结果,发现新核苷酸序列标签7665个.与正常组比较,142个基因在AMI大鼠心肌组织中的表达差异有统计学意义(P<0.05),这些差异基因主要与氧化磷酸化、三磷酸腺苷(ATP)合成、糖异生等能量代谢通路相关.荧光定量PCR的鉴定结果与LongSAGE差异表达结果基本一致.筛选能量代谢相关基因COX5a、ATP5e作为研究目标,荧光定量PCR结果提示2个基因在RNA水平表达下调;与之平行对应的功能蛋白酶的活性也相应降低.结论:AMI可引起多基因表达异常,能量代谢作用通路相关基因的异常表达可能是造成AMI心肌损伤的重要分子机制之一,干预COX5a和ATP5e等功能基因的表达可能是AMI能量代谢治疗的新靶点.     

基因表达芯片在心血管分子生物学研究中的应用

目前 ,基因芯片技术的应用已非常广泛 ,尤其是对基因表达的检测[1 ] 。用于检测与分析基因表达情况 ,进而阐明基因功能、特性及状态的基因芯片称为基因表达芯片或基因表达微阵列 (ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｃｈｉｐ ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｍｉｃｒｏａｒｒａｙ)。从 1 995年 ,Ｓｃｈｅｎａ等[2 ] 首次报道利用基因芯片对拟南芥菜的基因表达进行分析至今 ,该技术已使我们能够获得大量不同来源组织细胞的基因表达谱及由特殊的刺激或治疗而导致的基因表达改变的信息。同时 ,微阵列技术商业化程度的不断提高更使其运用变得越来越广泛…     

MDR1和MRP基因表达与胃癌临床病理特征及预后的关系

①目的　观察胃癌MDR1和MRP基因表达水平与临床病理分期、预后的关系。②方法　采用半定量逆转录聚合酶链反应 ,检测 4 2例胃癌及 12例正常胃组织MDR1和MRP基因表达水平。③结果　胃癌MDR1和MRP基因表达水平高于正常组织 (t=4 .5 2、3.35 ,P <0 .0 1) ,不同分化程度病人癌组织MDR1和MRP基因表达水平有显著性差异 (F =5 .6 2 ,P <0 .0 1) ,两基因表达具有高度的相关性 (χ2 =3.84 ,P <0 .0 5 ) ,MDR1和MRP基因高表达病人 ,生存率明显低于低表达者 (χ2 =4 .72、5 .85 ,P <0 .0 5 )。④结论　胃癌MDR1和MRP基因表达水平升高 ,对判断预后有意义。     

基于SOM网络的基因表达数据聚类分析

提出了用自组织映射(SOM)网络对生物信息学中基因表达数据进行聚类分析的方法。用SOM网络对酵母基因表达数据进行聚类。通过对映射结果的分析,表明SOM网络有较高的分类正确率,用于基因表达数据的聚类分析是行之有效的。     

小波-神经网络方法在基因表达数据分析中的应用研究

目的针对基因表达数据,探索新的有效特征提取和分类方法。方法采用小波多分辨率分析(MRA)方法提取基因表达的特征和前馈式神经网络(BP神经网络)方法进行特征分类。结果基因表达具有明显的多尺度特征,最大平均分类率为94.72%。结论采用多尺度理论对基因表达数据进行分析是一种新的有效的生物信息学方法,值得进一步探索与研究。     

血清miR系列基因表达水平与非小细胞肺癌预后的相关性研究

目的 探讨血清miR系列基因表达水平与非小细胞肺癌(NSCLC)预后的相关性。方法分别收集2010年4月~2013年4月收治的250例NSCLC患者冰冻组织和血清样本,25例NSCLC及其癌旁组织,25例未经手术治疗的晚期NSCLC患者化疗前和3个疗程后的血清样本,200例未经任何抗癌治疗的NSCLC患者血清,作为NSCLC组;选取100例健康志愿者的血清样本,作为对照组。采用qRT-PCR方法检测NSCLC组和对照组中血清miR系列基因表达水平,判断血清miR系列基因表达水平与预后的关系。结果NSCLC组化疗3个疗程的患者的血清miR系列基因表达与化疗前存在明显差异(P0.05);对照组的血清miR系列基因表达与化疗前患者存在明显差异(P0.05),与化疗后指标比较无统计学意义(P0.05)。结论血清miR系列基因表达水平在NSCLC患者明显升高,治疗后miR系列基因表达明显下降,血清miR系列基因有可能成为预测NSCLC预后的分子标志物。     

去甲肾上腺素对大鼠海马神经细胞IL—6基因表达的影响

目的：观察去甲肾上腺素(noradrenaline,NA)对大鼠海马神经细胞IL－6基因表达的影响。方法：大鼠海马微量注射NA及其受体阻断剂和激动剂90min后,断头取海马,提取总RNA,行斑点杂交,观察海马细胞IL－6基因表达情况。结果：与生理盐水组比较：（1）NA、β1、及β2受体激动剂Dobutamine(DOB)t Metaproternol(MT)均加强海马细胞IL－6基因表达,其中NA的作用最强,DOB最弱;（2）β1受体阻断剂Meteprolol(MP) DOB组和β2受体阻断剂Butaxainie(BUT) MTxeg IL-6基因表达均降低,且后者降低更显著;（3）α及β受体阻断剂酚妥拉明（phentolamine,PH)和心得安（propranolol,PRO)明显抑制L－6基因表达,其中PRO的作用更强;（4）与NA组比较,PH＋NA组IL－6的基因表达减弱,但仍较生理盐水组强。结论：在α及β受体共同介导NA对大鼠海马神经细胞IL－6基因表达的增强作用中,β受体的作用大于α受体,β2受体的作用大于β1受体。表明中枢调节机体免疫功能中,IL－6可能具有重要作用,可能通过NA影IL－6基因表达的调节机体免疫功能。