青岛地区TTV抗体阳性人群的病毒基因检测及序列分析

（1）目的 了解经血传播病毒（TTV）在青岛地区的基因变异情况。（2）方法 选择TTV抗体阳性的标本,用巢式PCR技术扩增血清中的DNA特定片段,纯化后与载体连接并转入大肠杆菌JM109,提取阳性克隆的重组质粒测序并与TTV的已知序列相比较。（3）结果 在选择的20例标本中,15例扩增出TTV DNA,对其中1株测序后与已知序列AB008394比较,发现碱基变异率为13．3％。（4）结论 青岛地区存在TTV变异株。     

RTQ-PCR检测肺炎支原体2063位点及其突变基因的应用

目的建立一种快速诊断肺炎支原体(MP)感染及其耐药表型的新方法。方法采用实时荧光定量PCR(RTQ-PCR)技术,以23S rRNA为靶序列,设计药物敏感2063A质粒和耐药2063G质粒的基因型探针及引物,构建药物敏感2063A质粒和耐药2063G质粒的RTQ-PCR定量标准曲线,并对他们进行相关性分析;对100份临床咽拭子标本进行2063A质粒和耐药2063G质粒RTQ-PCR检测,分析其检测结果。结果 RTQ-PCR检测药物敏感2063A质粒和耐药2063G质粒与23S rRNA巢式PCR检测序列结果比较,RTQ-PCR鉴定100株MP临床分离株2063位点等位基因的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值均为100%。100份临床咽拭子标本MP阳性检测率为83%(83例),耐药2063G质粒33%(33例),8%(8例)同时发现药物敏感2063A质粒和耐药2063G质粒。结论本研究初步建立了一种快速诊断MP感染和其耐药基因型的RTQ-PCR方法,具有较高的灵敏度与特异性,可以在临床上推广。     

广州市吸毒强戒人员HIV-1基因亚型分布的初步研究

目的分析吸毒人群HIV感染者中HIV-1的基因序列特征,初步确定其感染的基因亚型和各亚型的流行趋势。方法在Genbank中查找HIVgag基因的序列,设计巢式PCR引物。从全血中提取样本的基因组DNA,进行巢式PCR,对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序,所获序列与国际参考株序列进行比对,确定基因型或亚型。结果对36例HIV-1感染者样本进行扩增,PCR共检测出29例阳性样本,27例测序成功,其中16例为CRF08-BC重组亚型、7例为CRF07-BC重组亚型、4例为CRF01-AE重组亚型,15例阴性对照均无目的条带。结论在广州吸毒强戒人员HIV-1型中以CRFBC亚型为主,其次为CRF01-AE亚型。应加强对HIV-1毒株亚型的监测,以制定更好的防治策略。     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒基因型分析

初步调查江西地区儿童感染的乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)基因型特征,为诊疗和预防儿童HBV感染提供重要参考。方法收集118例HBV感染的儿童血清标本,抽提血清中的HBV DNA,采用PCR扩增HBV S基因并测序,利用Genotyping软件对PCR产物序列进行分型,并采用Editseq软件、Clustalx(1.83)软件和Mega 4软件绘制S基因HBsAg遗传进化树以鉴定基因亚型。结果 118份HBsAg阳性血清标本中,成功扩增出HBV S基因并测序。所测序列标本经Genotyping比对和HBsAg遗传进化树后,112例为HBV B基因型,占94.92%,都是B2亚型;6例为HBV C基因型,占5.08%,其中4例为C2亚型,2例为C3亚型。结论江西地区儿童感染的HBV以B基因型中B2基因亚型为主,有少量的C基因型(C2基因亚型和C3基因亚型);该地区儿童感染的HBV遗传距离近。更多还原     

慢性乙肝病毒B亚型感染儿童不同HBeAg状态下 CP基因变异测定

目的:了解HBV基因型B/adw2型的慢性HBV感染儿童不同血清HBeAg状态下HBV C区启动子基因的变异.方法:选择HBV基因型为B型/血清型adw2的慢性HBV感染儿童64例,按血清HBeAg不同状态分为血清e抗体阳性组(n=34)和e抗原阳性组(n=30)2组,以HBV DNA为模板行PCR反应扩增S区序列(确定HBV基因型)及C区启动子(CP)基因片断,CP基因片断经胶回收纯化后,应用T-A克隆技术构建重组质粒pGEM-CP,经蓝白斑筛选,阳性克隆以凝胶电泳、双酶切及PCR验证后将鉴定正确的克隆测序,将测序结果与Entrez database中血清亚型及基因型相同的HBV序列相比较并进行分析.结果:S区基因测序结果证实64例儿童感染的HBV基因型均为B型/血清型adw2.CP基因测序结果证实2组均有CP基因变异,血清e抗体阳性组CP变异率(29.41%)高于e抗原阳性组(6.67%)(P＜0.05).e抗体阳性组有4个变异热点,而e抗原阳性组无变异热点.结论:慢性乙肝病毒B亚型感染儿童存在CP基因变异,且可能与e抗原血清转换有关.     

成人下呼吸道感染患者痰液及支气管肺泡灌洗液细菌分布及耐药性分析

目的分析成人下呼吸道感染患者痰液及支气管肺泡灌洗液细菌分布及耐药性情况。方法选取镇平县中医院收治的600例成人下呼吸道感染患者,均采集痰标本、支气管肺泡灌洗液标本,进行细菌鉴定与药敏试验,分析病原菌分布情况及耐药情况。结果 600例成人下呼吸道感染患者中,获取230株病原菌,阳性率为38.33%;其中革兰阴性杆菌206株,占89.57%(206/230);革兰阳性球菌24株,占10.43%(24/230)。耐药性分析:成人下呼吸道感染患者对碳青霉烯类、氨基糖苷类、头孢哌酮/舒巴坦、克林霉素、红霉素耐药率较高,且鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌出现多重耐药性。结论对成人下呼吸道感染患者痰液及支气管肺泡灌洗液采取细菌鉴定及药敏试验,发现其病原菌以革兰阴性杆菌为主,根据具体耐药情况制定治疗方案,有助于合理选取抗菌药物治疗。     

宫颈癌组织中HPV16E7序列多态性分析

目的 探讨广东地区宫颈癌组织中HPV16肿瘤相关性抗原E7基因序列的多态性。方法 采用通用引物PCR直接测序法对宫颈癌标本中的HPV分型,从含有HPV16型的标本中采用自行设计的多重引物通过巢式PCR扩增出HPV16E7,经DNA序列测定法检测其基因变异,进而寻找其热点突变。结果 50例宫颈癌组织HPV-DNA的检出率为78%,其中HPV16和HPV18型混合感染18例,单纯HPV16型感染15例。33例含有HPV16型的标本中扩增出25例HPV16E7,其中17例647位核苷酸“T”变异“C”,导致相应的蛋白质由天冬氨酸变异为丝氨酸。结论 广东地区宫颈癌组织中HPV16E7DNA序列发生碱基替换的区域主要在647位至846位,热点突变点为Nt647和Nt846。     

呼吸道病原菌在细菌培养阳性组和阴性组中多重定量PCR检测结果的对比分析

目的 比较多重定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)分子诊断方法对细菌培养阳性和阴性的下呼吸道标本细菌定量的差异。方法 收集2019年11月至2021年3月在中日友好医院临床微生物与感染实验室下呼吸道感染患者的痰液或支气管肺泡灌洗液,同时使用传统培养方法和多重定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)方法检测12种目标病原菌,比较在PCR阳性病例中培养阳性组和培养阴性组细菌定量水平的差异。结果 共收集到125例符合入组标准的呼吸道标本,其中多重定量PCR阳性101例。在101例多重定量PCR阳性样本中,细菌培养阳性31例,细菌培养阴性70例,多重定量PCR在培养阳性组检出目标病原菌33次,在培养阴性组检出目标病原菌144次,检出次数最多的鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌的细菌定量中位值在培养阳性组和阴性组分别为1.44×10⁸ copies/mL vs 1.22×10⁷ copies/mL、7.10×10⁸ copies/mL vs 4.83×10⁶ copies/mL和4.28×10⁷ copies/mL vs 5.77×10⁴ copies/mL,组间比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论 多重定量PCR能对检测的病原体进行准确定量,且在培养阳性组的细菌定量中位值高于阴性组。     

多重PCR检测支气管肺泡灌洗液中细菌性病原体的研究

目的评价呼吸道感染患者肺泡灌洗标本进行多重PCR检测的准确性。方法选取2006～2009年本院住院的158例儿童为研究对象,同时选用需要接受纤维支气管镜检查的30例同龄非感染患儿作为对照。所有儿童24h内接受标准的纤维支气管镜介导的支气管肺泡灌洗。用多重PCR检测灌洗液中肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎支原体和肺炎嗜衣原体。并用细菌培养等常规方法对这些患者的肺泡灌洗液进行分析。结果常规细菌学诊断方法显示,肺炎链球菌,流感嗜血杆菌,肺炎支原体,肺炎嗜衣原体在下呼吸道感染病人中分别占14％,21％,3．2％,和0％。而应用肺泡灌洗液多重PCR这种诊断方法,这些病原体在这些病人中分别占了28％,47％,4％和1％,其敏感性分别为87％。90％,100％和0％,特异性分别为81％,64％,100％和99％。在104位检查前服用了抗生素的支气管镜检患者中,肺炎链球菌通过细菌培养来确诊占2．9％,而通过多重PCR则为31％。在对照组中多重PCR鉴别肺炎链球菌的比例为17％．流感嗜血杆菌为40％。结论在下呼吸道感染病人中,支气管肺泡灌洗液结合多重PCR能够有效的用来鉴别肺炎链球菌,流感嗜血杆菌,肺炎支原体,肺炎嗜衣原体,这在已经用抗生素治疗的病人中尤为有效。     

人肺癌细胞NHE-1基因部分正调控序列的克隆

目的 克隆人肺癌细胞Na∧ /H∧ 交换泵-1（NHE-1）基因上游正调控序列部分,为进一步将该片段导入肺癌细胞株,竞争性结合转录因子,达到抑制细胞内NHE-1基因的表达奠定基础。方法 采用PCR技术从人肺癌A549细胞基因组中扩增长约170bp的NHE-1基因调控序列中起正调控作用的片段。在上、下游引物的5′-端带上BanHI和EcoRI酶切位点。然后将该片段连接到pUC18载体上,最后对产生的重组子进行酶切、PCR和测序鉴定。结果 经酶切及PCR鉴定,所克隆的目的片段大约为180bp,而NDA测序证实克隆并插入到载体中的片段为目的的片段,长度为168bp,与报道的序列比较缺失2个t。结论 本实验已成功地克隆了人肺癌细胞NHE-1基因调控序列中正调控序列片段。     

酶联免疫吸附试验联合PCR方法检测肺炎支原体感染的临床意义

目的研究血清酶联免疫吸附试验（ELISA）联合肺泡盥洗液PCR方法在肺炎支原体感染检测中的临床意义。方法对我院2008年8月—2010年8月期间住院的332例成人社区获得性肺炎病人分别采用血清ELISA方法和肺泡盥洗液PCR方法检测肺炎支原体（MP）。结果血清ELISA法和肺泡盥洗液PCR法检测肺炎支原体感染敏感性分别为82.45%、75.43%,特异性分别为95C.16%、96.49%。两种方法在检测肺炎支原体感染中敏感性及特异性的差异无统计学意义（P〉0.05）。结论 血清ELISA方法联合肺泡盥洗液PCR方法检测可提高诊断阳性率,对早期诊断支原体肺炎有重要临床意义。     

流感病毒RNA聚合酶PB1-1亚基片段的克隆及表达

目的 将流感病毒RNA聚合酶PB1-1亚基进行亚克隆、表达，获得重组的亚克隆多肽，为进一步研究PBl亚基功能奠定基础。方法 以FB1亚基cDNA为模板，用PCR方法扩增出PB1-1片段，应用定向克隆策略将扩增后片段与高效表达载体pQE30重组，阳性克隆重组质粒经酶切及测序鉴定，IPTG诱导各亚克隆系高效表达；优化表达条件。结果 PCR法扩增出487bp的片段，酶切及测序鉴定获得正确的重组质粒，在E．coli M15中表达得到相对分子量约为20KD的重组蛋白，获得蚕组多肽。结论 成功地亚克降及表达了流感病毒RNA聚合酶PB1-1亚基。     

人IL-26的基因克隆及其真核表达载体的构建

基因，构建其真核表达载体并探讨在真核细胞中的表达。方法：提取人外周血单个核细胞总RNA，逆转录 聚合酶链反应（RT PCR）扩增hIL 26基因；目的片段与pMD18 T载体连接，转化大肠杆菌E.coli DH5α,菌落PCR、酶切分析和DNA序列分析鉴定重组克隆。用SalⅠ和EcoRⅠ将目的片段切下，插入pIRES2 EGFP的相应位点，构建表达载体pIRES2 EGFP/hIL 26并进行酶切鉴定。将重组质粒用非脂质体试剂Fugene 6转染至COS7细胞中。结果：重组克隆载体pMD18 T/hIL 26内插入片段序列与GenBank上报道的hIL 26基因序列完全一致；pIRES2 EGFP/hIL 26经酶切鉴定与预期结果一致；荧光显微镜观察可见转染后的细胞有荧光出现，Western blotting 鉴定证明hIL 26基因得到了有效表达。结论：成功构建了hIL 26基因的真核表达载体并在真核细胞中获得了有效表达。     

PCR/RFLP对临床标本沙眼衣原体直接基因分型

建立泌尿生殖系统沙眼衣原体感染阳性标本直接基因分型方法。先用敏感的扩增沙眼衣原体特异质粒的引物扩增５００份临床标本，初筛选出１００份阳性标本再用扩增沙眼衣原体主要外膜蛋白（ＭＯＭＰ）基因的引物扩增，并用嵌套式ＰＣＲ使阳性标本能扩增出ＭＯＭＰ基因，对获得的ＭＯＭＰ基因用限制性酶切片段长度多态性（ＲＦＬＰ）方法进行基因分型，并用银染观察结果。其中Ｅ型比例最高，占４７％；Ｆ型为１６％；Ｄａ、Ｇ型均为６％；Ｂａ、Ｄ型各占５％；Ｈ型及Ｋ型均为１％，混合型Ｋ／Ｆ型２％；混合型Ｄ／Ｊ、Ｅ／Ｇ均为１％；未能分型有９％。     

应用AdEasy-1腺病毒系统构建含人nm23-H1基因的重组腺病毒质粒

目的应用AdEasy-1腺病毒载体系统制备含人nm23-H1基因的重组腺病毒载体。方法设计带有限制性内切酶KpnⅠ和XhoⅠ双酶切位点的引物,利用PCR法从质粒pMD18-T-nm23-H1上克隆出nm23-H1 cDNA并定向连接至穿梭载体pShuttle-CMV上,行KpnⅠ和XhoⅠ双酶切鉴定和测序。将pAdEasy-1腺病毒骨架载体电转化B J5183感受态细菌,Pm eⅠ酶线性化并去磷酸化处理重组质粒pShuttle-CMV-nm23-H1,并电转化含pAdEasy-1的B J5183感受态细菌,利用卡那霉素筛选,PacⅠ酶切鉴定,重组腺病毒质粒在XLGold-10感受态细菌中大量扩增,产物行PCR鉴定。结果经KpnⅠ和XhoⅠ双酶切pShuttle-CMV-nm23质粒得到460bp的片段,该片段经测序与nm23-H1基因序列一致,重组腺病毒质粒pAdEasy-nm23-H1经PacⅠ酶切后可以得到3.0kb和4.5kb的片段,大量扩增重组腺病毒质粒后行PCR仍然得到460bp的片段。结论利用AdEasy-1腺病毒系统成功构建含人nm23-H1基因重组腺病毒质粒。     

携带信号肽NT4-GFP-穿膜肽Ant融合基因的重组腺相关病毒载体的构建及意义

目的：构建携带具有穿膜功能的融合报告基因NT4-GFP-Ant基因的重组腺相关病毒载体。方法：应用PCR技术和T载体克隆法克隆绿色荧光蛋白（GFP）基因;用T4 DNA连接酶将测序正确的GFP与已构建成功的Ant基因片段及PBV220/NT4线性质粒载体定向连接,构建PBV220/NT4-GFP-Ant融合载体,酶切获取融合基因,并将其连入腺相关病毒载体PSSHG中,构建PSSHG/NT4-GFP-Ant重组腺相关载体并进行酶切鉴定。结果: T-easy/GFP经EcoRⅠ酶切后,可得到730 bp左右的片段,GFP基因经DNA测序证实与GenBank序列一致;pBV220/NT4-GFP-Ant经BamHI/EcoRⅠ联合双酶切后,得到约为 1 000 bp的基因片段; PSSHG /NT4-GFP-Ant经 BamHI/EcoRⅠ联合双酶切后,得到大小约为1 000 bp长度的基因片段。结论：成功克隆GFP基因,成功构建NT4信号肽-GFP-Ant穿膜肽融合基因和PSSHG/NT4-GFP-Ant重组腺相关病毒载体。     

人FRNK重组腺病毒的构建

目的:应用AdEasy复制缺陷型腺病毒载体系统构建人FRNK基因重组腺病毒,并在HEK293细胞中扩增制备重组病毒。方法:把人FRNK基因克隆入腺病毒穿梭载体pAdTrack-CMV中,构建腺病毒质粒pAdTrack-CMV-hFRNK,经PmeⅠ内切酶酶切成线性化后,采用电穿孔转化将其转化到含有腺病毒骨架载体pAdEasy-1的感受态大肠杆菌BJ5183中,通过卡那霉素筛选获得阳性腺病毒重组质粒。再将获得的腺病毒重组质粒转染到HEK293细胞进行包装,获得人FRNK重组腺病毒pAdhFRNK。荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白的表达。结果:经酶切和绿色荧光蛋白表达证明了hFRNK基因的重组腺病毒载体pAdhFRNK构建成功,并制备出高滴度的重组病毒。结论:成功构建携带人FRNK基因的重组腺病毒pAdhFRNK,为研究FRNK的基因治疗奠定了基础。     

含血管内皮生长因子启动子驱动CD自杀基因重组腺病毒的制备及其体外杀伤作用观察

目的 应用AdEasier-1系统高效制备含血管内皮生长因子(VEGF)启动子驱动CD自杀基因重组腺病毒并观察其体外肿瘤杀伤作用。方法 以JM109细菌基因组为模板,PCR扩增出含Hind Ⅲ/Bam HⅠ酶切位点的CD基因,亚克隆到pREP8,继而用Hind Ⅲ/XbaⅠ切出含pA加尾信号的CD基因,插入到预先构建的含VEGF启动子的转移质粒pAdtrack-VEGFP构建pAdtrack-VEGFP-CD。经PmeⅠ线性化后转化AdEasier-1细菌,用25 μg/ml卡那霉素筛选阳性克隆,先后进行琼脂糖电泳和PacⅠ酶切鉴定,筛选出正确重组腺病毒质粒pAdEasy-VEGFP-CD。经293细胞包装、扩增获得重组腺病毒Ad-VEGFP-CD,行PCR鉴定。通过测定细胞克隆形成率和细胞存活率观察重组腺病毒对体外培养的LoVo细胞的细胞毒作用。结果 构建重组腺病毒质粒的成功率为70%(7/10)。包装扩增后重组腺病毒的滴度为4.8×10¹² CFU/ml,PCR扩增结果与预期相符。在前药5-氟胞嘧啶存在下,重组腺病毒对LoVo具有明显杀伤作用,细胞克隆形成率和细胞存活率都明显下降。结论 应用AdEasier-1系统可以成功制备含VEGF启动子驱动CD自杀基因的重组腺病毒,该重组体具有明显的肿瘤杀伤作用。