PI3K在妊娠期糖尿病发病机制中的作用生物信息分析及验证

目的利用大数据生物信息挖掘算法探讨妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus,GDM）发病相关基因及其可能生物学功能在GDM发病机制中的作用。方法首先检索基因表达数据库,筛选并下载GDM差异表达芯片数据,采用R软件Lima包对差异表达基因进行筛选（Log2FC>1;P<0.05）;对筛选出的差异表达基因进行功能富集分析。采用数据库STRING构建GDM发病机制蛋白-蛋白相互作用网络,分析差异表达基因编码蛋白间的相互作用关系。利用Cytohubb软件进一步筛选信号通路中关键基因（hub基因）;同时选取30例GDM患者和30名正常分娩孕妇为研究对象,采用免疫组化方法对关键基因编码蛋白在GDM患者胎盘组织及正常妊娠产妇胎盘组织中的表达水平进行检测。结果2个数据集GSE51546和GSE87295纳入本次分析,2个数据集中共差异表达基因4个[TACSTD2,磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositide 3-kinase,PI3K),COLEC12和IGFBP6]。差异表达基因蛋白主要位于细胞质和细胞接合器,主要分子功能为磷酸转移酶活性,醇基作为受体和蛋白激酶,主要参与体内相关蛋白信号转导。京都基因百科全书通路分析显示,差异基因主要参与了PI3K-Akt信号通路、糖代谢途径相关通路和胰岛素信号通路。与筛选出的4个差异表达基因编码蛋白-蛋白相互作用网络54个蛋白节点,共574个相互作用链接,平均连接度为21.3,聚集度为0.74。根据蛋白-蛋白相互作用网络筛选出PI3K、TAL1和LYL1为GDM差异表达蛋白-蛋白网络中的关键基因（hub基因）,其中PI3K在3个关键基因中作用最为重要。GDM组中,阳性表达率为70.0%（21/30）,正常妊娠组阳性表达率达为100%(30/30)。GDM患者胎盘组织中PI3K的阳性表达低于正常妊娠者,差异有统计学意义(χ2＝22.47,P<0.05)。结论PI3K在GDM患者中存在明显的差异表达,并可能在GDM发生、发展中发挥重要作用。PI3K可能成为治疗和预防GDM的关键靶点。     

生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路

目的 利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出肺腺癌相关靶基因并进行验证。方法 从美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载编号为GSE10072的基因芯片,得到49例正常肺组织样本和58例肺腺癌组织样本,应用R软件读取原始数据并进行预处理,分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),接着对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建蛋白质互作网络,进一步从网络中筛选出核心基因,最后从转录水平和预后来验证分析结果。结果 肺腺癌组织和正常肺组织DEGs共888个,其中上调基因有317个,下调基因有571个。根据功能富集分析,细胞粘附、药物反应以及细胞外基质的组成是其较突出的生物学功能,细胞外基质受体相互作用通路以及补体和凝血级联反应通路是其突出的信号通路。得到8个核心基因进一步验证发现,GAPDH, TOP2A, BIRC5和CCNB1 4个基因的表达量与肺腺癌患者的预后相关。结论筛选出的核心基因可能在肺腺癌发展中具有重要作用,并有可能成为肺腺癌的治疗靶点和诊断靶标。     

KRAS突变对人肺腺癌转录组影响的生物信息学分析

目的 鼠肉瘤病毒致癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)突变型肺腺癌是临床常见肺癌亚型,发病机制不清,预后不良。推测可能与KRAS突变对整个基因组的影响有关。本研究通过对KRAS突变型肺腺癌的转录组分析,探讨其预后不良和耐药的组学机制。为研究KRAS突变型肺腺癌的发病机制和临床治疗提供指导。方法 从公共基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）中下载KRAS突变型肺腺癌的转录组数据库,首先利用R语言Impute程序包进行数据标准化,然后利用Limma程序包筛选差异基因,最后利用Robust rank aggregation算法筛选显著性基因。为进一步研究其表观调控机制,我们利用R语言Clusterprofile程序包和STRING数据库分别进行了KEGG pathway分析和蛋白质互作网络分析。结果 KRAS突变对全转录组影响复杂,包括改变细胞周期促进肿瘤细胞异常增殖;影响白细胞介素-17信号通路促炎反应导致免疫耐受,促进肿瘤生长;影响细胞色素P450信号通路导致耐药。结论 KRAS突变能够引起整个基因组发生异常变化,并与促进肿瘤生长、抑制抗肿瘤免疫以及耐药相关基因的表达密切相关。     

基于基因表达谱印记的癌症激酶抑制剂获得性耐药分析

目的 利用GEO数据库中的小分子激酶抑制剂在癌症中引发获得性耐药的基因表达谱,探究获得性耐药的机制和模式.方法 经数据预处理后,将涉及14种激酶抑制剂和11种癌症的42个获得性耐药实例基因表达谱中的上下调印记基因集构成数据集.根据Jaccard相似性距离,利用ward.D法进行层次聚类及模式划分.结果 通过计算分析,将42个耐药实例划分为11个社团和4种模式.通过进一步的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,发现了一些启发性的结果,如布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)抑制剂在弥漫大B淋巴细胞瘤中引发获得性耐药机制与叉头框蛋白(FOXO)信号通路相关,表皮生长因子受体(EGFR)抑制剂在不同癌症中引发获得性耐药的机制集中在肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-17(IL-17)、胞内磷脂酰肌醇激酶(PI3K)等通路的激活,黑色素瘤中的获得性耐药机制与PI3K、酪氨酸激酶受体3(ErbB3)、血管内皮细胞生长因子受体(VEGFR)等通路相关.结论 利用基因表达谱印记构建的激酶抑制剂获得性耐药数据集有助于更好地在宏观上对不同模式的获得性耐药机制进行解析.     

模拟失重下氧化应激对EA.hy926细胞miRNA表达谱的影响及生物信息学分析

目的探索模拟失重条件下EA.hy926细胞氧化应激后microRNAs(miRNAs)表达谱的变化及生物学意义。方法 EA.hy926细胞分为对照组(Con组)、对照氧化应激组(Con+H2O2)、模拟失重组(MG组)和模拟失重后氧化应激组(MG+H2O2),采用Illumina HiSeq 2500平台开展miRNAs测序并筛选差异表达miRNAs。筛选出的miRNAs以qRT-PCR进行验证,对验证具有显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测、靶基因Gene Ontology(GO)功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析。结果模拟失重下氧化应激导致EA.hy926细胞内miRNAs表达谱发生改变。qRT-PCR结果显示,与Con+H2O2组相比,MG+H2O2组细胞内hsa-miR-29b-3p、hsa-miR-200c-3p表达增加,与miRNA测序结果一致。GO及KEGG通路显著性富集分析结果显示,hsa-miR-29b-3p靶基因显著富集于细胞外基质等生物学过程及局部黏附信号通路,hsa-miR-200c-3p靶基因显著富集于调控细胞代谢过程等生物学过程及miRNA癌症通路等信号通路。蛋白互作分析结果表明,hsa-miR-29b-3p靶基因中COL家族蛋白处于互作关键位置,hsa-miR-200c-3p靶基因中RHOA处于互作关键位置。结论模拟失重下氧化应激可导致EA.hy926细胞miRNAs表达出现显著差异,其中hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-200c-3p可通过对靶基因及其信号通路调节对内皮细胞功能发挥调控作用。     

长非编码RNA HOXD-As2通路抑制直肠癌细胞增殖、转移作用机制研究

目的 探讨长非编码RNA(LncRNA)HOXD-As2通路抑制直肠癌细胞增殖、转移的潜在机制。方法 在直肠癌HCT116与HT29细胞中,转染阴性设为对照组,转染LncRNA HOXD-As2过表达质粒设为HOXD-As2组;转染空载体Vector设为Vector组,转染HOXD8过表达质粒设为HOXD8组。采用荧光素酶报告实验检测LncRNA HOXD-As2与靶基因HOXD8的相互作用。检测并比较4组细胞活力、增殖、侵袭、细胞迁移水平、上皮-间质转化相关蛋白表达水平及磷酸化蛋白激酶B/蛋白激酶B(p-AKT/AKT)、磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶/磷脂酰肌醇-3-激酶(p-PI3K/PI3K)、磷酸化雷帕霉素机械靶蛋白/雷帕霉素机械靶蛋白(p-mTOR/mTOR)蛋白相对表达水平。结果 与对照组相比,HOXD-As2组荧光素酶活性下降,而mRNA、蛋白相对表达情况增加,差异均有统计学意义(P<0.05)。与对照组相比,HOXD-As2组直肠癌细胞HCT116、HT29中HOXD8的mRNA与蛋白表达水平均显著上升,差异均有统计学意义(P<0.05)。与Vector组相比...     

辐射诱导lncRNA LOC102606465靶基因的筛选及生物信息学分析

目的 筛选电离辐射诱导的长链非编码RNA LOC102606465靶基因，探索其潜在生物学功能。方法 基因芯片检测LOC102606465下游差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），qRT-PCR对部分DEGs进行验证。对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析，构建PPI蛋白互作网络，以筛选显著模块及关键枢纽基因。结果 siRNA-447和siRNA-541的LOC102606465表达量显著低于siRNA-NC，差异具有统计学意义（t=29.095、13.751，P<0.01）。siRNA-447，siRNA-541共同变化的DEGs有374个（112个上调，262个下调）。qRT-PCR验证发现DEGs表达变化趋势与基因芯片结果一致。GO富集分析发现，下调DEGs显著富集于"氧化还原酶活性作用集群"（分子功能），"基底层" （细胞组分），"铵离子代谢过程" （生物过程）；上调DEGs显著富集于"蛋白磷酸酶抑制剂活性"（分子功能），"SNARE复合体" （细胞组分），"纤维蛋白溶解负调节" （生物过程）。KEGG分析发现，DEGs显著富集在外源物质细胞色素P450代谢通路，背腹轴形成信号通路，溶酶体信号通路，甘油酯代谢通路和P53信号通路。基于STRING数据库构建蛋白互作网络（包括194个节点与268个边缘），筛选出1个显著功能模块和5个关键枢纽基因ACTRT3、CDKN1A、DPYD、TMP4、PRKACB。结论 LOC102606465可能是调节电离辐射敏感性潜在的生物标志物，其表达下调在细胞响应辐射过程中发挥重要作用，并有望成为调节辐射敏感性的重要靶标。     

模拟失重下氧化应激对EA. hy926细胞影响的转录组学研究

目的探索回转模拟失重下EA.hy926细胞(人脐静脉内皮细胞与人肺腺癌细胞株A549的融合细胞)氧化应激后差异表达基因及其生物学意义。方法以EA.hy926细胞为研究对象,设置对照组(Con组)、对照氧化应激组(Con+H_2O_2)、模拟失重组(MG组)和模拟失重后氧化应激组(MG+H_2O_2组),采用Illumina Hi Seq 2500平台开展转录组测序,筛选差异表达基因;采用在线分析工具对差异基因进行Gene Ontology(GO)功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析;以qRT-PCR技术验证筛选出的差异基因。结果测序结果表明,与Con组相比,MG+H_2O_2组差异基因253个;与Con+H_2O_2组相比,MG+H_2O_2组差异基因169个。GO及KEGG通路显著性富集分析结果显示,与Con+H_2O_2组相比,MG+H_2O_2组差异基因可显著富集于细胞因子刺激的细胞反应等生物过程及TNF等信号通路。蛋白互作分析表明CXCL蛋白处于互作的关键位置;qRT-PCR结果显示筛选的差异表达基因BCL-2A1、CXCL-8、FAM196B在各组间的表达变化与测序结果一致。结论模拟失重下氧化应激可诱导EA.hy926细胞产生不同的生物学反应,并通过调节BCL-2A1、CXCL-8、FAM196B基因表达对内皮细胞增殖、凋亡等生理功能发挥调控作用。     

CDKN2A基因失活对喉癌的影响及其临床意义

 目的 研究细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)失活对喉癌的影响及其临床意义.方法 应用半定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和免疫印迹分析法检测喉癌手术切除组织68例,非肿瘤喉部组织68例,观察CDKN2A基因失活与喉癌发生发展的关系.结果 (1)喉癌组织CDKN2A mRNA表达明显少于非肿瘤喉组织(P<0.05);(2)喉癌组织中CDKN2A蛋白的表达明显低于非肿瘤喉组织,差异有统计学意义(两者的低表达率为80.9%、47.1%,过低表达率为52.9%、22.1%,P<0.05),并与病理分型无关;(3)Western blot电泳结果半定量分析显示,喉癌组织CDKN2A蛋白的表达水平明显低于非肿瘤喉组织(t=3.246,P＜0.05).结论 CDKN2A基因的变异及其编码蛋白质的失活与喉癌的发生发展明显相关.     

Optimization of the system of medical service of students of Cadet Schools of the Ministry of Defense of the Russian Federation

One of the factors of the successful military career guidance Cadet schools students is preserving and promoting their health. Medical support of children and adolescents aged 10-17 years should include the full range of medical and preventive measures defined for this group. The state of providing outpatient care for pupils at the Cadet School in St. Petersburg was studied. These results show that full medical care in accordance with the standards can be based only on children's health clinics. It is important that the organization of medical support pupils cadet schools should be cooperate with civilian health care.     

Estimation of accumulated dose of radiation by method of ESR-spectrometry of dental enamel of mammals

ESR-spectrometry was used to investigate radiation-induced paramagnetic centers in enamel of mammals: carnivores (polar bear and fox), ungulates (reindeer, European bison, moose), and man. Values at half the microwave power saturation of the radiation signal, P_1/2, evaluated at room temperature, was found to range from 16 to 26 mW for animals and man. A new approach to discrimination of the radiation induced signal from the total ESR spectrum of reindeer enamel is proposed. ‘Dose-response’ dependencies of enamel of different species mammals were measured within the dose range from 0.48 up to 10.08 Gy. Estimations of ‘radiosensitivity’ enamel of carnivores and ungulates showed good agreement with radiosensitivity enamel of man by ESR method.     

带状疱疹83例误诊原因分析

带状疱疹是由水痘—带状疱疾病毒引起的皮肤科常见疾病。其主要的病理损害,一是受累神经的严重炎症性浸润,继而导致受侵犯神经节内神经细胞变性、坏死;二是皮肤的水泡。迅速抑制神经节和相应的感觉神经纤维的充血、水肿和坏死,防止粘连形成,达到迅速镇痛、改善皮损,缩短病程及防止后遗症的发生是治疗的关键。因而,尽早明确诊断,     

海马头部浅沟消失对海马硬化诊断价值的探讨

目的　探讨海马头部浅沟消失对海马硬化的诊断价值。方法　对 18例经组织学检查证实的海马硬化患者的MRI检查资料和 18例年龄相匹配的对照组进行回顾性分析 ,观察海马头部浅沟的显示情况、海马头部大小和信号改变。结果　 18例海马硬化患者中 ,16例硬化侧海马头部浅沟消失 ,1例硬化侧海马头部浅沟明显变浅 ,几乎消失 ,1例硬化侧海马头部浅沟存在。硬化侧海马头部均有萎缩 ,并在T2 WI和液体衰减恢复 (FLAIR)成像呈高信号。海马头部浅沟消失对海马硬化诊断的敏感性为 88.9% ,特异性为 10 0 %。结论　海马头部浅沟消失是诊断海马硬化的一个可靠征象 ,结合患侧海马有萎缩性改变和T2 加权成像信号增高 ,可肯定诊断海马硬化。     

肝癌转移机制研究进展

肝癌细胞的侵袭和转移是肝癌治疗失败和患者致死的主要原因，因此，了解肝癌侵袭转移的相关机制十分重要。肿瘤转移是一个多步骤的复杂的生物学过程，多个因素参与了肿瘤转移的调控，癌基因的表达上调、抑癌基因的失活、免疫基因的失调、肿瘤细胞间粘附作用的丧失、新生血管的形成、蛋白水解酶的合成、细胞的迁移能力增强、肿瘤细胞和基底膜的粘附等等，都是促进肿瘤转移复发的重要因素。     

跟骨骨折临床治疗探讨

目的：探讨跟骨骨折的分型与临床治疗措施的选择。方法：自2002年1月-2008年1月，选择我科收治的跟骨骨折患者中的100例，分为手术组与非手术组，其中非手术组50例，手术组50例；男85例，女15例。结果：手术治疗组患者术后跟部疼痛不适、行走受限较非手术组明显轻。结论：手术治疗能大限度恢复跟骨的解剖结构，减少跟骨骨折所致的并发症。