淮南市新型冠状病毒核酸检测结果分析

目的建立新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸检测方法,比较新型冠状病毒感染肺炎患者上下呼吸道标本核酸检测结果的差异,为临床诊断SARS-CoV-2感染,如何选择标本类型以及提高核酸阳性检出率提供参考。方法采集31例疑似新冠肺炎患者呼吸道标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法对新型冠状病毒感染者的咽拭子和痰液标本进行双靶标(ORF1ab基因和N基因)核酸检测,应用卡方检验分析不同类型标本新型冠状病毒核酸阳性率的差异。结果 31份新型冠状病毒病例的咽拭子标本中,26份阳性,5份阴性,阳性率为83.8%;31份痰液标本中,29份阳性,2份阴性,阳性率为93.5%;两种标本检测结果差异无统计学意义(χ~2=1.449,P0.05)。不同发病时间患者咽拭子阳性率和痰液阳性检出率差异均无统计学意义(P=0.669)。比较咽拭子和痰液ORF1ab基因平均CT值(荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数),咽拭子较痰液高3.04; N基因CT值咽拭子较痰液高3.33。1例患者呼吸道标本阴性,肛拭子新冠病毒核酸阳性。结论咽拭子和痰液标本,均可用于SARS-CoV-2核酸检测。痰液ORF1ab基因和N基因CT均值低于咽拭子,更易检出,用于检测SARS-CoV-2更具优势。此外,呼吸道标本核酸检测阴性的患者,进一步检测消化道标本,对患者临床判断和疾病防控具有重要意义。     

15例COVID-19患者治疗后痰、粪便标本新型冠状病毒核酸检测结果比较

 

目的 探讨粪便样本作为疑似或确诊新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者筛查的可行性。方法 利用Real Time RT-PCR技术,对15 例COVID-19患者治疗后痰、粪便标本中新型冠状病毒的ORF1ab、N基因以及人体细胞管家基因核糖核酸酶P（ribonuclease P,RNase P）进行检测,比较痰、粪便标本检测阳性情况。结果 15例患者痰、粪便标本,人体细胞管家基因 RNase P均呈现典型的明显的扩增信号曲线。新型冠状病毒核酸检测,2例患者痰、粪便标本同时为阳性,4例患者痰、粪便标本分别为阳性;6例患者痰阳性标本中有2例同时扩增出ORF 1ab基因与N基因,6例患者粪便阳性标本中有4例同时扩增出ORF 1ab基因与N基因。结论 以呼吸道标本新型冠状病毒核酸检测阴性作为排除COVID-19及治愈标准在实施过程中需谨慎,可以尝试将粪便标本新型冠状病毒核酸检测阴性也纳入其中。

     

微滴式数字PCR和实时荧光定量PCR对新型冠状病毒肺炎患者不同时间血便尿中核酸检测结果初步探讨

目的 分析微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)的核酸检测结果,比较两种方法检测各类样本的差异性,为改进新型冠状病毒核酸检测方案提供数据支持。 方法 利用ddPCR和qPCR技术对已经确诊的3例新型冠状病毒肺炎患者发病不同时间的全血、尿液、粪便共22份标本进行新型冠状病毒核酸检测。 结果 两种方法对人保守区域基因扩增结果一致:全血标本信号最强,尿液次之,粪便最少;ddPCR在1份全血,1份尿液,5份粪便中检出ORF-1ab和N基因的阳性微滴,qPCR仅在3份粪便中检出上述基因,漏检的3个标本基因拷贝数平均浓度为128 copies/ml;ddPCR在发病<5、5~15、>15 d的各类标本中都有检出,qPCR检出以中晚期为主;重症病例用ddPCR均可测到阳性微滴,qPCR检测的各类标本均为阴性;轻症病例的各类标本中qPCR只有粪便核酸检测阳性,ddPCR检出率高于qPCR。 结论 ddPCR可以有效克服qPCR 灵敏度不足的难题,是对qPCR 的有益补充,尤其是针对病毒载量比较低的血液、尿液和可疑的粪便或肛拭子标本,适用于早期感染的判断及患者治愈后出院诊断。     

某市基地实验室新型冠状病毒核酸检测系统的性能评价

目的 评价某市核酸检测基地新型冠状病毒核酸检测系统的性能，以保证核酸检测结果的可靠性。方法 采用强阳性、弱阳性性能验证参考品及临床阴性样本对核酸检测系统的符合率、精密度、检测限和特异性进行验证。结果 符合率验证实验中，5份不同浓度阳性参考品检测结果均为阳性，5份阴性样本检测结果均为阴性，总符合率为100%；精密度验证实验中，强阳性和弱阳性参考品的ORF1ab基因批内精密度CV值分别为0.43%和1.31%，批间精密度CV值分别为0.56%和1.40%，强阳性和弱阳性参考品的N基因批内精密度CV值分别为1.19%和1.35%，批间精密度CV值分别为1.38%和1.47%，所有靶标精密度CV值均<5%；检测限验证实验中，弱阳性参考品重复测定20次的检出率均为100%；特异性验证实验[对加入严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒、中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒、冠状病毒229E型、冠状病毒OC43型、冠状病毒HKU1型、冠状病毒NL63型、H1N1流感病毒、乙型流感病毒、鼻病毒混合质粒的5份阴性标本检测]中，新型冠状病毒核酸检测结果仍旧均为阴性。结论 该新型冠状病毒核酸检测系统的各...     

咽拭子、鼻拭子、痰液中SARS-CoV-2核酸检测结果一致性及检出率分析

目的　通过对不同类型标本严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2）核酸检测结果的一致性及检出率分析,明确检测结果较优的标本类型。方法　回顾分析郑州市疾病预防控制中心自开展SARS-CoV-2核酸检测以来所有同时采集自同一被检者的不同种类的标本核酸检测结果,利用McNemar χ2检验分析不同标本病毒核酸阳性检出率的统计学差异;用kappa检验分析不同标本核酸检测结果的一致性。结果　本研究共有 61例被检者同时进行2种及以上标本的核酸检测,其中检测咽拭子标本158人次,痰液标本144人次,鼻拭子标本35人次;ORF1a/b基因和N基因同时检出率最高的为痰液标本（71.5%）,其次是鼻拭子标本（34.3%）,咽拭子标本检出率最低（29.1%）。同时进行痰液标本和咽拭子标本检测的有144人次,2者ORF1a/b基因检出率分别为75.0%、33.3%, N基因检出率分别为89.6%、42.4%,差异均有统计学意义（P均＜0.05）,ORF1a/b基因检出结果中2者间一致性差（k＜0.4）,N基因检出结果中2者间不存在一致性（k＜0）,痰液标本病毒核酸阳性检出率明显高于咽拭子标本;同时进行痰液标本和鼻拭子标本检测的有22人次,2者ORF1a/b基因检出率分别为63.6%、27.3%,N基因检出率分别为81.8%、40.9%,差异均有统计学差异（P均＜0.05）,ORF1a/b基因检出结果中2者间一致性差（k＜0.4）,N基因检出结果中2者间不存在一致性（k＜0）,痰液标本病毒核酸阳性检出率亦高于鼻拭子标本;同时进行鼻拭子标本和咽拭子标本检测的有35人次,鼻拭子标本病毒核酸阳性检出率高于咽拭子标本,2者ORF1a/b基因检出率分别为40.0%、25.7%,N基因检出率分别为51.4%、34.3%,但差异均无统计学意义（P均＞0.05）,一致性检验结果则表明2者一致性差（k均＜0.4）,因此2者在病毒核酸阳性检出率方面差异无统计学意义,但在核酸检出与未检出的结果方面存在差异,即检测结果可相互补充以提高检出率。结论　痰液标本病毒核酸阳性检出率高于咽拭子标本和鼻拭子标本,在人群筛查中3种标本检测结果可互相补充验证以减少漏诊。     

新型冠状病毒肺炎病例痰标本和鼻咽拭子标本病毒核酸检测效果比较

目的比较新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例的下呼吸道标本(痰)和上呼吸道标本(鼻咽拭子)病毒核酸的检测效果。方法采用实时荧光PCR方法,分别检测5例COVID-19病例同一时间采集的痰标本和鼻咽拭子标本中新型冠状病毒ORF1ab基因、N基因,并对检测结果进行比较。结果 5例COVID-19病例痰标本核酸检测ORF1ab基因、N基因的CT值低于鼻咽拭子,扩增曲线信号优于鼻咽拭子。结论 COVID-19病例同一时间痰标本病毒载量高于鼻咽拭子标本,核酸检测效果优于鼻咽拭子。     

生物安全实验室新型冠状病毒污染现状初步调查

目的了解生物安全实验室环境中新型冠状病毒污染现状,识别实验室内容易存在污染的重点部位,为明确消毒重点对象提供依据。方法用病毒采样拭子于实验后、环境消毒前对高频次接触物体表面和防护用品进行采样,用反转录荧光定量PCR检测新型冠状病毒ORF 1ab和N基因。结果共采集样本217份,检出4份核酸阳性,总体核酸阳性率1.84%,其中BSL-3、BSL-2和BSL-1实验室分别采样23份、184份和10份,3份阳性样本出现在BSL-2实验室的核酸提取间物表,分别来自传递窗门把手,实验室门把手和酒精喷壶外表面;1份阳性样本来自BSL-2实验室的防护服前臂。结论新型冠状病毒实验室重点部位存在一定程度的病毒污染,BSL-2实验室相对BSL-3和BSL-1实验室存在更高的环境污染风险。     

甘孜州93名出院新型冠状病毒肺炎患者和无症状感染者粪便中新型冠状病毒核酸检出情况

目的对出院的新型冠状病毒肺炎(简称"新冠肺炎")患者和无症状感染者粪便进行新型冠状病毒(简称"新冠病毒")核酸检测,了解出院人员粪便中带毒状况,为疫情防控提供科学依据。方法用实时荧光RT-PCR法对2020-02/04甘孜州93名出院新冠肺炎患者和无症状感染者粪便进行核酸检测,用SPSS 20软件对检测结果进行分析。结果 93份粪便样本中检出SARS-CoV-2阳性18份,阳性率为19.35%。其中73份出院新冠肺炎患者粪便,阳性率为20.54%,20份出院无症状感染者粪便,阳性检出率为15.00%;民族分布为藏族82名,汉族11名,阳性检出率为分别为19.51%和18.18%;性别分布为男性51名,女性40名,阳性检出率为22.64%和15.00%;年龄分布从3岁到77岁,平均年龄39岁,阳性检出率在临床分型、民族、性别和年龄上差异均无统计学意义。结论提示新型冠状病毒核酸在呼吸道检测阴性后,消化道持续核酸阳性,存在较大的潜在感染风险,应加强对已出院新冠患者和无症状感染者管理,建议粪便样本核酸检测做为解除隔离条件,同时应加强隔离点卫生消毒处理。     

实时荧光定量RT-PCR对新型冠状病毒3种不同生物学样本检出率的比较

目的用实时荧光定量RT-PCR(Real-time RT-PCR)方法对新型冠状病毒肺炎患者的鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液标本进行病毒核酸检测,并比较其检出率。方法采用成都市公共卫生临床医疗中心确诊的处于病程前期的新型冠状病毒患者的鼻咽试子样本(242份)、粪便样本(78份)、痰液标本(230份),其中包括同一时间采集患者的两种不同生物学样本(55份)和同一时间采集患者三种不同生物学样本(44份),均应用Real-time RT-PCR方法对病毒核酸进行检测,比较3种标本单独和联检的阳性检出率。结果鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液样本中SARS-CoV-2核酸阳性检出率分别为32.64%、39.74%和68.26%,差异有统计学意义(P<0.05)。三种样本类型联合检测的总阳性率(95.45%)大于两种样本联合。结论本研究中三种生物学样本单独检测阳性率以痰液检出率最高,粪便样本次之,鼻咽拭子样本最低,三种样本联合检测将大大提高COVID-19的检出率,为COVID-19实验室检测样本的选择和提高核酸检出率提供参考。     

新型冠状病毒实验室核酸检测方法及实践

目的研究新型冠状病毒(2019-nCoV)实验室核酸检测的原理方法,探讨实时荧光定量PCR方法在新型冠状病毒实验室检测中的价值与实验室注意事项。方法采用实时荧光定量PCR方法检测2020年1月23日-2020年2月2日就诊于解放军总医院海南医院发热门诊的患者以及筛查的湖北旅居者的咽拭子,采用实时荧光定量PCR的方法检测新型冠状病毒开放读码框1ab(ORF1ab)、核壳蛋白(N)基因。结果共检测的3 824例标本中,阳性病例35例,阳性率0.91%。结论疫情期间对发热门诊患者及湖北旅居者进行2019-nCoV核酸筛查是非常有必要的,实时荧光定量PCR是一种检测2019-nCoV科学可靠的方法,能快速准确地检测待检标本中的2019-nCoV核酸,对监测和控制疫情有重要意义。     

新型冠状病毒肺炎患者粪便中新型冠状病毒的分离鉴定

目的分离鉴定新型冠状病毒肺炎（COVID?19）患者粪便标本中的新型冠状病毒（SARS?CoV?2）,并进行生物学特性分析。方法利用Vero E6细胞对收集到的SARS?CoV?2核酸阳性粪便标本开展病毒分离,对产生细胞病变的培养物进行病毒核酸检测、免疫荧光抗原检测、病毒含量测定及全基因组测序分型。收集每代细胞培养物后进行半数组织培养感染剂量（TCID₅₀）实验。结果8份粪便标本经处理后分别接种Vero E6细胞,培养48 h,1份标本在Vero E6细胞上发现明显细胞病变。8例COVID?19患者粪便病毒核酸阳性标本中分离到1株SARS?CoV?2,阳性分离率为12.5%。病毒能稳定传至第3代,P1代病毒TCID₅₀为104.0/0.2 mL,P2代病毒TCID₅₀为104.5/0.2 mL,P3代病毒TCID₅₀为104.75/0.2 mL。8份粪便样本中仅1份有SARS?CoV?2活毒的复制扩增,传代培养的核酸检测Ct值约为10。该分离株的序列与Wuhan?Hu?1株序列（GenBank MN908947）的同源性>99.99%。结论从COVID?19患者粪便中分离到SARS?CoV?2活毒株,COVID?19患者中不仅存在粪便排毒的现象,且有活病毒存在。     

新型冠状病毒感染者居住环境用品核酸检测与分析

目的 对新冠肺炎患者确诊前的居住环境中密切接触物品开展新型冠状病毒核酸检测,评估传播风险。方法 选择2家经终末消毒72小时后的新冠病毒感染者居住场所,采集可能经口、手等密切接触的生活用品样本,采用实时荧光PCR方法检测新型冠状病毒核酸。结果 共采集生活场所样本41件,新型冠状病毒核酸（ORF 1ab靶标和N靶标）阳性5件,总阳性率为12.2%,其中患者1居家样本20件,阳性5件,阳性率25%;患者2居家样本21件均为阴性。结论 新冠肺炎患者在确诊前隔离居住期间的潜伏期,可通过密切接触等方式污染相关生活用品,具有导致共同生活成员感染风险,应加强对集中或居家隔离的新冠无症状感染者、密切接触者、出院返阳等高风险人员管理,做好病毒携带者和其他成员个人防护,对居住场所开展实时消毒和事后终末消毒,预防新冠持续传播。     

确诊患者病房新型冠状病毒污染状况

 

目的 了解新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者病房新型冠状病毒（SARS-CoV-2）污染状况。方法 对COVID-19患者病房物体表面以及患者手、护士手套外表面进行涂抹采样,采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）对涂抹拭子进行SARS-CoV-2核酸检测。结果 47份标本中1份SARS-CoV-2核酸检测阳性,阳性率为2.13%。阳性标本为采样当日SARS-CoV-2核酸检测阳性患者保暖衬衣袖口内表面涂抹拭子,保暖衬衣自患者入院后未曾更换;患者病房高频接触的物体表面如门把手、床档、床头桌、心电监护仪、输液泵等,以及患者手、护士手套外表面等消毒前采集的涂抹拭子SARS-CoV-2核酸检测均阴性。结论 COVID-19患者病房SARS-CoV-2污染程度较低,考虑与病房每日均进行物体表面的清洁消毒,以及强调手卫生有关。患者入院后应更换患者服,患者服应定期更换,有污染时随时更换。

     

上海市金山区2015—2019年流感病原学监测结果分析

目的 了解金山区2015—2019监测年度流行性感冒(流感)的病原学特征,为流感防控提供科学依据。 方法 收集金山区2015—2019监测年度流感样病例的鼻咽拭子标本,通过Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,核酸阳性标本用马丁达比犬肾 (Madin-Darby canine kidney, MDCK)细胞和(或)无特定病原体(specific pathogen free, SPF)鸡胚分离培养,对甲型流感进行HA基因分析。 结果 2015—2019监测年度共采集流感样病例鼻咽拭标本4 263份,流感病毒核酸检测总阳性率为23.95%(1 021/4 263)。其中甲型流感病毒检出阳性数占检测总阳性数的80.99%,主要为甲型H3N2和甲型H1N1。流感病毒检出阳性率及分型情况呈季节分布,各年龄组核酸检测阳性率差异有统计学意义(χ²=83.783,P<0.05),其中60岁以上组阳性率最高30.77%,0～岁组阳性率最低12.10%,不同性别间流感病毒核酸检测阳性率差异无统计学意义(χ²=3.740,P>0.05)。基因进化分析表明金山区甲型H1N1和H3N2流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,但与国内近几年分离到的甲型流感毒株比较,甲型H1N1和甲型H3N2流感病毒HA基因均存在一定的变异。 结论 金山区2015—2019年以甲型流感病毒株流行为主。目前的流感疫苗对甲型流感病毒具有预防作用,但不同年份流感病毒HA基因存在一定的变异,应加强流感病毒监测,及时发现病毒的变异情况,提高疫苗的保护作用。     

新型冠状病毒感染者核酸和抗体检测结果分析

目的 了解新型冠状病毒(novel coronavirus 2019,2019-nCoV)感染者不同时期、不同类型标本中病毒核酸和抗体的检测情况,为完善新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)诊疗和防控方案提供科学依据。 方法 2020年2月26—27日采集娄底市71例新冠肺炎确诊病例和25例无症状感染者的粪便、血液和咽拭子,应用RT-PCR方法开展2019-nCoV核酸检测,采用胶体金方法开展2019-nCoV抗体检测,分析检测结果。 结果 共采集96份粪便,95份咽拭子,83份血液标本,粪便2019-nCoV核酸检出率不同年龄组差异有统计学意义;无症状感染者阳性率(47.06%)高于确诊病例(12.70%),＜40岁患者的阳性率(37.5%)高于≥40岁患者的阳性率(8.33%);咽拭子的阳性率无症状感染者(12.5%)和确诊病例(11.3%)差异无统计学意义;血液标本2019-nCoV 抗体检出率为94.0%。 结论 出院患者咽拭子、粪便标本均不同程度检出2019-nCoV核酸,无症状感染者粪便标本核酸检出率高于确诊病例,提示应重点关注无症状感染者在疫情传播中的作用,需加强对无症状感染者、出院患者的持续追踪和管理,综合多个指标进一步评估传染性。     

移动式正压洁净舱的设计与试验研究

目的:设计移动式正压洁净舱,将其应用在新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸标本采集中。方法:设计移动式正压洁净舱,通过风机过滤单元(FFU)形成单向正压气流,高效过滤器(H13)和无臭氧紫外线杀菌灯对进入舱内的气体净化,臭氧发生器进行终末空气消毒形成感染控制屏障;采用空调、遮阳伞增加环境舒适度,使采样人员在正压舱内防护级别降低、负担减轻。结果:移动式正压洁净舱的FFU气溶胶过滤效率为99.99%,白色葡萄球菌杀灭率为99.9%,舱内正压达到30~60 Pa,换气次数达到60次/h,舱内环境使用自然菌沉降法采样达到千级洁净环境水平。结论:移动式正压洁净舱应用在2019-nCoV核酸采集,能够显著减轻医务人员防护负担、提高舒适度,降低院感防控成本。     

2019—2021年广西流感监测结果分析

目的 监测2019—2021年广西流感的流行情况，探索新冠疫情爆发前后广西流感的流行规律，为制定今后的流感和新冠防控方案提供科学依据。方法 在广西的17家国家级哨点医院，每日统计流感样病例，对符合条件的流感样病例进行采样，对标本进行流感病毒及新冠病毒核酸检测，并对2019—2021年广西流感监测的病原学检测结果进行统计分析。结果 广西流感监测网络在2019—2021年累计检测流感样病例标本69 604份，流感病毒核酸阳性11 619份，阳性率为16.69%，对流感病毒核酸阳性标本用MDCK细胞和鸡胚进行分离鉴定，共得到3 641株毒株，其中甲型H1N1 706株（19.39%），季节性甲型H3N2 632株（17.36%），B型Victoria系 2 289株（62.87%），乙型Yamagata系14株（0.38%）。2020年4月开始对流感样病例同时进行的新冠病毒核酸检测结果均为阴性。结论 2020年广西流感流行受到了新型冠状病毒肺炎疫情影响，从2、3月开始流感样病例数及流感病毒核酸检出阳性率显著降低，新冠预防措施有效控制了流感病毒的感染率。群体性的社会预防措施，即综合的非药物防控措施可以阻断流感和新冠等呼吸道传染病。     

Identification of a novel astrovirus in goats in China

In this study, a total of 143 fecal samples (107 diarrheic and 36 non-diarrheic) were collected from 11 goat farms in southwest China, and 3.7% of diarrheic and 8.3% of non-diarrheic samples were detected as astrovirus-positive by RT-PCR. A nearly complete astrovirus genomic sequence (SWUN/F4/2019) of 6278 nucleotides (nt), which contained a 6186 bp open reading frame, was successfully obtained. The genome of strain SWUN/F4/2019 shared the highest nt identity (77.0%) and the closest genetic relationship with CapAstV-G5.1. It is worth noting that in the nonstructural protein 1ab, strain SWUN/F4/2019 shared the highest amino acid (aa) identity (93.8%) with strain CapAstV-G5.1; however, its capsid protein shared the highest aa identity (72.7%) with the Sichuan takin astrovirus strain LLT03 and only shared 23.1–64.8% aa identities with all available ovine and caprine astrovirus strains. Interestingly, a region recombination event was predicted in the ORF2 gene of strain SWUN/F4/2019, with CapAstV-G5.1 as the putative major parental strain and CcAstV/roe_deer/SLO/D5–14/2014 as the possible minor parental strain. According to the species classification criteria of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), SWUN/F4/2019 may represent a novel astrovirus in goats. To our knowledge, this is the first detection of astrovirus in goats in China and a novel astrovirus strain was identified in goats. These findings increase the understanding of the epidemic and the genetic evolution of astroviruses.