昆明市2018年男男性行为者HIV-1基因型及耐药特征分析

目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC（39.4%,76/193）、CRF01_AE（34.2%,66/193）、独特型重组（20.2%,39/193）、CRF08_BC（3.1%,6/193）、CRF55_01B（1.6%,3/193）、B亚型（1.0%,2/193）和CRF68_01B（0.5%,1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190）,对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%,4/190）。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。     

基于分子传播网络分析昆明市HIV-1流行特点

目的 构建昆明市HIV-1感染者的分子传播网络并分析其网络特征,识别主要传播亚型、传播方式和重点高危人群,为本市艾滋病防控采取重点干预措施提供依据。方法 选择2019—2020年云南省传染病医院接受治疗的昆明市HIV-1感染者作为研究对象,并收集整理其的流行病学资料,采用RT-nested-PCR扩增HIV-1pol区基因,contig Express 6.0对序列进行剪切、拼接和校对,Bio Edit 7.0比对剪切序列,HIV-1 BLAST在线工具亚型分型和MEGAX进行亚型验证,使用Hy Phy软件计算pol区基因序列之间的成对基因距离,Graph Pad-Prism8.0确定最佳阈值,导入Cytoscope3.7.2进行HIV-1分子网络可视化展示并进行网络特征分析。结果 成功扩增获得505条pol区基因序列,确定最佳阈值为0.013后,共有232条序列进入网络,入网率为45.94%。不同亚型、不同病毒载量、不同地区和不同耐药情况的入网构成比存在显著性差异。网络成簇总连接度为552,总的节点中位连接度M(P₂₅,P₇₅)=2.0(1...     

云南省昆明市2011年HIV-1耐药警戒线调查

目的调查昆明市2011年HIV耐药株的传播情况。方法采用WHO推荐的HIVDR-TS法进行调查,连续收集昆明市2011年16~25岁间新确诊的82份HIV感染者血浆样本进行HIV-1基因型检测及耐药株传播水平分析。结果54份样本成功扩增并测序。其中满足耐药传播水平分析的前41条序列中,18份样本(43.9%)为CRF07_BC亚型,16份为CRF08_BC(39.0%),另外7份为CRF01_AE(17.1%)。41份样本中,只有1条序列的核苷类逆转录基因有耐药突变(T69D),耐药传播水平的分析表明昆明HIV耐药株低流行率低于5%。结论耐药警戒线监测结果说明昆明市HIV耐药株为低流行水平,应继续定期进行HIV-1耐药警戒线监测。     

昆明市2010年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 了解2010年昆明市未经抗病毒治疗的HIV感染者中耐药株的传播水平.方法 根据WHO推荐的HIV耐药警戒线调查方法,对2010年1-8月收集的62份年龄＜25岁的HIV-1新发现感染者的血液样本进行HIV-1耐药基因型检测和耐药株传播水平分析.结果 62份样本中,54份完成耐药基因型鉴定.按pol基因区进行分型,其中53.2％的样本为CRF08 BC亚型,其他亚型包括CRF07_BC、CRF01_AE、C.根据采样时间顺序,前47份扩增阳性的样本用于耐药传播水平的分析,其中1份出现针对蛋白酶抑制剂类药物的耐药突变位点,耐药株流行率＜5％.结论 昆明市HIV耐药株尚处于低度流行水平,为控制耐药传播水平的上升,规范治疗及科学管理仍然是当前艾滋病患者治疗工作的重点.     

昆明市经性途径传播的HIV-1 gag基因亚型分析

[目的]研究分析昆明市经性途径感染HIV-1的人群中HIVgag基因亚型流行情况,为科学客观地分析昆明市HIV流行传播模式的变化提供参考。[方法]以2005~2007年间所发现的经性途径感染HIV-1的昆明市本地感染者为研究对象,取得他们口头知情同意后,利用问卷调查表进行"一对一"的当面调查,并采集血样,提取血液细胞DNA,对HIV前病毒的gag基因进行套式PCR扩增、纯化,测序,所得序列经过质量评价、校对、整理后,利用MEGA3.1软件构建系统进化树。同时通过使用洛斯阿拉莫斯HIV核酸序列库和美国NCBI提供的在线分析工具,对所获得序列进行在线比对,根据在线比对结果与所构建的系统进化树来判定序列所属HIV基因亚型。[结果]40名研究对象所感染HIV-1gag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中2人所感染HIV为CRF01-AE重组型,7人为CRF07-BC重组型,21人为CRF08-BC重组型。研究对象年龄在18~64岁之间;女性24人,男性16人;已婚者占80.0%;文化程度以初中为主,占60%;农民所占比例达57.5%。[结论]2005~2007年间所发现的经性途径感染HIV-1的昆明市本地感染者中,重组型毒株占据了绝对优势,流行情况更加复杂。     

福州市2013-2014年HIV-1新发感染情况及同性传播人群流行病学特征分析

目的 了解福州市HIV-1新发感染情况并分析同性传播人群流行病学特征。 方法 用BED HIV-1捕获酶联法对2013年7月-2014年6月福州市新确证的402例HIV-1感染者样本进行检测。从全国艾滋病综合防治信息系统下载HIV/AIDS病例卡并使用SPSS19.0统计软件进行分析。 结果 HIV-1新发感染者比例占25.9%,其中同性传播比例占31.7%,呈现出年龄低(t=19.006,P=0.000)、男性(χ²=5.922,P=0.015)、未婚(χ²=30.676,P=0.000)、文化程度高(χ²=9.051,P=0.003)为主的特征,且同性传播感染者主要是通过检测咨询及高危干预的途径发现的 (χ²=38.808,P=0.000)。 结论 福州市2013-2014年HIV-1新发感染人群中同性传播人群具有较明显群体特征,可根据其人群流行病学特征制定有针对性的干预措施。     

深圳市HIV-1感染孕产妇淋巴细胞亚群变化和毒株亚型分布特征

[目的]研究深圳市HIV-1感染孕产妇淋巴细胞亚群变化和毒株亚型分布特征。[方法]通过流式细胞仪分析HIV-1感染孕产妇CD4/8/3细胞、B淋巴细胞、NK细胞亚群和CD45阳性白细胞绝对计数值,比较这些指标与其他女性HIV-1携带者的差异;RT-PCR套式扩增深圳地区HIV-1感染孕产妇HIV-1病毒env区基因,经基因测序后构建基因进化树并分析其亚型分布。[结果]发现HIV-1感染孕产妇CD4/8/3细胞、B淋巴细胞、NK细胞亚群和CD45阳性白细胞绝对计数值均低于其他女性HIV-1携带者;HIV-1感染孕产妇HIV-1毒株主要为01_AE型。[结论]HIV-1感染孕产妇免疫功能偏低,加强该人群的免疫功能监测,避免继发感染,对降低婴儿HIV-1感染率有重要作用。     

PEIA法检测吸毒人群HIV-1血清亚型分析

目的建立PEIA法检测HIV-1血清亚型,了解吸毒人群HIV-1感染毒株的血清亚型分布特征,为疫苗和诊断试剂的研制、使用提供科学依据。方法问卷调查了解一般情况和HIV-1感染行为;ELISA法检测HIV-1的抗体阳性率,,nested-PCR检测HIV-1 evn基因V3区;PEIA法检测HIV-1血清亚型。结果吸毒人群HIV-1感染率为57.14%,感染因素为静脉共用注射器吸毒和无保护性交。HIV-1毒株血清亚型为C、E、EC混合型,以C亚型为优势亚型,同一个体可能同时感染不同亚型的病毒株或出现重组毒株。除了上述亚型外,还存在其他未能检测出来的亚型。结论PEIA法检测HIV-1血清亚型具有快速、简便的特点。吸毒人群HIV-1毒株亚型表现为多样性,应加强其变异的监测和研究。     

2013年江西省新报告HIV-1感染者新发感染检测状况及其免疫印迹条带特征分析

摘要:目的　分析2013年江西省新报告HIV-1感染者新发感染检测状况及其免疫印迹条带特征。方法　应用BED-CEIA法对2013年新报告HIV-1感染者中符合新发感染检测要求的样本进行检测。结果　符合新发感染检测要求的852名HIV-1感染者,检出新发感染者206名,长期感染者646名,BED-CEIA新发感染检测判定为长期感染和新发感染的HIV-1感染者在婚姻、文化程度和感染途径上差异有统计学意义（P＜0.05）。新发感染者WB检测条带中p66、p55、p51、gp41、p39和p31的阳性检出率显著低于长期感染者（P＜0.05）。结论　WB检测结果缺失p51和gp41时应高度怀疑其为HIV-1新发感染。     

昆明市2016-2018年男男性行为人群HIV-1分子网络特征分析

目的 分析云南省昆明市2016-2018年MSM中HIV-1分子网络的特征,探讨HIV-1传播网络的危险因素,为干预的有效实施提供依据。方法 2016-2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份,通过巢式PCR扩增HIV-1的pol区基因,按照最大似然进化树中bootstrap值 > 95%和基因距离 < 3%构建分子网络,对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。结果 459份样品获得pol序列,检测到7种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC（49.2%,226/459）和CRF01_AE（40.3%,185/459）为主,其他基因型包括URFs（4.8%,22/459）、CRF08_BC（3.1%,14/459）、CRF55_01B（1.7%,8/459）、B亚型（0.7%,3/459）和CRF68_01B（0.2%,1/459）。共163条序列进入网络,入网率为35.5%（163/459）,形成56个簇,簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析,发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大;多因素logistic回归分析结果显示,性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素;按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准,有6个传播簇可判定为活跃传播簇,外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。结论 昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂,进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴,活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预,本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

2013-2017年贵州省艾滋病患者HIV亚型分布

  目的  调查贵州省接受抗逆转录病毒治疗（antiretroviral therapy,ART）的人类免疫缺陷病毒/艾滋病（human immunodeficiency virus/acquired immune deficiency syndrome,HIV/AIDS）患者的HIV亚型分布特征,为艾滋病防治提供参考。  方法  采用方便抽样策略,收集贵州省2013-2017年间8 583份抗病毒治疗半年以上的在治艾滋病患者血浆,采用面对面问卷调查、HIV检测等横断面调查。  结果  其中有1 511例HIV病毒抑制失败（病毒载量,viral load,VL>1 000 copies/ml）,成功对1 410例（93.31%）HIV抑制失败患者的HIV pol基因进行基因分型。结果显示,51.42%为CRF01_AE基因型,26.67%为CRF07_BC基因型,16.1%为CRF08_BC基因型。  结论  通过对贵州省近年来HIV流行亚型和主要传播途径的变化分析,提示HIV基因突变引起亚型的改变应先于HIV主要传播途径的改变,及时监测HIV亚型变化可作为防治艾滋病的主要依据之一。     

2018年珠海市HIV-1基因型及耐药分析

目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

  目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。  方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。  结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ2检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4+ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。  结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

广西壮族自治区2020年新报告≥50岁男性HIV感染者的HIV-1基因亚型分布及其与首次CD4+T淋巴细胞的关联

  目的  分析2020年广西壮族自治区(简称广西)新报告50岁及以上男性(简称中老年男性)HIV感染者的HIV-1基因亚型构成特点及不同基因亚型与首次CD4+T淋巴细胞(简称CD4)计数的关联。  方法  以市为抽样单位,采用分层随机抽样法选取广西2020年新报告中老年男性HIV感染者为研究对象,对其血浆进行病毒RNA提取、逆转录扩增、测序、HIV-1基因亚型和亚簇判定,使用多因素模型评价CD4计数可能存在统计学关联的影响因素。  结果  共纳入分析606例HIV感染者,主要流行毒株有CRF01_AE、CRF07_BC及CRF08_BC三种,其构成比分别为57.6%(349/606)、17.2%(104/606)及22.1%(134/606),其首次CD4中位数分别为145(51, 271) 个/μL、212(110, 330) 个/μL及178(100, 307)个/μL。CRF01_AE感染者首次CD4值低于CRF07_BC感染者(Z=-3.363, P=0.002),也低于CRF08_BC感染者(Z=-2.983, P=0.009)。二元logistic回归分析模型分析显示,CRF01_AE为广西中老年人群CD4≤200个/μL的独立危险因素(aOR=1.453, 95% CI: 1.047~2.017)。  结论  CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC为广西2020年新报告中老年男性HIV感染者主要毒株,其构成以CRF01_AE为主,CRF01_AE为CD4≤200个/μL的独立危险因素,提示感染CRF01_AE毒株中老年男性的疾病进展较快,对广西艾滋病流行危害较大。     

无锡市2013-2016年HIV-1亚型及进化分析

目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征,为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4+T淋巴细胞监测队列,进行HIV-1基因的扩增和测序,采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库;采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况,采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者,其中≥50岁占32.68%(67/205)。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE(51.67%,93/180)及CRF07_BC(17.22%,31/180)为主,不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义(χ2=16.99,P≤0.05)。CRF67_01B型(12.78%,23/180)所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示,无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3,最近共同祖先时间约为2003.10年,与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系,CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013-2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样,CRF67_01B型已经开始在无锡市流行,应持续监测HIV-1亚型变化,从分子角度为疫情预测提供参考依据。