阜新市HIV-1感染者和AIDS患者原发性整合酶基因耐药突变分析

目的了解阜新市HIV感染者和AIDS患者整合酶基因的变异情况,分析阜新市原发性整合酶基因突变及相关耐药情况,为治疗提供参考依据。方法收集2018年-2019年阜新市102例HIV-1感染者和AIDS患者外周静脉血,分离血浆,-80℃冻存备用。采用反转录巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因区并进行序列测定,分析IN区耐药突变位点及其耐药程度。结果在102例样本中,扩增并得到有效整合酶基因序列的共有72例。共发现4种基因亚型,其中CRF01_AE为主要亚型,占79.2%(57/72),其次是07BC亚型,占12.5%(9/72),其余3种亚型:B亚型3例、G亚型1例、65_CPX亚型2例。检出1例对整合酶抑制剂雷特格韦(raltegravir,RAL)和埃替格韦(elvitegravir,EVG)具有较低耐药能力,占1.39%(1/72),其耐药相关突变位点是E138A。不同CD4水平,不同治疗时间患者的整合酶基因变异率差异有统计学意义(P <0.01)。结论阜新市不同HIV-1基因亚型中,整合酶耐药突变现象和基因多态性具有相应的区别,需要对整合酶基因序列特征进行研究,掌握基线数据,从而为更好地开展抗病毒治疗提供科学依据。     

广西新诊断HIV/AIDS患者HIV-1整合酶区基因突变及整合酶抑制剂耐药分析

目的 了解广西新诊断HIV-1感染者整合酶抑制剂（integrase stand transfer inhibitors,INSTIs）耐药率、HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点的突变率及影响因素。方法 使用课题组2019年10月—2020年3月收集的广西新诊断HIV/AIDS患者血液样本，提取HIV-1整合酶区RNA、巢式PCR扩增整合酶基因并测序。利用斯坦福HIV耐药数据库确定患者HIV-1整合酶区耐药突变位点并计算患者耐药率。通过序列比对分析HIV-1整合酶区耐药相关多态性突变位点，使用多因素logistic回归分析HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点发生突变的影响因素。结果 320例HIV-1患者的HIV-1整合酶区序列中，以CRF01＿AE亚型（39.4%）为主，耐药率为2.19%，主要耐药突变位点为E92K(0.62%),次要耐药突变位点主要为E157Q(1.25%)。发生频率较高的HIV-1整合酶区耐药相关多态性位点有L74V(0.94%)、E138D(1.25%)和G163E(3.13%)。多因素logistic回归分析显示：HIV-1整合酶区耐药相关多态性突变的影响...     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

合肥市HIV/AIDS未治疗人群的耐药基因及亚型分析

目的了解合肥地区HIV/AIDS未治疗人群基因亚型和原发性耐药情况。方法应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区聚合酶基因,经DNA测序后进行系统进化树分析和耐药性分析。结果收集79例合肥地区HIV/AIDS未治疗者,经RT-PCR扩增并获得有效基因亚型序列65例,基因分型以CRF01-AE重组亚型最多39例（60.0%）;其次依次是CRF07-BC 21例（32.3%）、B亚型4例（6.2%）和CRF08-BC1例（1.5%）。1例蛋白酶抑制剂（PIs）主要耐药基因突变,2例反转录酶抑制剂（RTIs）耐药基因突变。总耐药突变率为4.6%（3/65）。结论当前合肥市主要的HIV-1流行亚型是CRF01-AE和CRF07-BC,HIV原发性耐药的发生率在国内处于较低水平。     

天津市男男性行为人群HIV感染者毒株亚型和成簇特点

目的 了解我市男男性行为人群（men who have sex with men,MSM）人免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）感染者毒株的亚型分布和成簇特点。方法 收集2013-2017年MSM随访研究中新发现和队列中阳转的未经抗逆转录病毒治疗（antiretroviral therapy,ART）的HIV感染者血浆样本,经RNA提取和扩增,共获得100份pol区序列,进行基因型、耐药突变和分子进化分析,并与人口学和行为学资料相结合分析其成簇特点。结果 HIV感染者流行的亚型依次为CRF01_AE占60.0%（60/100）,CRF07_BC占28.0%（28/100）,B亚型占6.0%（6/100）,CRF55_01B亚型占4.0%（4/100）,其他独特型二代重组亚型占2.0%（2/100）。传播性耐药（transmitted drug resistance,TDR）流行率为7%（7/100）,其中不同亚型的流行率依次为B亚型3.0%（3/100）、CRF01_AE 2.0%（2/100）、CRF07_BC 1.0%（1/100）和CRF55_01B 1.0%（1/100）。耐药突变以NNRTIs突变为主,占4.0%（4/100）,其次为NRTIs突变占2.0%（2/100）,PIs突变占1%（1/100）。成簇样本占31.0%（31/100）,共分布在13个传播簇内,成簇和非成簇的感染者的亚型、户籍和性病史差异均有统计学意义（均有P<0.05）。结论 天津市MSM感染者中HIV毒株亚型分布情况日趋复杂,新型重组和耐药毒株不断出现并传播,应引起高度重视。     

云南省男男性行为人群HIV/AIDS病例抗病毒治疗失败基因型耐药分析

目的了解云南省男男性行为人群艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)抗病毒治疗失败的基因型耐药情况,为提高艾滋病抗病毒治疗效果提供依据。方法选择2014—2019年云南省确证艾滋病病毒1型阳性、经男男性行为感染且抗病毒治疗失败的HIV/AIDS病例为研究对象,采集血浆样本,采用套式反转录聚合酶链反应(RTnPCR)扩增并测序,采用Contig Express软件拼接测序片段,整理后序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据网站比对耐药突变位点,获得序列对8种蛋白酶抑制剂(PIs)、7种核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)和5种非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的耐药程度。结果共纳入HIV/AIDS病例205例,血浆样本扩增阳性169例,耐药112例,耐药率为66.27%;不同年龄病例中,30～50岁的耐药率较高,为76.09%;不同基因亚型中,CRF01_AE的耐药率较高,为76.34%;不同用药方案中,采用"齐多夫定+拉米夫定+奈韦拉平"的病例耐药率较高,为77.08%。NNRTIs、NRTIs和PIs耐药率分别为62.72%、49.70%和2.96%;NNRTIs中的奈韦拉平和依非韦仑耐药率较高,分别为62.72%和61.54%。与NNRTIs相关的主要突变位点为K103,37例占21.89%;与NRTIs相关的主要突变位点为M184,67例占39.64%;与PIs相关的主要突变位点为M46L/K,5例占2.96%,且导致奈非那韦高度耐药。结论云南省男男性行为人群HIV/AIDS病例抗病毒治疗失败的耐药率相对较高,耐药的基因亚型以CRF01_AE为主,NNRTIs类药物耐药率较高,奈韦拉平和依非韦仑尤其需谨慎使用。     

浙江省HIV/AIDS未治疗人群耐药基因特征研究

目的：横断面了解浙江省未治疗人群耐药基因变异情况,补充耐药监测本底数据。方法：选取2004-2006年期间在各市县接受流行病学调查的104例未治疗HIV/AIDS感染者,对病毒载量高于最低检测限的99个样本进行HIV蛋白酶（PR）全长和部分逆转录酶（RT）基因区进行RT-PCR扩增测序。使用Stanford HIV Drug Resistance Database（ht-tp：//hivdb.stanford.edu）的在线耐药序列分析软件HIV DB进行序列分析,寻找耐药相关突变位点,并做出样本对各药物敏感性的结论。结果：扩增得到74份PI区序列,1份样本存在蛋白酶抑制剂（PIs）主要相关突变,耐药突变率为1.35%;得到83份RT区序列,4份样本存在逆转录酶抑制剂（RTIs）相关突变,耐药突变率为4.8%。总耐药突变率为6.02%（5/83）。结论：浙江省未治疗HIV感染者中耐药相关突变处于低流行状态。但具体感染者体内存在的PR和RT区主要耐药突变位点,会导致对抗病毒治疗药物不同程度的耐药,应该争取条件对治疗前病人进行基因型耐药检测。     

2016—2019年深圳市龙岗区16～25岁HIV感染者病毒亚型及耐药特征分析

目的 了解深圳市龙岗区抗病毒治疗前HIV - 1感染者基因亚型和耐药株流行现况。方法 HIV/AIDS流行病学数据来源于全国艾滋病综合防治数据信息管理系统。采用描述性研究方法,对HIV感染者的流行特征进行统计分析,率和构成比的比较采用χ2检验或Fisher精确检验。收集2016—2019年新报告的16～25岁的HIV感染者血清样品,扩增HIV pol区全部蛋白酶基因和部分逆转录酶基因区域,测序后进行HIV - 1基因分型和耐药突变位点分析。结果 173份血清样品成功获得pol序列片段,男性占93.64%(162/173),单身占95.95%(166/173),外省户籍者占65.32%(112/173),同性性传播占67.63%(117/173)。HIV - 1亚型以CRF07_BC(43.35%)和CRF01_AE(32.95%)为主,其次为CRF55_01B(13.87%)、B(5.78%)和其他亚型(4.05%)。不同年份HIV - 1亚型分布差异有统计学意义(H = 9.456,P = 0.042)。总传播耐药率为5.78%（10/173）,非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药率为4.62%(8/173),核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)为2.31%(4/173)。同性性传播的耐药率为7.69%(9/117),异性性传播为1.79%(1/56)。突变发生率为21.97%(38/173),未检测出PIs突变,主要耐药突变位点中5个针对NNRTIs和4个针对NRTIs。次要突变V179D/E高达17.34%(30/173),主要发生在CRF55_01B亚型,不同HIV - 1亚型检测出V179D/E突变差异有统计学意义(χ2 = 91.733,P＜0.001)。5例病例对一线治疗药物NNRTIs耐药,1例对NNRTIs和NRTIs双重耐药。结论 2016—2019年深圳市龙岗区HIV - 1亚型分布表现为以CRF07_BC和CRF01_AE为主,多个亚型共存的特点。HIV - 1感染者原发耐药率已达到中度水平,MSM人群中NNRTIs类药物的耐药需引起重视。应加强年轻的MSM人群的耐药监测。     

超深度焦磷酸测序技术用于HIV-1RT基因区原发性耐药突变的研究

目的：利用超深度焦磷酸测序技术（UDS）研究湖南省HIV感染者中原发性耐药流行趋势。方法90份未接受抗病毒治疗的HIV感染者同时采用UDS测序和Sanger测序进行HIV基因型耐药检测,测序结果采用斯坦福大学HIV耐药突变数据库进行分析比对,分析湖南省HIV-1反转录（RT）基因区原发性耐药突变情况。结果 UDS检测成功获取90份测序结果,84.4%为AE亚型（76/90）,发现38例（42.2%,38/90）针对RT基因区的耐药突变位点,其中14例样本仅发生核苷类反转录酶（NRTI）耐药突变（15.6%）,15例仅发生非核苷类反转录酶（NNRTI）耐药突变（16.7%）,9例样本同时发生了NRTI和NNRTI类耐药突变。在16个位置上共发现54次耐药突变。17例（18.9%,17/90）样本有针对RT基因区的中度及以上的耐药突变。传统Sanger法仅检出7例;其中针对NRTI类药物耐药的6例;针对NNRTI类药物耐药的5例。结论 Sanger法测序能够鉴定出显著的耐药性突变（≥20%）,但不能及时发现尚未达到显著突变量的突变位点或稀有型抗药型突变（＜20%）。而UDS则能更灵敏检测到低频突变毒株,这些耐药突变同样可在药物选择压力下快速的增长引起病毒学治疗失败,导致临床治疗失败。因此选择更高灵敏度和精确度的技术检测低水平耐药突变位点,对于HIV抗病毒临床治疗有着十分重大的意义。