| ABEEMσπ和OPLS-AA力场对蛋白质GA88/GB88的分子动力学模拟 |
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| 引用本文： | 王晶晶,刘翠,杨忠志.ABEEMσπ和OPLS-AA力场对蛋白质GA88/GB88的分子动力学模拟[J].高等学校化学学报,2013(1):142-148. |
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| 作者姓名： | 王晶晶 刘翠 杨忠志 |
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| 作者单位： | 辽宁师范大学化学化工学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重点项目(批准号:21133005,21073080)资助 |
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| 摘 要： | 将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.
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| 关 键 词： | 原子与键电负性均衡方法/分子力场 OPLS-AA固定电荷力场 GA88/GB88蛋白 分子动力学模拟 动力学性质 |
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