| hsa-miR-342-3p生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 马占兵,耿 芝,焦海燕,霍正浩.hsa-miR-342-3p生物信息学分析[J].生物信息学,2015,13(4):212-219. |
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| 作者姓名： | 马占兵 耿 芝 焦海燕 霍正浩 |
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| 作者单位： | 宁夏医科大学基础医学院医学遗传系与细胞生物学系,银川 750004;宁夏回族自治区生殖与遗传重点实验室, 银川 750004,宁夏医科大学基础医学院医学遗传系与细胞生物学系,银川 750004,宁夏医科大学基础医学院医学遗传系与细胞生物学系,银川 750004;宁夏回族自治区生殖与遗传重点实验室, 银川 750004,宁夏医科大学基础医学院医学遗传系与细胞生物学系,银川 750004;宁夏回族自治区生殖与遗传重点实验室, 银川 750004 |
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| 基金项目： | 宁夏医科大学2014年度校级科研项目(XM201401)。 |
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| 摘 要： | 通过生物信息学方法预测hsa-miR-342-3p靶基因及其功能机制。检索Pub Med有关hsa-miR-342-3p的研究报道并进行功能分析;检索miRBase获取hsa-miR-342-3p序列;通过Target Scan,Pictar和PITA数据库预测靶基因并取交集,对其进行组织和疾病特异性表达谱分析、功能富集分析(GO enrichment analysis)、信号转导通路富集分析(Pathway enrichment analysis)和蛋白质相互作用网络分析(PPI analysis)。结果发现:hsa-miR-342-3p序列在多物种间具有高度保守性;hsa-miR-342-3p在肾脏组织和急性淋巴细胞性白血病、乳腺癌疾病中表达水平较高(RPM≥1 000);预测得到14个hsa-miR-342-3p靶基因;靶基因分子功能分别富集于转化生长因子活性、DNA结合和蛋白激酶激活等(P0.05);hsa-miR-342-3p靶基因GO生物学过程主要集中于大分子代谢抑制,肺部组织发育、呼吸系统发育及管状组织发育建成(P0.05);细胞信号通路主要富集于TGF-Beta信号通路、细胞因子、受体作用信号通路及前列腺疾病信号通路(P0.01)。hsa-miR-342-3p在体内分布广泛,预测的靶向TGF-Beta信号通路可能在疾病发生中发挥重要调控作用,是具有潜在研究价值的生物学靶标。
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| 关 键 词： | hsa-miR-342-3p 靶基因 基因本体 信号通路 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2015/10/31 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2015/11/15 0:00:00 |
Bioinformatics analysis of hsa-miR-342-3p |
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| MA Zhanbing,GENG Zhi,JIAO Haiyan and HUO Zhenghao.Bioinformatics analysis of hsa-miR-342-3p[J].China Journal of Bioinformation,2015,13(4):212-219. |
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| Authors: | MA Zhanbing GENG Zhi JIAO Haiyan and HUO Zhenghao |
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| Affiliation: | Department of Medical Genetics and Cell Biology,School of Basic Medical Science,Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China;Key Lab of Reproduction and Genetics of Ningxia Hui Autonomous Region, Yinchuan 750004,China,Department of Medical Genetics and Cell Biology,School of Basic Medical Science,Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China,Department of Medical Genetics and Cell Biology,School of Basic Medical Science,Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China;Key Lab of Reproduction and Genetics of Ningxia Hui Autonomous Region, Yinchuan 750004,China and Department of Medical Genetics and Cell Biology,School of Basic Medical Science,Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China;Key Lab of Reproduction and Genetics of Ningxia Hui Autonomous Region, Yinchuan 750004,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Hsa-miR-342-3p Target genes Gene ontology Pathway Bioinformatics |
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