| 中国嗜吞噬细胞无形体分离株多间隔序列分型分析 |
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| 引用本文： | 程雪琴,张丽娟. 中国嗜吞噬细胞无形体分离株多间隔序列分型分析[J]. 中华流行病学杂志, 2014, 35(5): 585-587 |
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| 作者姓名： | 程雪琴 张丽娟 |
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| 作者单位： | 102206 北京, 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所无形体室;102206 北京, 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所无形体室 |
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| 基金项目： | 国家科技重大专项（2008ZX10004-008，2012ZX10004215）；国家基础研究项目—“973计划”（2010CB530206） |
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| 摘 要： | 目的 对我国嗜吞噬细胞无形体分离株进行多间隔序列分型（MST）分型。方法 根据GenBank收录的4株无形体全基因组序列，利用Mauve 2.3.1软件行种内基因组比对，选择具有变异间隔区进行引物设计，通过引物特异性及扩增效率等预实验筛选引物，并对实验菌株进行PCR扩增，分析单核苷酸多态性（SNPs）。将每株菌间隔序列拼接后进行分型分析并构建进化树，分析不同地区、不同动物种类来源菌株遗传变异关系。结果 共筛选出22对引物，用于我国11株无形体分离株 MST 分型，SNPs 分析显示，碱基转换发生率最高（60.2%，251/417），其中 A-G 转换居首（18.9%，79/417），颠换占23.0%（96/417），插入及缺失发生率占16.7%（70/417）。11株菌22条间隔序列拼接后（约11 047 bp）均为独立变异型。进化分析发现山东省莱州地区重症患者分离株（LZ-H1、H2、H3、H4、H5）及当地长角血蜱分离株 LZ-T1 与美国 Webster 株及 HZ 株聚为一簇，而北京分离株BJ-H1 与新疆分离株 XJ-H1 和 XJ-H3 聚为一类。莱州地区另一蜱分离株 LZ-T2 与新疆另外一人源分离株聚为一类，与莱州重症患者分离株遗传关系密切。结论 我国无形体分离株间隔序列存在明显的遗传多态性，MST分型技术可用于无形体疫情暴发时的快速诊断和疫情追踪。
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| 关 键 词： | 嗜吞噬细胞无形体 多间隔序列分型 |
| 收稿时间： | 2013-12-31 |
Multispacer typing of Chinese Anaplasma phagocytophilum isolates |
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| Cheng Xueqin and Zhang Lijuan. Multispacer typing of Chinese Anaplasma phagocytophilum isolates[J]. Chinese Journal of Epidemiology, 2014, 35(5): 585-587 |
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| Authors: | Cheng Xueqin and Zhang Lijuan |
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| Affiliation: | Department of Anaplasma, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China;Department of Anaplasma, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Anaplasma phagocytophilum Multispacer typing |
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