基于生物信息学和转录组测序分析结直肠癌5-FU耐药关键靶点 |
| |
引用本文: | 谢竹夫,' target='_blank'>,姚 菲,' target='_blank'>,吴清明,' target='_blank'>.基于生物信息学和转录组测序分析结直肠癌5-FU耐药关键靶点[J].现代肿瘤医学,2022,0(23):4226-4232. |
| |
作者姓名: | 谢竹夫 ' target='_blank'> 姚 菲 ' target='_blank'> 吴清明 ' target='_blank'> |
| |
作者单位: | 1.武汉科技大学医学院,湖北 武汉 430070;
2.职业危害识别与控制湖北省重点实验室,湖北 武汉 430070;
3.武汉科技大学附属天佑医院,湖北 武汉 430061 |
| |
基金项目: | National Natural Science Foundation of China(No.81573239);国家自然科学基金面上项目(编号:81573239) |
| |
摘 要: | 目的:筛选结直肠癌5-氟尿嘧啶(5-FU)耐药靶基因,并探究该基因对结直肠癌耐药细胞的作用及其作用机制。方法:通过GEO数据库分析GSE28702芯片筛选结直肠癌患者5-FU耐药与5-FU敏感的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);利用GO与KEGG数据库对DEGs进行通路富集分析;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用Cytoscpae的cytohubba工具筛选枢纽基因。构建5-FU耐药细胞株HCT8/5-FU,利用高通量转录组测序鉴定;采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)对诊断价值进行评价并基于TCGA数据库COAD数据集分析关键基因表达及预后;构建TF基因过表达载体转染到HCT8/5-FU细胞系,MTT法检测细胞活力;流式细胞术测定细胞凋亡与细胞周期;qRT-PCR与Western Blot检测基因mRNA和蛋白水平。结果:共筛选出239个DEGs;DEGs主要富集在细胞外囊泡、内吞囊泡腔、药物代谢等通路;PPI得到20个枢纽基因;转录组学显示转铁蛋白(transferrin,TF)在耐药株中显著下调(P<0.05)与生物信息学分析得到的DEGs中TF基因改变趋势相同;与正常结直肠组织相比,癌组织中TF低表达(P<0.05);TF高表达患者总体生存期更长(P<0.05);上调TF表达增强了耐药细胞的5-FU敏感性(P<0.05);上调TF表达增加了5-FU诱导的细胞凋亡与G_(0)/G_(1)期的阻滞(P<0.05);上调TF表达抑制了耐药细胞ABCC1的表达(P<0.05)。结论:基于生物信息学和转录组测序筛选出结直肠癌5-FU耐药靶基因TF,TF基因可能通过调控ABCC1表达降低结直肠癌5-FU的耐药性。
|
关 键 词: | 5-FU耐药 结直肠癌 生物信息学 转录组测序 转铁蛋白 |
本文献已被 维普 等数据库收录! |
| 点击此处可从《现代肿瘤医学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《现代肿瘤医学》下载全文 |
|