| 高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络 |
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| 引用本文： | 廖江铨,王阶,刘咏梅,段练,陈光. 高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络[J]. 中国实验方剂学杂志, 2017, 23(19): 28-33 |
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| 作者姓名： | 廖江铨 王阶 刘咏梅 段练 陈光 |
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| 作者单位： | 中国中医科学院 广安门医院, 北京 100053;北京中医药大学, 北京 100029,中国中医科学院 广安门医院, 北京 100053,中国中医科学院 广安门医院, 北京 100053,中国中医科学院 广安门医院, 北京 100053,中国中医科学院 广安门医院, 北京 100053 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（81673847） |
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| 摘 要： | 目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制。方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱。对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和star Base靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因。在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证。结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关。功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关。共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系。CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点。Real-time PCR结果验证了上述结果。结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础。
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| 关 键 词： | 冠心病血瘀证 lncRNA miRNA 高通量测序 转录组学 |
| 收稿时间： | 2017-04-21 |
Screen Coronary Heart Disease Blood Stasis Syndrome-related lncRNA-miRNA-mRNA Interaction Network Via High-throughput Sequencing technology |
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| LIAO Jiang-quan,WANG Jie,LIU Yong-mei,DUAN Lian and CHEN Guang. Screen Coronary Heart Disease Blood Stasis Syndrome-related lncRNA-miRNA-mRNA Interaction Network Via High-throughput Sequencing technology[J]. China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae, 2017, 23(19): 28-33 |
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| Authors: | LIAO Jiang-quan WANG Jie LIU Yong-mei DUAN Lian CHEN Guang |
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| Affiliation: | Guang''anmen Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100053, China;Beijing University of Chinese Medicine, Beijing 100029, China,Guang''anmen Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100053, China,Guang''anmen Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100053, China,Guang''anmen Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100053, China and Guang''anmen Hospital, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100053, China |
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| Keywords: | |
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