| O6-鸟嘌呤和O4-胸腺嘧啶甲基化与DNA碱基异常氢键作用的理论研究 |
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| 引用本文： | 林雪飞,孙成科,杨思娅,余仕问,姚立峰,陈益山.O6-鸟嘌呤和O4-胸腺嘧啶甲基化与DNA碱基异常氢键作用的理论研究[J].化学学报,2011,69(23):2787-2795. |
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| 作者姓名： | 林雪飞 孙成科 杨思娅 余仕问 姚立峰 陈益山 |
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| 作者单位： | (曲靖师范学院化学化工学院 曲靖 655000) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，云南省教育厅重点，曲靖师范学院科技创新团队 |
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| 摘 要： | 用密度泛函B3LYP方法在6-311＋G**基组水平上对顺(cis-)、反式(anti-)O6-甲基鸟嘌呤(O6-MeG)和O4-甲基胸腺嘧啶(O4-MeT)与DNA碱基(腺嘌呤A、鸟嘌呤G)的非Watson-Crick氢键二聚体进行了优化. 在MP2/cc-pVXZ (X＝D,T)//B3LYP/6-311＋G**水平上, 采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能, 并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE). 此外, 在B3LYP/6-311＋G**水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数, 并用分子中的原子理论(AIM)和电子密度拓扑方法分析了碱基间的弱相互作用. 计算结果显示, 甲基化使碱基对间的氢键作用模式发生了明显的扭转和不同程度的位移, 碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小, 甲基化对O6-MeG和O4-MeT与DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的, 这种影响主要来自于大体积的甲基的空间效应和给电子效应, 且对顺式的影响明显大于反式. 计算结果与文献给出的实验结论基本一致.
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| 关 键 词： | 甲基化 DNA碱基 氢键 AIM 拓扑分析 |
Theoretical Studies of the Abnormal Hydrogen-bond Interactions between O~6-Methylguanine and O~4-Methylthymine and DNA Bases |
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| LIN Xue-Fei,SUN Cheng-Ke,YANG Si-Ya,YU Shi-Wen,YAO Li-Feng,CHEN Yi-Shan.Theoretical Studies of the Abnormal Hydrogen-bond Interactions between O~6-Methylguanine and O~4-Methylthymine and DNA Bases[J].Acta Chimica Sinica,2011,69(23):2787-2795. |
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| Authors: | LIN Xue-Fei SUN Cheng-Ke YANG Si-Ya YU Shi-Wen YAO Li-Feng CHEN Yi-Shan |
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| Affiliation: | (School of Chemistry & Chemical Engineering, Qujing Normal University, Yunnan 655000) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | methylation DNA base hydrogen-bond AIM topology analysis |
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