| 人类miRNA-613的靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 巢潇莺,钟国强,蒋智渊,黎珊珊.人类miRNA-613的靶基因预测及生物信息学分析[J].中国临床新医学,2019,12(4):381-385. |
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| 作者姓名： | 巢潇莺 钟国强 蒋智渊 黎珊珊 |
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| 作者单位： | 530021 南宁，广西医科大学第一附属医院心血管内科（巢潇莺，钟国强），高血压科（蒋智渊），心电诊断科（黎珊珊） |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（编号：81660054）；广西自然科学基金资助项目（编号：2016GXNSFBA380115） |
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| 摘 要： | 目的利用生物信息学技术分析及预测人类miRNA-613(hsa-miR-613)的靶基因及其可能参与的生物学过程,为更深入的研究微小RNA与心脏疾病的关系提供基础。方法通过miRbase数据库和UCSC Genome Browser获取hsa-miR-613的序列及其染色体定位和物种间保守性等基本信息。应用miRDB、Target Scan、miRanda、DIANA-microT对hsa-miR-613进行靶基因预测取交集,合并miRTarbase数据库中已被实验证实的靶基因作为基因集,进行功能注释(GO分析)和pathway信号通路富集分析。结果 hsa-miR-613在物种间高度保守,其靶基因功能富集于血管发育、细胞增殖发育等生物学过程。靶基因存在于细胞各个组分,例如细胞质、细胞器、黏着斑等,其分子功能富集于蛋白结合和转录因子活性的调控等(P <0.05)。信号通路分析提示靶基因的信号通路显著富集于突触囊泡循环、剪接体、PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路、黏着斑等通路中,以及包括先天性心脏病的先天性疾病、心血管系统疾病的相关通路中(P <0.05)。结论 hsa-miR-613预测的靶基因富集于多个生物学过程,与心脏发育过程密切相关,为进一步研究提供了生物学基础。
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| 关 键 词： | 微小RNA-613 人类 靶基因 生物信息学 心脏疾病 |
| 收稿时间： | 2019/1/30 0:00:00 |
Prediction of homo sapiens-miRNA-613 target gene and its bioinformatics analysis |
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| CHAO Xiao-ying,ZHONG Guo-qiang,JIANG Zhi-yuan,et al..Prediction of homo sapiens-miRNA-613 target gene and its bioinformatics analysis[J].Chinese Journal of New Clinical Medicine,2019,12(4):381-385. |
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| Authors: | CHAO Xiao-ying ZHONG Guo-qiang JIANG Zhi-yuan |
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| Affiliation: | Department of Cardiovascular Medicine, the First Affiliated Hospital of Guangxi Medical University, Nanning 530021, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microRNA-613 Homo sapiens Target gene Bioinformatics Heart disease |
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