| 基于陆地棉茎尖转录组序列的genic-SSR标记的开发与评价 |
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| 引用本文： | 高阳,王芙蓉,刘国栋,张景霞,张传云,张军. 基于陆地棉茎尖转录组序列的genic-SSR标记的开发与评价[J]. 植物遗传资源学报, 2015, 16(4): 815-822 |
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| 作者姓名： | 高阳 王芙蓉 刘国栋 张景霞 张传云 张军 |
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| 作者单位： | 山东师范大学生命科学学院,山东棉花研究中心,山东棉花研究中心,山东棉花研究中心,山东棉花研究中心,山东棉花研究中心 |
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| 摘 要： | 利用软件MISA和SSR Locator 对陆地棉（Gossypium hirsutum L.）Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析，查找到4507个SSR位点，分布于4039条转录本序列中，SSR出现频率为5.5%，非编码区的SSR位点要显著高于编码区（2853/1654）。SSR重复基元中，三核苷酸重复基元占主导地位（51.03%），且AAG/CTT （20.08%）类型最多；其次是二核苷酸重复基元（28.76%），主要为AG/CT（55.47%）。利用引物批量设计软件共开发1569对SSR引物，在陆地棉TM-1、海岛棉3-79 (G. barbadense L.)、阿非利加棉(G. herbaceum L.)、雷蒙德氏棉(G. raimondii Ulbrich.)四个棉种中进行初步评价，其中1117对引物能在四个棉种间扩增出稳定的条带，扩增率为71.2%。选择650对能稳定扩增出条带的引物，在涉及5个棉种（增加了亚洲棉（G. arboreum L.））的13份材料中进一步筛选，83对引物能在13份材料中扩增出特异性条带， PIC变幅在0.121～0.648之间，平均值为0.422，其中80对引物能在7份陆地棉材料中扩增出特异性条带，平均PIC值为0.336；挑选5对在本实验室作图亲本鲁棉研22和鲁原343间有明显多态的引物进行连锁分析，其中4对成功连锁到本实验室构建的遗传图谱上。本研究丰富了棉属genic-SSR的数量，为棉属遗传作图、性状关联分析提供了更多引物选择。
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| 关 键 词： | 陆地棉；茎尖转录组；genic-SSR；多态性 |
| 收稿时间： | 2014-07-23 |
| 修稿时间： | 2014-09-10 |
Development and evaluation of genic-SSR markers based on shoot tip transcriptome information of Gossypium hirsutum L. |
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| Gao Yang,Wang Furong,Liu Guodong,Zhang Jingxi,Zhang Chuanyun and zhangjun. Development and evaluation of genic-SSR markers based on shoot tip transcriptome information of Gossypium hirsutum L.[J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2015, 16(4): 815-822 |
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| Authors: | Gao Yang Wang Furong Liu Guodong Zhang Jingxi Zhang Chuanyun zhangjun |
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| Affiliation: | Shandong Cotton Research Center,Shandong Cotton Research Center,Shandong Cotton Research Center,Shandong Cotton Research Center,Shandong Cotton Research Center |
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