奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析 |
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引用本文: | 杨卓妮娜,王秀伟,郭丽,张伟红,杨焕民,沈冰蕾,刘胜军.奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析[J].粉末涂料与涂装,2018(10). |
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作者姓名: | 杨卓妮娜 王秀伟 郭丽 张伟红 杨焕民 沈冰蕾 刘胜军 |
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作者单位: | 黑龙江八一农垦大学动物科技学院;黑龙江尚志市中现育龙牛业 |
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摘 要: | 目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析。结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中。KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集。结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用。其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路。为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考。
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