| 拟南芥PAL基因家族鉴定及表达模式分析 |
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| 引用本文： | 秦余,田春尧,赵咏洋,黄思沛,宋思敏,廖海. 拟南芥PAL基因家族鉴定及表达模式分析[J]. 四川大学学报(自然科学版), 2022, 59(6): 066004 |
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| 作者姓名： | 秦余 田春尧 赵咏洋 黄思沛 宋思敏 廖海 |
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| 作者单位： | 西南交通大学生命科学与工程学院,成都610031 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年科学基金项目（31500276);四川省中医药管理局项目（2020JC0128;2021MS116）; 中央高校基本科研业务费医工结合项目（2682021ZTPY017）; 国家级大学生创新创业训练计划资助项目（202110613083）; 西南交通大学个性化实验项目（GX20211600310001） |
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| 摘 要： | 为研究苯丙氨酸解氨酶（PAL）作为苯丙烷类代谢途径的关键酶,在植物响应环境胁迫过程中的重要作用,本研究利用HMMER、Pfam与SMART等工具,从拟南芥全基因组中筛选获得 9 个PAL成员,分析其编码酶蛋白的理化性质、二级结构与保守基序等信息.同时,结合转录组与定量PCR分析PAL成员在干旱与盐胁迫条件下的表达模式.结果表明,拟南芥PAL成员的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成;亮氨酸和丙氨酸为含量较高的氨基酸残基;拟南芥PAL成员含有 20 种不同的保守基序,其中motif6含有ASG活性位点,为所有PAL成员所共有;较多PAL成员具有光响应、激素响应、胁迫响应和生长发育相关的顺式调控元件.转录组学与定量PCR分析发现,AT3G53260.1、AT3G53260.2与AT3G47660.1的mRNA表达水平在干旱与盐胁迫后发生显著变化,推测这 3 条基因可能参与拟南芥对干旱及盐胁迫的响应过程,表明PAL基因在调控植物生长发育与非生物胁迫响应过程中发挥重要作用.
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| 关 键 词： | 拟南芥 苯丙氨酸解氨酶 基因家族 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2022-03-28 |
| 修稿时间： | 2022-05-16 |
Identification and expression pattern analysis of PAL family genes in Arabidopsis thaliana |
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| QIN Yu,TIAN Chun-Yao,ZHAO Yong-Yang,HUANG Si-Pei,SONG Si-Min and LIAO Hai. Identification and expression pattern analysis of PAL family genes in Arabidopsis thaliana[J]. Journal of Sichuan University (Natural Science Edition), 2022, 59(6): 066004 |
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| Authors: | QIN Yu TIAN Chun-Yao ZHAO Yong-Yang HUANG Si-Pei SONG Si-Min LIAO Hai |
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| Affiliation: | School of Life and Science, Southwest Jiaotong University,School of Life and Science, Southwest Jiaotong University,School of Life and Science, Southwest Jiaotong University,School of Life and Science, Southwest Jiaotong University,School of Life and Science, Southwest Jiaotong University,School of Life and Science, Southwest Jiaotong University |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Arabidopsis thaliana Phenylalanine ammonia-lyase Gene family Bioinformatics analysis |
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