| 基于生成对抗网络的scRNA-seq批次效应校正方法 |
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| 引用本文： | 陈立鑫,林劼.基于生成对抗网络的scRNA-seq批次效应校正方法[J].福建师范大学学报(自然科学版),2023(6):21-31. |
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| 作者姓名： | 陈立鑫 林劼 |
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| 作者单位： | 1. 福建师范大学数学与统计学院;2. 福建师范大学计算机与网络空间安全学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(61472082)； |
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| 摘 要： | 单细胞转录组测序是一种在单细胞水平上测量基因表达的技术，已经广泛应用于生命科学研究领域.由于实验条件、技术平台、样本来源等因素的差异，单细胞转录组数据的批次效应会影响数据的可靠性和准确性.因此，批次效应校正是单细胞转录组数据分析的一个重要预处理步骤.提出了一种基于生成对抗网络的单细胞转录组测序数据批次效应校正算法scBCMGAN,结合自编码器和零膨胀负二项分布等对数据进行重构，在潜在层部分通过生成对抗网络使目标批次数据向源批次数据进行学习，达到校正批次效应的目标.实验结果表明该方法在真实数据集上具有显著优势，能够有效校正批次效应，且校正后数据适用于下游分析.
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| 关 键 词： | 单细胞转录组测序 零膨胀负二项分布模型 自编码器 生成对抗网络 |
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