家猪长链非编码RNA的组织特异性表达及其对肉质的影响 |
| |
作者姓名: | 王浩杰 张珍华 李琰 张霞 彭锐 |
| |
作者单位: | 四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室 |
| |
摘 要: | 长链非编码RNA(lncRNA)是一类无法编码蛋白且长度大于200 nt的RNA,lncRNA可参与生物体内多种调控与代谢过程,且在多种生物体内呈现出组织特异性的表达模式。然而,lncRNA在家猪Sus scrofa domestica体内的组织特异性表达模式和功能机制尚不明确。肌肉内脂肪(IMF)是影响猪肉品质的重要因素之一,IMF的沉积受多种机制的调控,而lncRNA对IMF的影响还有待深入研究。本研究利用GEO数据库中家猪RNA-seq数据,通过生物信息学方法共筛选23 678个lncRNA,包括14 309个新鉴定的lncRNA,其中1 218个被鉴定为组织特异性lncRNA(TS lncRNA)。与mRNA相比,lncRNA具有长度较短、表达量更低和外显子数量更少等特点。通过顺式作用与反式作用分别预测了TS lncRNA的潜在作用位点,并通过GO和KEGG分析进行功能注释,发现TS lncRNA的功能总体上与其所属组织或器官的功能相关。此外,发现了潜在影响家猪IMF含量的lncRNA MSTRG. 7256.5,并对其进行了RNA干扰与过表达实验,结果表明MSTRG. 725...
|
关 键 词: | 家猪 lncRNA 组织特异性 肌肉内脂肪 |
|
|