| DNA碱基甲基化对碱基间相互作用和DNA构象以及DNA-蛋白质结合的影响 |
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| 引用本文： | 杨思娅,姚立峰,余仕问,林雪飞.DNA碱基甲基化对碱基间相互作用和DNA构象以及DNA-蛋白质结合的影响[J].曲靖师范学院学报,2012,31(6):94-109. |
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| 作者姓名： | 杨思娅 姚立峰 余仕问 林雪飞 |
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| 作者单位： | 曲靖师范学院化学化工学院,云南曲靖,655011 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金“DNA碱基烷基化损伤及乳腺癌BRCAl基因甲基化的分子模拟研究” |
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| 摘 要： | 比较了采用量子化学从头算方法(ab initio)计算的非甲基化-甲基化DNA碱基间的氢键和堆积作用.结果表明,碱基甲基化损伤减弱了碱基间的氢键作用能,但使堆积作用能增大.应用自然键轨道(NBO)理论,分析了采用M062x/6-31+G(d,p)算法优化的C5-甲基胞嘧啶(C5-MeC)和O6-甲基鸟嘌呤(O6-MeG)与非甲基化碱基间的氢键结构.NBO分析揭示,甲基插入O6-G,改变了授受体作用方式,产生的空间障碍使cis-O6MeG…C的N1(G)…HN4(C)的距离增大,nN1(G)的电荷迁移能力减小,导致cis-O6MeG…C的氢键作用能小于anti-O6MeG…C.采用分子动力学方法 (MD)模拟了IBRCA基因启动子区富CpG序列中12mer的寡聚体,分析了CpG甲基化(mCpG)对DNA双链体构象的影响.结果表明,不同位点的mCpG,对DNA双链体平面内的碱基对结构基本没有影响,但CpG段的堆积结构参数以及DNA大小沟的宽度和深度发生了不同程度的改变.还进一步分析了mCpG对K50型同源域转录因子PITX2与DNA相互作用的影响.得到的结论与文献基本一致.
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| 关 键 词： | DNA 甲基化 NBO CpG 分子动力学 |
Effects of DNA Bases Methylated on Interactions between Base - Pairs, the DNA Conformations and Protein bound DNA |
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| Yang Siya,Yao Lifeng,Lin Xuefei.Effects of DNA Bases Methylated on Interactions between Base - Pairs, the DNA Conformations and Protein bound DNA[J].Journal of Qujing Normal College,2012,31(6):94-109. |
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| Authors: | Yang Siya Yao Lifeng Lin Xuefei |
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| Affiliation: | ,Yu Shiwen(School of Chemistry and Chemical Engineering,Qujing Normal University, Qujing Yunnan 655011,P.R.China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | DNA methylalLion NBO CpG molecular dynamics |
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