胃癌中IBSP基因表达及预后的生物信息学分析

目的：通过生物信息学分析筛选出胃癌和正常胃黏膜间差异表达基因，分析并预测其在胃癌发生发展及预后中的价值。方法：从癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库下载胃癌患者RNA-seq数据，使用软件R-Studio筛选差异表达基因，运用DAVID进行基因本体（gene ontology，GO）富集分析和京都基因与基因百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路分析，研究PI3K-Akt通路中表达差异最明显的基因，通过网站UALCAN对其进行表达量及临床病理特征分析，利用在线网站STRING构建蛋白互作网络，同时利用Kaplan-Meier Plotter在线分析其与胃癌患者预后的相关性。结果：共获得5 704个差异表达基因，包括1 225个上调和1 479个下调的蛋白编码基因；KEGG通路分析确定骨涎蛋白（inte－grin binding sialoprotein，IBSP）为目的基因；IBSP基因在胃癌组织中明显高表达（P<0.001）；且与胃癌患者的临床病理特征及不良预后明显相关（P<0.05）。结论：IBSP基因作为胃癌中潜在的癌基因，可能通过PI3K-Akt信号通路调控胃癌的早期进展，进而导致胃癌患者预后不良，有望成为胃癌新的临床诊断和预后标志物。

Bioinformatics analysis of IBSP gene expression and prognosis in gastric cancer