| 普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析 |
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| 引用本文： | 刘成,李晓旭,苏玉龙,郭永峰. 普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析[J]. 中国烟草科学, 2015, 36(4): 1-11. DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2015.04.001 |
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| 作者姓名： | 刘成 李晓旭 苏玉龙 郭永峰 |
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| 作者单位： | 1. 中国农业科学院烟草研究所, 青岛 266101;
2. 中国农业科学院研究生院, 北京 100081 |
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| 基金项目： | 农业部948项目“高通量植物衰老基因克隆技术(TASSEL-tagging系统)的引进、创新及利用项目”(2013-Z4) |
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| 摘 要： | SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草(Nicotiana tabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员;通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草SBP结构域的结构特征;通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析;分别利用GSDS和MEME对SBP转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析;利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况,并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。结果表明,普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员,氨基酸序列长度差异较大;系统发育分析表明,所有的SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族。转录组数据显示,SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异,但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明,该家族成员作为转录因子,在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。
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| 关 键 词： | 生物信息学分析 SBP转录因子家族 普通烟草 |
| 收稿时间： | 2015-03-20 |
Genome-Wide Identification,Phylogenetic Analysis and Expression Profiling of the SBP Transcription Factor Family in Nicotiana tabacum |
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| LIU Cheng,LI Xiaoxu,SU Yulong,GUO Yongfeng. Genome-Wide Identification,Phylogenetic Analysis and Expression Profiling of the SBP Transcription Factor Family in Nicotiana tabacum[J]. Chinese Tobacco Science, 2015, 36(4): 1-11. DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2015.04.001 |
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| Authors: | LIU Cheng LI Xiaoxu SU Yulong GUO Yongfeng |
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| Affiliation: | 1. Tobacco Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Qingdao 266101, China;2. Graduate School of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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