生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义

目的 利用生物信息学方法对GEO数据库进行探索,获取胰腺癌发生、发展的核心基因,分析胰腺癌发生、发展的潜在机制。方法 使用GEOquery包从GEO数据库获取胰腺癌相关芯片数据(GSE62452),利用Limma包进行差异分析,结合clustreProfiler包对上调基因和下调基因分别进行GO功能和KEGG通路分析,利用String在线网站对差异基因进行蛋白互作网络分析,利用Cystoscopes软件筛选出核心基因,最后借助TCGA数据库和芯片数据(GSE28735)对核心基因进行再次验证。结果利用生物信息学方法共获得286个差异基因,其中包含上调基因189个,下调基因97个。富集分析结果显示上调基因涉及细胞组织黏附、细胞外基质组织构成等功能以及蛋白消化与吸收、PI₃K-Akt等信号通路相关。下调基因与脂类消化、细胞壁破裂等功能和胰腺分泌等信号通路密切相关。通过蛋白互作网络筛选出20个关键基因,利用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析验证,发现3个基因(MMP11、LAMB3、PLAU)与胰腺癌预后明显相关。结论 通过生物信息学方法最终筛选出3个核心基因,为胰腺癌的诊断和预后提供了新的思路。