草鱼种质相关SRAP及SCAR的分子标记

采用相关序列扩增多态性(Sequence-realted Amplified Polymorphism, SRAP)技术分析野生草鱼和家养草鱼,筛选与草鱼种质退化相关的分子遗传标记.共进行88对引物组合的检测, 产生标记数目共计905个.依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出2 1个可能与种质相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析 .发现测得片段中有8个片段在GenBank中找到同源性较高的序列,而其他片段与数据库中序列的相似性较低.根据序列信息分别设计了3对引物.用这3对引物分别对草鱼三个群体进行 PCR扩增,分别产生了SCAR1(308 bp)、SCAR2(66 bp)、SCAR3(114 bp)3个扩增带.采用大样本对这3个标记进行验证,发现其中SCAR1在家养群体中呈现阳性,在野生群体中为阴性,可区分出这两种群体.以SCAR3为引物在174条家养群体中得到目的片段,在26个家养群体没有扩增出条带,分布频率为87%;在100个野生群体中有6个个体检测到该条带,分布频率为6%.以SCAR2为引物在野生群体中完全扩增出目的条带,淡水中心群体中有7条扩增到条带,前洲群体中没有扩增出条带,标记在家养种群中的分布频率为96.50%.因此SCAR1可作为草鱼家养群体的一个重要的分子遗传特征指标,为进一步进行分子标记辅助育种奠定了基础 动物学报 54(3):475-481,2008].

The SRAP and SCAR molecular markers for detecting germ degeneration in Ctenopharyngodon idellus

The sequence-related amplified polymorphism(SRAP) technique was applied to analyze the germ degeneration between two cultured populations(FFRC population and Qianzhou population)and one wild population(Hanjian population)of grass carp(Ctenopharyngodon idellus).Some loci showed quite different genetic frequencies due to artificial selection,which implied that these fragments were putative markers related to the germ degeneration trait.We developed a simple and effective method to further characterize these S...