| 登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析 |
| |
| 引用本文： | 方昕,胡珍,张俊磊,朱军民,陈炜,尚伟龙,袁文常,程航,黎庶,胡晓梅,饶贤才. 登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析[J]. 中国现代医学杂志, 2012, 0(14): 25-33 |
| |
| 作者姓名： | 方昕 胡珍 张俊磊 朱军民 陈炜 尚伟龙 袁文常 程航 黎庶 胡晓梅 饶贤才 |
| |
| 作者单位： | 第三军医大学微生物学教研室(重庆市微生物工程实验室) |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(No:31070811);重庆市自然科学基金(No:CSTC,2009BB5015);第三军医大学科研基金(No:2009XYY04,2009XHG03);国家重大新药创制(2012ZX09103301-038) |
| |
| 摘 要： | 目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。
|
| 关 键 词： | 登革病毒1型 全基因组测序 序列分析 |
Complete genome sequencing and analysis of dengue 1 virus GZ2002 strain |
| |
| FANG Xin,HU Zhen,ZHANG Jun-lei,ZHU Jun-min,CHEN Wei,SHANG Wei-long,YUAN Wen-chang,CHENG Hang,LI Shu,HU Xiao-mei,RAO Xian-cai. Complete genome sequencing and analysis of dengue 1 virus GZ2002 strain[J]. China Journal of Modern Medicine, 2012, 0(14): 25-33 |
| |
| Authors: | FANG Xin HU Zhen ZHANG Jun-lei ZHU Jun-min CHEN Wei SHANG Wei-long YUAN Wen-chang CHENG Hang LI Shu HU Xiao-mei RAO Xian-cai |
| |
| Affiliation: | (Department of Microbiology,College of Basic Medical Sciences,the Third Military Medical University,Key Laboratory of Microbial Engineering under the Educational Committee in Chongqing,Chongqing 400038,P.R.China) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Dengue virus serotype 1 genome sequencing sequence analysis |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
|
