| 牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 周学兰,吴晓云,梁春年,郭宪,丁学智,褚敏,阎萍. 牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析[J]. 基因组学与应用生物学, 2021, 40(3): 999-1006. DOI: 10.13417/j.gab.040.000999 |
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| 作者姓名： | 周学兰 吴晓云 梁春年 郭宪 丁学智 褚敏 阎萍 |
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| 作者单位： | 兰州大学草地农业科技学院,草地农业生态系统国家重点实验室,兰州,730020;中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃省牦牛繁育工程重点实验室,兰州,730050;中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃省牦牛繁育工程重点实验室,兰州,730050 |
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| 摘 要： | MicroRNAs (miRNAs)是一类非编码的小分子单链RNA,通过与靶基因的mRNA结合,抑制mRNA的翻译,参与多种生物学过程.本实验室前期通过高通量测序发现90日龄牦牛胚胎的背最长肌中miR-383的表达量显著高于成年牦牛.为探究miR-383在牦牛骨骼肌发育中的分子功能和机制,本研究对miR-383的靶基因进行预测,并进行生物信息学分析.通过TargetScan、miRDB和miRanda 3个软件预测了miR-383的靶基因,然后合并miRTarbase数据库中已被证实的靶基因作为基因集,分别用DAVID和KOBAS3.0在线软件对基因集进行功能注释(GO分析)和Pathway信号通路富集分析.结果 表明,牦牛miR-383序列在各物种间高度保守,靶基因功能富集于CD8阳性T细胞增殖的调控、核糖核蛋白复合物定位和负调控T细胞分化等生物学过程.信号通路分析发现靶基因的信号通路显著富集于PI3K-Ak、AMPK、FoxO和Focal adhesion等与肌肉发育相关的信号通路中.该研究结果将为miR-383功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为解析牦牛肌肉发育的分子机制提供新的研究方向.
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| 关 键 词： | miR-383 牦牛 靶基因 生物信息学 |
Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of Yak miR-383 |
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| Zhou Xuelan,Wu Xiaoyun,Liang Chunnian,Guo Xian,Ding Xuezhi,Chu Min,Yan Ping. Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of Yak miR-383[J]. Genomics and Applied Biology, 2021, 40(3): 999-1006. DOI: 10.13417/j.gab.040.000999 |
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| Authors: | Zhou Xuelan Wu Xiaoyun Liang Chunnian Guo Xian Ding Xuezhi Chu Min Yan Ping |
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