| 应用 PPIN分析肝移植临床耐受患者PBMC基因表达特点 |
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| 引用本文： | 徐洪来,肖 敏,杨 超,高 义,雒真龙,周鸿敏,陈忠华. 应用 PPIN分析肝移植临床耐受患者PBMC基因表达特点[J]. 生物信息学, 2013, 11(2): 136-141 |
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| 作者姓名： | 徐洪来 肖 敏 杨 超 高 义 雒真龙 周鸿敏 陈忠华 |
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| 作者单位： | 1. 华中科技大学同济医学院附属同济医院器官移植研究所,湖北武汉,430030
2. 华中科技大学同济医学院附属协和医院皮肤科,湖北武汉,430022 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划)(项目编号：2009CB522407) |
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| 摘 要： | 应用生物信息学方法分析肝移植临床耐受患者PBMC基因表达特征,筛选临床耐受关键基因。从GEO数据库获取19个肝移植临床耐受病例及22个非临床耐受病例基因表达谱数据。应用DAVID网络软件进行差异基因功能注释与聚类分析;通过Cytoscape软件的MiMI插件构建蛋白质相互作用网络(PPIN)筛选肝移植临床耐受关键基因。差异基因涉及蛋白质及RNA代谢、免疫应答、膜结构调节等复杂生物过程。PPIN网络分析获得10个临床耐受核心基因。我们的研究表明:肝移植临床耐受涉及外周血免疫细胞复杂的基因表达调控机制及蛋白质间相互作用;RNA的转录后加工及蛋白质降解在免疫耐受的形成中发挥了重要作用;RBM8A、DHX9、CBL、IKBKB、CSNK2A1、HSPA8等核心基因发挥重要的免疫调节功能。
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| 关 键 词： | 肝移植 临床耐受 基因表达谱 蛋白质相互作用网络 |
| 收稿时间： | 2012-12-27 |
| 修稿时间： | 2013-02-27 |
Apply protein-protein interaction network to analyze characteristics of the geneexpression in PBMC of operational tolerant liver transplant recipients |
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| XU Hong-lai,XIAO Min,YANG Chao,GAO Yi,LUO Zhen-long,ZHOU Hong-min and CHEN Zhong-hua. Apply protein-protein interaction network to analyze characteristics of the geneexpression in PBMC of operational tolerant liver transplant recipients[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2013, 11(2): 136-141 |
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| Authors: | XU Hong-lai XIAO Min YANG Chao GAO Yi LUO Zhen-long ZHOU Hong-min CHEN Zhong-hua |
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| Affiliation: | 1. Institute of Organ Transplantation, Tongii Hospital, Tongfi Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan,430030, China; 2. Department of Dermatology, Union Hospital, Tongii Medical College ,Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430022, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Liver Transplantation Operational Tolerance Gene Expression Profile PPIN |
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