京津冀地区猪圆环病毒3型的全基因组克隆与分析

【目的】监测近期在京津冀地区流行的猪圆环病毒3型毒株及其基因变异情况。【方法】以近期京津冀地区猪圆环病毒3型阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增猪圆环病毒3型全基因组片段,随后进行基因克隆、序列测定和序列分析。【结果】PCR扩增、序列测定和BLAST比对结果显示获得4株大小都为2 000个核苷酸的猪圆环病毒3型全基因组序列。基于全基因组核苷酸分析结果显示,这4株猪圆环病毒3型与选取的国内外15株猪圆环病毒3型的同源性均达98.4%以上,系统发育树显示上述PCV3毒株所处的分支虽有所不同但却都非常近,表明不同猪圆环病毒3型毒株之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性和保守性。基于开放阅读框2基因核苷酸的系统发育树显示上述猪圆环病毒3型毒株被分成3个分支,所得4株猪圆环病毒3型分别归属于基因型a与c,并呈现出一定的地域差异。【结论】获得了京津冀地区4株猪圆环病毒3型全基因组序列,虽然它们具有很高的全基因组核苷酸同源性与保守性,但却分属于2种基因型,并呈现出一定的地域差异。