吉林省汉坦病毒宿主动物携带病毒的遗传进化分析

目的对吉林省汉坦病毒(Hantavirus,HV)宿主动物携带病毒进行遗传进化分析。方法采集吉林省不同地区鼠肺样品,应用间接免疫荧光法(indirect immunofluorescence assay,IFA)鉴定出HV感染的阳性样本,利用Trizol试剂提取病毒RNA,RT-PCR法扩增阳性样本中M和S片段基因,并进行测序,应用DNASTAR软件对M和S片段基因的核苷酸同源性进行分析,并与汉城病毒(Seoul virus,SEOV)参考株进行比较;利用MegAligh软件进行蛋白序列中氨基酸差异性分析;利用MEGA 5.0软件进行系统发生分析。结果共捕获719只啮齿动物,其中褐家鼠(R.norvegicus)555只,黑线姬鼠(A.agrarius)74只,小家鼠(M.musculus)90只,HV抗原阳性率为1.39%(10/719);10份阳性样本中,7份来自褐家鼠,2份来自小家鼠,1份来自黑线姬鼠。用全长S引物扩增得到的10株病毒全长S基因片段,经同源性分析比较发现,各序列间的核苷酸同源性在92.8%~95.1%之间,与其他SEOV核苷酸同源性在90.2%~94.7%之间;用M引物扩增得到的部分基因片段,经同源性分析比较发现,各序列间的核苷酸同源性在96.5%~99.5%之间,而与其他SEOV核苷酸同源性在91.5%~97.7%之间;10株病毒全部属于SEOV。黑线姬鼠G蛋白365~769位点间有5个氨基酸差异位点(V494L、C546S、Y626C、M630L和V637I),小家鼠G蛋白365~769位点间主要有5个氨基酸差异位点(C378G/R、F420L、Q436P/R、E535G/A和C589G/W),但同种间在378、436、535和589位点也有差异;黑线姬鼠N蛋白1~430位点间存在P298L变异;小家鼠N蛋白变异位点较多,主要在M24K/N、A37D、I140M、M173K、D192E、L219V、P229A、D237E、H265Y、V284L、T333S、A389G和V425E变异。分离得到的10株病毒根据不同的来源地可分为两个不同的进化分支。结论研究表明吉林省宿主动物携带的HV仍以SEOV为主,其遗传进化呈现多样性。

Genetics and evolution of viruses carried by animal hosts of Hantaviruses in Jilin Province,China