淡水育珠蚌的RNA提取与RT-PCR分析

介绍了一种适用于淡水育珠蚌的高质量RNA提取方法,并进行RT-PCR分析,具有简便快速、适用性广等特点。     

半定量RT-PCR方法研究microRNA393在旱处理后的孕穗期水稻叶片和穗部的表达情况

microRNAs是新近发现的一类具有重要功能的小分子RNA.研究表明,一些miRNAs与植物抗逆反应相关.本文使用半定量RT-PCR的方法,研究了miR393在旱处理后的孕穗期水稻叶片和穗部的表达情况.结果发现,miR393在胁迫后的叶片和穗部表达上调.同时也发现,miR393在胁迫前后穗部的表达略高于其在叶片中的表达.实验结果也表明,半定量RT-PCR适用于分析miRNAs的表达.     

进境荷兰郁金香种苗中南芥菜花叶病毒的鉴定

为了防止南芥菜花叶病毒(Arabis mosaic virus,ArMV)传入我国,采用血清学、分子生物学、电镜观察及生物学接种等方法对从荷兰进口的郁金香种苗进行了ArMV检测。结果表明:ArMV血清学反应为强阳性;RT-PCR反应扩增出370bp的特异性目标条带;RT-PCR产物与已报道的3个ArMV部分外壳蛋白基因的核苷酸序列同源性为91.00%～93.24%,氨基酸序列同源性为99%～100%;免疫电镜观察到叶片病汁液中含有直径约30nm的球状病毒粒体;该病毒在黄花烟、白肋烟、矮牵牛和昆诺藜等鉴别寄主上引起坏死和褪绿等典型症状,经DAS-ELISA检测,这些接种寄主均呈ArMV血清学阳性反应。故将该病毒鉴定为南芥菜花叶病毒。     

Identification of divergent variants of Grapevine virus A

Eight isolates of Grapevine virus A (GVA), which induced different symptoms in leaves of Nicotiana benthamiana, were recovered from various grapevines. The dsRNA patterns of two isolates, which consistently induced mild vein clearing (referred here as mild isolates of GVA) were similar, but different from those of other isolates of GVA. Analysis based on overall nucleotide (nt) sequence identity in the 3 terminal part of the GVA genome, comprising part of ORF3 (putative movement protein, MP), entire ORF4 (capsid protein, CP), entire ORF5 and part of 3 UTR, revealed that GVA isolates separate into three groups (I, II, III), sharing 91.0–99.8% nt sequence identity within groups and 78.0–89.3% nt sequence identity between groups. Mild isolates of the virus were group III and shared only 78.0–79.6% nt sequence identity with the other isolates. The comparison of predicted amino acid sequences for MP and CP revealed many amino acid alterations, revealing distinct local net charges of these proteins for mild isolates of the virus. Based on both conserved and divergent nt regions in the CP and ORF5, oligonucleotide primers were designed for the simultaneous RT-PCR detection of all GVA isolates and for the specific detection of the most divergent virus variants represented here by mild isolates of the virus.     

齿兰环斑病毒与建兰花叶病毒分子检测研究

齿兰环斑病毒（Odontoglossum ringspot virus,ORSV）与建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus, CyMV）是严重危害兰科植物的两种主要病毒。本研究根据病毒外壳蛋白基因设计特异性引物,应用ELISA、普通RT-PCR、巢式RT-PCR和免疫捕获RT-PCR4种方法进行了检测研究与比较。结果表明：普通RT-PCR与ELISA方法检测灵敏度相当;巢式RT-PCR检测灵敏度要比普通RT-PCR与ELISA方法高出104倍以上;免疫捕获RT-PCR检测灵敏度介于普通RT-PCR和巢式RT-PCR之间。采用巢式RT-PCR方法对我国台湾进境的蝴蝶兰植株样本检测,1号样本出现与阳性对照一致的特异条带。双向测序分析,扩增产物序列与ORSV外壳蛋白基因具有100％的同源性,表明1号蝴蝶兰样本携带ORSV。     

灰飞虱体内水稻条纹病毒的检测

为评价灰飞虱体内水稻条纹病毒检测方法的适用范围,利用已经制备的水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)的多克隆抗体SV21和单克隆抗体3B9,采用多孔板间接ELISA、DIBA和Western blotting等三种方法进行单头灰飞虱Laodelphax striatellus Fallén(SBPH)体内RSV检测。结果表明,检测灵敏度以多孔板间接ELISA最高,其次为DIBA,Western blotting最低;用单克隆抗体3B9检测灵敏度高于多克隆抗体SV21。RT-PCR、IC-RT-PCR和DB-RT-PCR三种方法中,RT-PCR对单头灰飞虱稀释到400倍可检测到病毒;IC-RT-PCR在多克隆抗体SV21稀释浓度大于500倍时检测不出RSV,单克隆抗体3B9稀释浓度大于800倍时检测不到RSV;DB-RT-PCR检测结果显示,单头灰飞虱在稀释400倍后均无阳性反应。     

一株基因Ⅶ型新城疫病毒的分离及分子鉴定

从一起新城疫暴发的病例中分离出1株新城疫病毒（NDV），命名为铜山分离株（TS）。运用RT-PCR技术，克隆了该分离株F基因的重要功能片段（约0.5kb)，并进行了序列测定。序列分析表明，TS分离株在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为^112-R-R-Q-K-R-F^117，与NDV强毒株特征相符，且具有101外的K（赖氨酸）和121处V（缬氨酸）2个特征性氨基酸，与基因Ⅶ型NDV的特性完全相符。     

传染性法氏囊病病毒(IBDV)快速检测与分型技术

根据已发表的传染性法氏囊病病毒 (IBDV)核苷酸序列 ,在病毒结构蛋白 VP2编码基因的高变区两端外侧的保守序列内设计合成了 2条寡核苷酸引物 ,对各种不同致病性的 12株参考毒株进行了 RT- PCR检测。结果 :12个参考毒株均能扩增出约 6 79bp的目的片段 ,而对照的 5种鸡源性病原体 NDV、IBV、CAIV、E.coli、PM均未扩增到相应片段 ;对疑似 IBD的 34份临床病料进行检测 ,并同时在其扩增的片段内设计另 1对引物进行 Nested- PCR检测 ,结果基础 RT- PCR检测到 11份阳性 ,Nested- PCR检测到 2 3份阳性 ,后者的检出率大大提高。结果表明 ,建立的 RT- PCR诊断技术具有特异、快捷、敏感的特点。取限制性内切酶 Sac 和 Ssp 以及设计的 2条 vv IBDV(超强毒株 )特异性引物 ,分别应用 v VP2片段 PCR扩增产物的限制性内切酶分析和型特异性引物的 PCR扩增 2种方法 ,对 7个 IBDV分离参考毒株和 2 4个临床样品进行致病性分型。结果 ,确定 2 1株属于 c IBDV(经典毒株 ) ,8株属于 vv IBDV,2株未能确定 ;2种分型方法的结果基本一致 ,均可用于 IBDV的快速分型 ,型特异性引物的 PCR扩增方法更为简便和快捷