不同来源植物乳杆菌基因组结构和功能差异的比较研究

[目的] 本试验研究不同来源植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）基因特点以及在不同环境下其基因多样性,探究2株L.plantarum A8和P9在肠道生境及植物表面适应性的异同,为优良菌株的开发提供理论基础。[方法] 本研究对从动物肠道和植物表面分离获得的L.plantarum A8和L.plantarum P9的基因组进行分析,利用第二代测序技术（NextGeneration Sequencing,NGS）,基于Illumina NovaSeq测序平台,同时利用第三代单分子测序技术,基于PacBio Sequel测序平台,对L.plantarum A8和L.plantarum P9进行测序。采用Carbohydrate-active enzymes（CAZy）、Koyto encyclopedia of genes and genomes（KEGG）和Clusters of orthologous genes（COG）数据库对基因组进行功能注释;采用CGView软件绘制菌株的基因组环形图谱。应用比较基因组学与已经公开发表的其他L.plantarum基因组进行比较分析。[结果] 由研究可知L.plantarum A8和L.plantarum P9基因组大小存在差异,通过构建系统发育树发现2株菌与其他来源的L.plantarum分在同一分支,并且L.plantarum P9与母乳来源的L.plantarum WLPL04菌株距离最近,而L.plantarum A8与L.paraplantarum DSM10667距离最近。通过基因家族分析可知,2株菌共有基因为2643个,其中包括一些抗应激蛋白如热休克蛋白、冷休克蛋白。L.plantarum A8和P9独特基因分别为321和336个,L.plantarum A8中独特基因主要参与DNA复制、ABC转运系统（ABC transfer system）、PTS系统（phosphotransferase system）、磺酸盐转运系统、氨基酸生物合成等代谢通路;L.plantarum P9的独特基因以参与碳水化合物的运输和代谢基因居多,例如rpiA基因、lacZ基因、FruA基因等。[结论] 通过比较基因组学方法解析L.plantarum的基因组信息,发现动物肠道来源的L.plantarum具有较好的氨基酸转运能力,植物表面附着的L.plantarum菌株具有较好碳水化合物利用能力,从而为益生菌的开发与利用提供理论依据。     

巴泰病毒单克隆抗体的制备及鉴定

巴泰病毒(Batai virus,BATV)是一种人兽共患病毒,近年在全球广泛流行。我国也有人和动物感染的相关报道,而目前对BATV的研究仅局限于分子检测和全基因测序,还没有关于BATV单克隆抗体的相关研究,但制备特异性强、活性好的单克隆抗体也是防控BATV的关键。为了制备BATV单克隆抗体,本研究利用纯化的BATV作为抗原免疫雌性BALB/c小鼠,制备鼠源单克隆抗体。通过免疫小鼠后断尾取血,间接ELISA测其血清效价后,将SP2/0细胞与小鼠的脾细胞融合。ELISA方法筛选阳性细胞株,并进行亚克隆后制备单抗腹水,并利用辛酸-硫酸铵沉淀法纯化腹水。结果获得7株单克隆抗体,包括5株IgG型和2株IgM型。其中制备的3E2单克隆抗体效价最高为1∶32 000。经间接ELISA、间接免疫荧光和Western Blot检测表明,制备的3E2单抗具有较好的纯度、活性和特异性,为BATV快速检测方法的建立及致病机制研究奠定了基础。