NF-κB1基因干扰质粒的构建及其对DEV增殖的影响

[目的]探究NF-κB对DEV增殖是否有影响。[方法]以NF-κB1基因作为靶基因,设计并构建4个不同p GPU6/GFP/Neo shRNA表达载体,通过荧光显微镜法观察转染后细胞荧光密度和RT-PCR检测转染细胞NF-κB1基因转录水平以筛选最佳干扰质粒,分3种不同组别进行干扰实验后,以荧光定量PCR法检测DEV-NP基因表达变化。[结果]所构建的重组质粒p GPU6/GFP/Neo-NF-κB1-2对细胞NF-κB1基因的干扰效率最高,可达78. 77%;除先感染后干扰组对DEV增殖影响不大外,先干扰后感染组与同时感染和干扰组均对DEV增殖呈现出一定的抑制作用,其中先干扰后感染组在第72 h时的沉默效率最高,可达78%,而同时感染和干扰组于第48 h时的沉默效率最高,可达82%。[结论]RNA干扰下调NF-κB1基因会抑制DEV增殖。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道黏膜组织转录组变化分析

为了探究鸭肠炎病毒感染对鸭十二指肠黏膜组织相关免疫基因的变化影响,本试验采用鸭肠炎病毒接种35日龄的健康樱桃谷鸭,将其分为3组(2个试验组和1个对照组),在感染后24 h、48 h采集十二指肠,提取总RNA进行浓度、纯度及完整性检测后构建cDNA文库,使用BGISEQ-500平台对2个实验组和对照组黏膜组织测序,筛选差异表达基因,并用GO和KEGG数据库进行分析。结果显示,2个实验组感染鸭肠炎病毒后T24和T48分别筛选出共720个差异表达基因,其中T24表达上调58个,下调163个;T48表达上调77个,表达下调422个。GO功能注释结果显示,感染后差异基因都与代谢、免疫、炎症和调控途径等密切相关。KEGG通路富集分析发现,感染T24的差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、补体和凝血级联、氮代谢、cAMP信号通路和IL-17信号转导通路;感染T48的主要差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子-受体相互作用、趋化因子信号通路、造血细胞谱系和补体和凝血级联。借助BGISEQ-500平台对鸭肠炎病毒感染后十二指肠黏膜组织相关因子的变化来探究其致病机制及其他生物学通路,弥补了非模式生物转录组研究中缺乏基因信息的不足。     

山羊痘病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立与应用

利用DNAStar分析了GenBank中所有8株羊痘病毒全基因序列,选取位于山羊痘病毒(AY077835)基因组gp064区域约64bp的基因片段,设计并合成了一对PCR引物和一条TaqMan-MGB探针,建立了FQ-PCR和标准曲线,并利用该方法对山羊痘临床皮肤痘疹材料和人工感染动物材料进行GPV核酸检测。结果表明,构建的FQ-PCR具有良好的敏感性、特异性、稳定性和临床应用性。该方法的建立为山羊痘临床快速高效地诊断和山羊痘病毒感染羊只的发生、发展及转归研究提供了一种有效的手段。     

猪轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

为了建立一种适用于猪轮状病毒(PoRV)的逆转录-环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)的快速、灵敏检测方法。依据GenBank上登录的PoRV VP7基因保守序列,设计了6条特异性引物,通过对外引物与内引物浓度比、Bst DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度和反应条件等进行优化。结果显示,当外引物与内引物浓度比为200nmol/L∶2 400nmol/L(1∶12)、Bst DNA聚合酶浓度为0.64 U/μL、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为1.0mmol/L,在恒温(60℃)条件下作用60min,扩增效果出现明显"梯状"条带,同时对建立的RT-LAMP检测方法进行特异性和敏感性验证,其只有PoRV获得特异性扩增条带,与其他猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒等无交叉反应,具有良好的特异性,最低检测分子拷贝数为1.0×102拷贝/μL,具有极高的敏感性。反应结束后肉眼可见阳性扩增产物出现白色沉淀,加入SYBR GreenⅠ观察颜色变化可以判定结果。该方法适用于野外、基层部门和海关快速检测PoRV的新方法,在临床上有良好的推广意义。     

山羊痘口服疫苗构建及其安全性、稳定性检测

目的:探索山羊痘新型疫苗.方法:将山羊痘病毒P32基因插入真核表达载体pcDNA3.1(+),转化至减毒鼠伤寒沙门氏菌SL7207(aroA-);重组菌以不同浓度灌暇小鼠进行安全性检测,同时进行稳定性检测.结果:重组减毒沙门氏菌质粒PCR鉴定与预期大小(986bp、1 134bp)一致,完成山羊痘口服疫苗构建;安全性试验结果表明除1010CFU剂量组小鼠呈现轻微反应外,其它组别小鼠均健康存活;体外连续培养10代菌能检测到目的基因,以109CFU剂量灌服小鼠,在第1d、第3d肠内容物和第5d脾脏中分离到重组菌.结论:成功构建了以减毒沙门氏菌为载体的山羊痘口服疫苗,且具有良好的安全性和稳定性,为山羊痘新型疫苗的进一步深入研究奠定了基础.     

山羊传染性胸膜肺炎病原快速诊断方法的建立

为准确快速鉴定临床疑似山羊传染性胸膜肺炎(CCPP)病原,针对丝状支原体山羊亚种(Mmc)与绵羊肺炎支原体(Mo)16S rRNA基因设计两对特异性引物Ps/Pa、Ms/Ma,通过优化反应条件及体系,建立检测CCPP两种主要致病支原体的双重PCR方法,并检测了所建方法特异性、敏感性及临床应用。当引物、Mg2+及dNTP浓度分别为0.8 pmol/μL、1.5 nmol/μL、0.2 nmol/μL,Ps/Pa与Ms/Mo比例为1 1时,于54℃退火40 s,可最小检出Mmc与Mo核酸量分别为0.1 ng、0.01 ng,敏感性良好。通过特异性与临床疑似病例检测,证明所建方法具较好特异性,可初步应用于临床诊断。     

猪圆环病毒2型三株贵州流行株全基因序列分析

为掌握贵州省猪圆环病毒2型(PCV2)流行株的分子生物学资料,对已分离的3株PCV2贵州流行株(GZ-LZ1株、GZ-KY1株和GZ-PX1株)进行全基因克隆与测序,应用生物信息学软件将贵州PCV2流行株与参考株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示,3株PCV2贵州流行株贵州全基因组大小均为1 767 bp,同源性为97.0%-98.3%,与国内外24株参考株同源性为77.5%-99.9%,与国产疫苗株同源性为95.5%-98.2%;系统进化树结果显示,3株PCV2贵州流行株归属PCV2d分支,其中GZ-LZ1株和GZ-PX1株与国内PCV2疫苗YM-SH株的进化关系较远,而GZ-KY1与四川SC-10株、浙江ZJ-38株和黑龙江HLJ-10株的进化关系较近。     

贵州省PEDV与PoRV分子流行病学调查

为探明贵州省近几年引起猪病毒性腹泻两个主要病原PEDV与PoRV的变异情况,本研究对贵州省贵阳市、遵义市、安顺市、黔东南洲等5个地(州市)26个规模化养猪场采集了213份疑似腹泻的粪便样品,采用实验室建立的PEDV、TGEV和PoRV三重RT-PCR检出PEDV阳性的病料12份和PoRV阳性病料4份。根据GenBank登录的PEDV和PoRV基因序列,分别设计PEDV M基因和PoRV VP7基因特异性引物,扩增目的基因、克隆、测序和遗传进化分析。结果显示:成功克隆了12株PEDV M基因(681 bp)和4株PoRV的VP7基因(981 bp),M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性分别在98.1%~100%和98.2%~100%之间,与国内外参考毒株核苷酸及氨基酸同源性分别在97.4%~100%和97.3%~100%之间;VP7基因核苷酸及推导的氨基酸同源性分别为95.5%~99.7%和96.9%~99.7%,与国内外参考毒株核苷酸及氨基酸同源性分别为71.9%~95.1%和72.7%~99.1%。贵州省PEDV地方流行株与疫苗株CV777、Attenuated DR13亲缘关系较远,PoRV地方流行株与G4型毒株Gottfried、HeN4等属于同一群。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了贵州省PEDV和PoRV流行与变异情况,为贵州省PEDV和PoRV合理的防控措施提供参考依据。     

山羊痘病毒P32基因序列分析及其B细胞表位预测

目的：比较山羊痘病毒不同分离株间P32基因的同源性,并对其B细胞表位进行预测。方法：选取GenBank上10株不同山羊痘毒株P32基因序列,采用DNAsis MAX序列分析软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测P32蛋白B细胞表位。结果：10株不同山羊痘毒株P32基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.4%和98.4%;在P32蛋白的肽链中,19-60、64-80、98-118、138-182和214-275区段亲水性强,17-45、64-75、88-97、110-128、152-165和201-251区段柔韧性好,150-172、200-255区段抗原指数高,而31-59、101-119、142-145、165-172和215-252区段表面可及性高,42-56、159-181、200-208和227-259区段。结论：不同山羊痘病毒株间P32基因具有较高的同源性,P32蛋白227-251区段可能是B细胞表位优势区,为P32蛋白功能的深入研究与新型疫苗的设计提供一定的基础。     

绵羊肺炎支原体DnaK B细胞抗原表位预测及其蛋白结构分析

以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、柔韧性、表面可极性等参数,综合分析、预测了该蛋白的B细胞抗原表位,并进行了蛋白的二级结构预测和3D结构模拟。结果表明,Mo贵州分离株的Hsp70蛋白与其它可致羊发病支原体的Hsp70蛋白同源性较低,说明该蛋白具有良好的特异性;Mo Hsp70蛋白整体抗原性较好,同时呈现较规则的空间结构,其中以C末端较稳定,区域也最大(第394-598区段),为优势B细胞抗原表位区域。