mRNA选择性剪接的分子机制

真核细胞mRNA前体经过剪接成为成熟的mRNA,而mRNA前体的选择性剪接极大地增加了蛋白质的多样性和基因表达的复杂程度,剪接位点的识别可以以跨越内含子的机制(内含子限定)或跨越外显子的机制(外显子限定)进行。选择性剪接有多种剪接形式：选择不同的剪接位点,选择不同的剪接末端,外显子的不同组合及内含子的剪接与否等。选择性剪接过程受到许多顺式元件和反式因子的调控,并与基本剪接过程紧密联系,剪接体中的一些剪接因子也参与了对选择性剪接的调控。选择性剪接也是1个伴随转录发生的过程,不同的启动子可调控产生不同的剪接产物。mRNA的选择性剪接机制多种多样,已发现RNA编辑和反式剪接也可参与选择性剪接过程。     

一种新的垂体分泌蛋白Mimecan原核表达、抗体制备及其在垂体瘤组织中的表达(英文)

Mimecan osteoglycin是一种分泌型蛋白质 ,目前其功能尚不明确 .从人垂体cDNA中克隆到OIF基因并构建成重组表达质粒pGEX 5X 2 mimecan ,将此重组表达质粒转化大肠杆菌BL2 1(DE3)后用IPTG诱导 ,成功表达了一种分子量约为 38kD融合蛋白 ,约占菌体总蛋白的 30 %～ 4 0 % .此融合蛋白经纯化分离后免疫新西兰大白兔以制备多克隆抗体 .用Western印迹法检测兔的抗血清 .结果显示 ,该多克隆抗体有较好的针对mimecan蛋白的专一性并且效价较高 ,可用于对mimecan的功能研究 .用此多克隆抗体检测到在某些种类的人垂体瘤组织中mimecan表达极高 ,提示可能存在新的垂体瘤类型 .     

应用全外显子测序和显微切割技术识别1 例肺癌患者高频突变基因的异质性探索

目的:通过对一例肺鳞癌患者全外显子测序来识别这例肺癌的可能致病基因,并通过显微切割初步探索这例肺癌肿瘤细胞的起源与演化。方法:利用全外显子测序技术对肺癌肿瘤组织和相应癌旁组织测序;用COSMIC肿瘤数据库比较分析统计出肺癌可能致病基因;用激光显微切割技术提取五个不同部位肿瘤细胞;巢式PCR扩增,一代测序验证基因分型。结果:发现了这例肺癌病人的7个高频突变基因:LPHN2、TP53、MYH2、TGM2、C10orf137、MS4A3和EP300;这些基因在10×镜下和20×镜下经显微切割的肺癌组织的5个不同部位上的基因分型不同。结论:我们通过全外显子测序发现了这例肺癌的7个可能致病基因,并初步探索了这例肺癌肿瘤细胞是多克隆起源的。     

酵母双杂交文库筛选及hTRIP15与Y盒结合蛋白-1相互作用的探讨

为探讨甲状腺素受体相互作用蛋白(hTRIP15)是否与其他核蛋白发生相互作用．以hTRIP15作为“诱饵”,用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库,在高严格度选择培养基(SD-Trp-Leu-Ade-His)上长出的克隆773个,再经β-gal表达和PCR等技术进一步缩小范围,经Blastn搜寻最终显示2个重复克隆编码一种共调节辅因子——Y盒结合蛋白-1(YB-1)．将插入序列与全长YB—1比较发现进入ORF内230bp,插入序列编码82aa．该蛋白称为YB-1-p,经蛋白体外翻译及GST-pulldown试验讧实YB-1-P与hTRIP15发生相互作用．提示hTRIP15可通过与YB-1相互作用,参与调控MHCⅡ及TSH受体等甲状腺细胞重要基因表达．     

基于新的CRISPR/Cas9技术实现斑马鱼LHX9基因的快速编辑及对F0突变体性腺发育的初筛

目的:CRISPR/Cas9系统在斑马鱼的反向遗传学中的到了广泛应用,但突变基因的表型观察往往需要在突变鱼系的F1中进行,费时较长。LHX9作为LIM家族的一种转录因子,在胚胎早期的泌尿生殖嵴中有广泛分布;且LHX9基因敲除的小鼠存在性腺发育不良。本研究拟通过一种新的CRISPR/Cas9基因编辑技术,采用四条sgRNA对LHX9基因进行VASA转基因斑马鱼的基因敲除,以观察该基因缺陷对斑马鱼性腺发育的影响。方法:利用新的CRISPR/Cas9技术,设计四条针对斑马鱼LHX9基因3号外显子的20bp的sgRNA,通过非克隆体外转录得到靶位点的四条sgRNA。将以上靶位点的四条sgRNA与Cas9核酸酶蛋白同时注射入单细胞期的斑马鱼胚胎内,利用PCR鉴定突变型类型和突变比例。通过对LHX9基因突变体的VASA转基因斑马鱼进行荧光观察,发现LHX9基因缺陷的斑马鱼性腺发育的情况。结果:靶向Exon 3的四条sgRNA可成功编辑斑马鱼LHX9基因,敲除效率高达82%,Sanger测序发现产生10种不同的移码突变类型。通过该方法对VASA转基因斑马鱼的LHX9基因进行编辑,发现LHX9基因突变导致dph6的的斑马鱼原始生殖细胞增殖和迁移受到影响。结论:基于4条sgRNA注射的CRISPR/Cas9技术,可以快速地产生具有突变表型的G0斑马鱼,具有应用潜力。LHX9基因敲除导致原始生殖细胞的发育和迁移受到影响,提示该基因参与了斑马鱼早期性腺的发育。     

甲状腺转录因子-1融合表达载体的构建及体外活性鉴定

目的:构建人甲状腺转录因子-1(TTF1)编码基因的真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)C-TTF1,并观察其蛋白质体外转录翻译情况。方法:据已知的TTF1基因序列,应用巢式PCR技术,从人肺腺癌细胞株SPC-A1中扩增出TTF1基因,通过TA连接将其克隆入pGEM-T-easy载体,经测序鉴定后,双酶切插入真核表达质粒pcDNA3.1/myc-His(-)C中;重组质粒经XhoⅠ和BamHⅠ双酶切鉴定后,进行蛋白质体外翻译观察TTF1体外表达情况,用电泳迁移率变动分析(EMSA)验证获得的体外翻译蛋白TTF1是否具有与下游靶基因UGRP1启动子结合的能力。结果:成功构建了含TTF1编码基因的真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)C-TTF1,并能在体外表达TTF1蛋白。结论:能方便地获得TTF1体外翻译蛋白,为进一步研究TTF1蛋白与相应的DNA反应元件及其他转录因子的相互作用奠定了基础。     

中国人群中16个已知肺癌基因突变的综合性分析

目的:对过去已知的肺癌基因在中国人群中的突变分布进行综合性的分析,指导肺癌的临床治疗。方法:通过文献查阅,挑选出16个已知的肺癌基因。在112例肺癌样本中,对这16个基因进行大样本的靶基因测序并用Sanger测序来验证。同时,对突变在不同亚组中的分布差异进行分析。结果:16个已知肺癌基因突变可评价60.4%肺癌样本。同时,这些基因的在不同的样本亚组中表现出不同的突变特点;通过功能域的分析及蛋白空间结构的模拟,发现9个可能的突变热点既位于蛋白的功能域内又能导致蛋白空间结构或者表面电荷分布的异常。结论:通过靶基因深度测序,全面分析了16个已知肺癌基因在肺癌不同亚组中的突变分布差异,发现并初步验证了9个可能的肺癌突变热点。     

先天性甲减患儿的甲状腺过氧化物酶基因突变研究

目的:研究甲状腺过氧化物酶基因(TPO)在中国先天性甲状腺功能减退症(CH)患儿中的突变及其家系遗传规律。方法:收集140例CH患儿及部分家系,提取外周血DNA,采用靶向测序的方法检测患者TPO基因的突变情况,设计引物扩增TPO基因的各个外显子区以及外显子内含子的交界区,用二代测序技术检测TPO基因的突变且进行一代测序验证,同时对其中两例携带有TPO基因复合杂合突变的患儿的父母进行一代测序验证。结果:140名先天性甲减患儿中,13例病人携带12个不同的TPO基因突变位点(R189Q、C269S、W428R、A430E、A433P、A489T、V748M、C756fs、E799D、G860R、P883S、Q913fs),其中有一个位点为热点突变(6个病人携带C756fs),三个突变为新发现的位点(C269S、A430E、E799D)。结论:TPO基因在中国先天性甲减患儿中的突变率较高,遗传模式为常染色体隐性遗传。     

新的生长激素异形体基因的发现及全长cDNA的克隆

在通过大规模 ESTS技术对垂体基因表达谱的研究中 ,从垂体组织产生了 72 2 2个 ESTS,有385个 ESTs是代表生长激素 (GH)基因的 ,其中 1个为中间缺失 1 38bp的 GH异形体基因 ,并经巢式 RT- PCR及测序证实 ;该基因编码 1 71个氨基酸的前肽 ,去除信号肽后 ,其成熟肽由 1 45个氨基酸组成 ;经生物信息学处理 ,其分子量大小约 1 7k D;与正常生长激素分子内有 2个 GH受体结合位点不同 ,该新的 GH异形体分子内仅有一个生长激素受体的结合位点 .研究结果揭示 :正常垂体内存在着新的 GH异形体基因 ,该基因可能编码外周血中 1 6k D的生长激素 ;其功能可能为 2 2k D GH的生理拮挤剂 .     

利用cut&tag技术探究LHX9基因在颗粒细胞的调控机制

摘要 目的：在人卵巢颗粒细胞癌细胞株KGN中探索转录因子LHX9下游主要的靶基因及其调控。方法：首先我们采用实时荧光定量PCR观察KGN细胞在卵泡刺激素（FSH）干预前后性腺分化和性激素合成过程中重要基因的表达情况,同时我们利用cut&tag测序技术在两组细胞中识别LHX9下游靶基因,并采用双荧光素酶报告实验对重要靶基因NR5A1的调控进行了验证。结果：实时荧光定量PCR结果显示,通过加FSH处理12小时后,LHX9和NR5A1基因的mRNA水平表达降低,相反的,StAR和CYP19A1基因的mRNA水平表达增高;通过cut&tag测序技术和生物信息学分析,我们发现LHX9下游基因主要分布在内吞作用、细胞衰老、肿瘤相关通路、细胞周期、凋亡、卵母细胞减数分裂、雌激素信号转导等通路上。LHX9可以转录调控性腺分化以及类固醇激素合成的一些重要基因,其中包括NR5A1和SOX9等,荧光素酶报告基因证实了LHX9可以直接结合NR5A1基因的启动子区。结论：本研究利用cut&tag测序技术,发现转录因子LHX9对性腺分化和性激素合成的关键基因有转录调控作用,对深入理解LHX9基因对生殖系统的作用具有重要意义。