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目的由于常规10%中性甲醛固定的组织DNA提取质量较低,易发生断裂或降解,不利于保存及长片段DNA扩增。本研究比较70%乙醇与中性甲醛固定法对DNA质量及后续PCR的影响。方法取70%乙醇固定的肺癌组织30例(其中10例固定7天以上),10%中性甲醛固定的自身配对癌组织30份。采用试剂盒提取DNA,分析条带完整性和纯度,并用PCR扩增HBB(beta globin)及SERPINA9(antitrypsin)两基因的不同长度片段,用琼脂糖凝胶电泳分析扩增产物。结果70%乙醇固定组的基因组DNA经电泳条带整齐未见明显降解,而10%中性甲醛组DNA条带弥散,有可见降解。后续普通PCR扩增268bp、536bp的产物显示乙醇固定组产量明显高于10%中性甲醛固定组。实时荧光定量PCR也显示在扩增123bp、251bp、346bp三个不同长度片段时乙醇固定组产量均明显高于10%中性甲醛固定组(P〈0.01)。中性甲醛组DNA在扩增346bp长度片段时成功率下降至47%(14/30)。乙醇固定时间长短对DNA的antitrypsin模板质量无明显差异。结论70%乙醇固定法对肺癌组织DNA保存效果优于中性甲醛法,且更适合长片段DNA扩增。长时间乙醇同定法对DNA质量无明显影响,可适合于长途运输生物标本。 相似文献
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1病历摘要
患儿男性,14岁,因“肝母细胞瘤治疗后12年,发现肝脏占位性病变1周”于2011—08—10入院。
12年前患儿因腹胀、面色苍白1个月于1999—08—30来我院就诊,腹部MRI提示肝脏左叶内侧段及右叶前段占位性病变,肿块大小11.2×6.8×1.8cm,行超左半肝切除术。术中所见:左肝Ⅳ段及第Ⅷ段巨大肿物,直径15cm,第Ⅱ、Ⅲ段见数个直径2cm肿物,切除左半肝、右肝静脉及部分第Ⅷ段。 相似文献
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目的 探索优化PCR及测序法检测DNA甲基化的实验条件,检测肺癌hsa-mir-34b(mir-34b)基因启动子DNA甲基化谱。方法 肺癌细胞株A549 DNA进行亚硫酸盐处理后,设计引物扩增mir-34b基因启动子序列,使用普通PCR、巢式PCR和降落(Touchdown)PCR方法以及不同DNA聚合酶进行扩增,甲基化谱检测采用PCR直接测序和克隆后测序两种方法。结果 降落 PCR与巢式PCR方法相结合优于普通PCR及单独的巢式PCR或降落 PCR。HotStart酶优于普通Taq酶及Ex Taq酶。直接PCR测序法的测序图普遍出现套峰难以判读,PCR产物克隆后测序可见清晰的测序峰,甲基化位点可明确判读,并可以结合测序克隆数目提高甲基化检测敏感度。结论 对于重亚硫酸盐处理的DNA甲基化状态检测,推荐使用HotStart酶、降落 PCR与巢式PCR相结合、克隆测序法检测基因甲基化谱,序列图明确且敏感度高。 相似文献
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目的 检测早期非小细胞肺癌(NSCLC)患者癌组织与癌旁组织hsa-mir-34b(mir-34b)基因启动子甲基化水平的差异。方法 采用重亚硫酸盐还原技术、降落巢式PCR扩增27例Ⅰ期NSCLC患者癌组织和癌旁组织配对样本中mir-34b基因启动子区DNA,克隆测序法分析甲基化谱变异,并与临床病理特征进行关联分析。结果 癌组织mir-34b基因启动子CpG岛整体甲基化水平为9.7%(6.8% ~22.3%),而癌旁组织为8.5%(5.3% ~11.0%),癌组织甲基化水平高于癌旁组织(Z=2.355,P=0.019)。当前吸烟患者mir-34b基因启动子甲基化发生率高于以往吸烟及不吸烟者。癌组织mir-34b基因启动子甲基化水平与患者性别、年龄、PS评分无关。结论 早期NSCLC患者癌组织mir-34b基因启动子甲基化水平升高,吸烟可能与mir-34b基因启动子甲基化的发生有关。mir-34b基因甲基化与早期肿瘤发生相关的机制值得进一步研究。 相似文献
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1文献来源
[1] Zhang X J, Huang W, Yang S, et al. Psoriasis genome-wide association study identifies susceptibility variants within LCE gene cluster at 1q21 [J]. Nat Genet, 2009,41(2):205-210. 相似文献