2017—2020年度济宁市乙型流感病毒监测及 HA和 NA基因变异和进化分析

目的:分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法:采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行 HA和 NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化...     

VCP通过促进Huh7肝癌细胞P-IκB的降解激活NF-κB

目的研究含缬酪肽蛋白(VCP)对肝癌细胞磷酸化核因子kappa B抑制蛋白(P-IκB)和核因子kappa B(NF-κB)信号的影响。方法聚合酶链式反应(PCR)扩增VCP基因,并克隆于真核表达载体p CDNA3.1/myc-His(-)A,测序正确后将其转染Huh7肝癌细胞,转染30 h后裂解细胞,免疫印迹试验(Western blot)检测核因子kappa B抑制蛋白(IκB)、P-IκB的含量,萤火虫荧光素酶报告基因检测NF-κB的活性;并对VCP RNA干扰,检测对IκB、P-IκB的含量和NF-κB的活性的影响。结果成功构建真核表达载体p CDNA3.1/myc-His(-)A-VCP,转染Huh7肝癌细胞后,IκB含量无明显变化,然而P-IκB含量明显降低,NF-κB信号活性显著增强;而对VCP RNA干扰后,NF-κB信号的活性受到明显抑制。结论 VCP通过促进Huh7肝癌细胞P-IκB的降解进而活化NF-κB,在肝癌的发生过程中发挥重要作用,是用于肝癌治疗的重要潜在靶点。     

新型冠状病毒非结构蛋白3结构和功能的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析新型冠状病毒非结构蛋白3(NSP3)的生物学特征。方法在NCBI数据库获得NSP 3氨基酸序列,利用软件分析其分子式、等电点、亲水性、跨膜结构域、蛋白翻译后修饰、二级结构、抗原表位等特点,并构建其三级结构。结果NSP3由1945个氨基酸组成,分子式为C_(9722)H_(15175)N_(2489)O_(2969)S_(88),是一种含有4个跨膜结构域的稳定亲水蛋白质。二级结构以无规卷曲为主(占45.1%),含有丰富的磷酸化位点、糖基化位点、泛素化位点、SUMO化位点、甲基化位点、乙酰化位点、琥珀酰化位点和棕榈酰化位点。NSP3含有15个二硫键,具有7个保守蛋白结构域,存在丰富的抗原表位,主要分布于内质网。并以同源建模法构建其三级结构模型。结论利用生物信息学方法分析NSP3的性质、结构、功能特征和抗原表位,为新冠肺炎的防控和药物研发提供参考依据。     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序,利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列,在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比,共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失;62个氨基酸位点发生变异或缺失,其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多,分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序,有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

济宁市健康人群肠道病毒动态变化与手足口病发病研究

摘要:目的 了解健康人群肠道病毒动态变化及手足口病肠道病毒型别,探讨健康人群肠道病毒在手足口病传播过程中的作用。方法 采用多阶段整群抽样的方法,分别于手足口病流行前期(3-4月)、流行高峰期(6-7月)、流行后期(10-11月)采集健康人群及手足口病病例粪便标本,采用荧光定量PCR进行肠道病毒核酸检测。结果 3次共采集健康人群粪便标本1235份,肠道病毒通用引物阳性177份,阳性率为14.33%,检出COAX16型肠道病毒1株,非EV71非CoxA16其它型肠道病毒176株;手足口病病原学以EV71和CoxA16型为主,非EV71非CoxA16其他肠道病毒仅占26.98%。不同时期、不同年龄组带毒率有统计学意义(P<0.05)。<1岁组健康人群肠道病毒阳性率最高,而发病率最低,呈相反趋势;1～组发病率最高,从1～组呈相同趋势。健康人群肠道病毒阳性率与发病率无相关性(P>0.05)。结论 健康人群以携带非EV71非CoxA16肠道病毒为主,健康人群肠道病毒带毒在手足口病传播意义不大。     

酵母双杂交筛选与乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白相互作用的肝细胞蛋白

目的筛选与乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白(Middle hepatitis B surface protein,MHBs protein)相互作用的肝细胞蛋白。方法 PCR扩增MHBs编码基因并将S区起始密码子突变,获得目的基因MHBs-mut,克隆于诱饵载体pGBKT7。在证实MHBs-mut蛋白不具有自激活作用的前提下,以酵母双杂交系统筛查与MHBs-mut蛋白相互作用的肝细胞蛋白,并在酵母细胞内验证蛋白的相互作用。结果构建酵母双杂交诱饵载体,获得重组质粒pGBKT7-MHBs-mut。Western blot显示其在酵母中表达MHBs-mut蛋白。酵母双杂交筛选并验证,得到与MHBs-mut蛋白相互作用的肝细胞蛋白:COP9信号体第五个亚单位(COPS5,又名C-Jun结合蛋白1,c-Jun-activation-domain binding protein 1,JAB1)。结论乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白与COPS5在酵母AH109细胞中具有相互作用。     

2021年济宁市柯萨奇病毒A16型流行特点及全基因组特征

目的 了解济宁市2021年柯萨奇病毒A16型(CV-A16)流行特点和全基因组特征。方法 2021年1月至12月采集济宁市疑似手足口病患者粪便标本513份,进行CV-A16型病毒核酸检测和病毒分离,对分离的4株CV-A16进行全基因组测序和生物信息学分析。结果 共检出CV-A16型36例,阳性率为7.02%(36/513),其中7～9月阳性率最高。4株毒株VP1基因位于B1a和B1b两个进化分支。与原型株G-10(CAU05876)相比,4株毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为77.5%～78.0%和94.7%～94.9%。4株毒株编码蛋白均发生多处氨基酸变异。结论 CV-A16是2021年引起济宁市手足口病的主要病原体之一,在济宁市流行的主要是B1a和B1b两个亚型,需要加强手足口病监测力度。     

新型冠状病毒肺炎的病原学研究进展

  目的  对一起新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。  方法  利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本进行全基因组测序,利用MEGA 7.0.14软件分析病毒同源性并构建进化树、分析变异位点等。  结果  4条SARS-CoV-2全基因组序列与参考株wuhan-hu-1相比同源性为99.76 %～99.77 %,在进化树上均位于奥密克戎BA.2进化分支;均发生多个基因位点变异和缺失,其中,A28271T变异致使N翻译起始区的 – 3位核苷酸由A变异为T;S蛋白LPP24-26缺失致使双色氨酸（WW）结构域的潜在结合基序PPAY25-28丢失。  结论  Omicron变异株出现大量变异位点,这些变异位点或与Omicron变异株传染性强、隐匿性高、引起临床严重程度低有一定关系。     

一起学校甲型H1N1流感聚集疫情的流行特征和全基因组测序分析

目的 了解济宁市一起聚集流感疫情的甲型H1N1流感病毒全基因组特征,为甲型H1N1流感防控提供依据。方法 对在一起聚集流感疫情采集的12份患者咽拭子标本进行流感病毒实时荧光定量PCR法核酸检测,对阳性标本进行病毒培养和全基因组测序,利用DNASTAR软件分析核苷酸和氨基酸同源性,利用MEGA软件构建进化树,利用NetNGlyc、GPS-SUMO、NetPhos软件分别分析糖基化位点、类泛素蛋白修饰分子化位点和磷酸化位点。结果 12份咽拭子标本中,4份标本甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性,分离流感病毒株4株。同2018—2019年度北半球疫苗株A/Brisbane/02/2018相比,8个基因节段核苷酸同源性范围为98.5%～99.8%;编码的10种蛋白氨基酸同源性范围为98.2%～100.0%。在进化树上,4株毒株位于两个进化簇,其中3株毒株位于同一进化簇,1株毒株位于不同进化簇。4株毒株编码的10种蛋白共发生50处氨基酸位点置换,血凝素蛋白抗原表位2个氨基酸位点发生置换,神经氨酸酶蛋白酶活性位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生变异,聚合酶酸性蛋白、聚合酶碱性蛋白1和聚合酶碱性蛋白2...     

济宁市2021年第一季度流感样病例病原谱特征分析

目的 了解济宁市2021年第一季度流感样病例中呼吸道病原体分布情况,为临床诊断和治疗提供参考依据。方法 采集济宁市2021年第一季度208例流感样病例咽拭子标本,利用QIAstat-Dx全自动多重病原体检测平台检测23种常见呼吸道病原体。结果 呼吸道病原体总检出率为20.67%(43/208),其中混合感染占6.98%(3/43)。病原体以病毒为主,占比97.67%(42/43),其中腺病毒(ADV)、肠道病毒(EV)、副流感病毒1 (PIV1)、冠状病毒NL63(NL63)占比最高。不同月份和不同年龄组总检出率不同,其中1月份总检出率最高,为32.00%(24/75);0岁～5岁年龄组总检出率最高,为35.06%(27/77);而不同性别总检出率差异无统计学意义(χ²=1.804,P=0.18)。结论 2021年第一季度济宁市呼吸道病原体以ADV、EV、PIV1和NL63为主,应加强呼吸道病原体监测和防控力度,特别是低年龄组人群应当是监测的重点。