北京市2019年肠道门诊腹泻病例札如病毒感染特征分析

目的:了解北京市肠道门诊腹泻病例中札如病毒（sapovirus,SaV）的感染特征。方法:收集2019年肠道门诊腹泻病例流行病学和临床表现相关资料,应用 x2检验或Fisher检验比较不同组间检出率;采集患者粪便标本,应用不同种PCR方法对腹泻病例粪便标本进行札如病毒检测,并进行基因分型。 结果:...     

北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析

目的 了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法 收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果 札如病毒总检出率为2.89%（44/1 522）,<5岁病例的检出率为3.34%（18/539）,≥5岁病例的检出率为2.64%（26/983）。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型（GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株）;≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高（37.50%,6/16）,<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高（均为42.86%,3/7）;每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型（9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株）;≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高（40.00%,6/15）,<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高（均为30.00%,3/10）;每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论 札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。     

2018-2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

目的 分析2018—2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。方法 收集2018—2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应（real-time RTPCR）对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06软件构建进化树。结果 6所学校（18,S1～S4和19,S5～S6）发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%(31/37),GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/H...     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

《国际病毒学杂志》稿约

肠道病毒可引起手足口病、上/下呼吸系统感染、急性出血性结膜炎、病毒性脑炎、急性迟缓性麻痹、病毒性心肌炎、新生儿脓毒样疾病等多种疾病[1].其中新型肠道病毒引起的呼吸道感染可导致全球范围的暴发流行,近年来引起广泛关注,如2014年肠道病毒D68在美国暴发流行,导致1 153人感染,13人死亡,多数表现为重症肺炎,被评为美国当年度十大公共卫生挑战之一[2].为更好地开展肠道病毒的研究,本文对引起呼吸道感染的肠道病毒研究进展进行综述.     

一起介水传播伤寒沙门菌疫情中3种水样前处理方法的初步应用分析

目的 对2022年北京市某区一起伤寒沙门菌疫情中涉及的饮用水样本,进行3种样本前处理方法的比较,为水样本伤寒沙门菌的检测处理提供参考。方法 采集公寓楼供水管道5个位点的水样本各125 L,分别采用浓缩培养基直接增菌法、微生物快速富集法及微生物快速富集联合增菌法进行水样本前处理,然后提取核酸,采用肠道病原体微流体芯片进行初步筛查,初筛阳性样本再采用伤寒沙门菌实时荧光定量PCR方法进行复核,并同时将阳性样本接种于选择性培养基,将分离到的菌株与病人分离的伤寒沙门菌进行病原学分析。结果 采用浓缩培养基直接增菌法处理的2号水样本检测到伤寒沙门菌,且测序分析结果与病人分离菌株一致;采用微生物快速富集法处理的2号和3号水样本,检测到除伤寒沙门菌之外的其他肠道病毒和寄生虫;采用微生物快速富集联合增菌法处理的水样本未检测到肠道病原体。结论 本次疫情处理过程中,采用浓缩培养基直接增菌法能更好地检测到水体中的伤寒沙门菌。     

诺如病毒基因分型研究进展

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域分型系统。目前基于2 s标准的双区域分型方法,聚合酶区可分为10个基因组及76种基因型,包括2个暂定基因组及16种暂定基因型,VP1可分为12个基因组及53种基因型,包括2个暂定基因组及5种暂定基因型。暂定基因组和基因型有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对诺如病毒分子特征、不同分型方法的原理、序列扩增方法、在线分型工具及最新的基因分型研究进展进行综述。     

北京市房山区首例肠道病毒D68病例临床症状与体征及病原学监测研究

目的了解北京市1例支气管肺炎患者感染肠道病毒D68型（EV-D68）的临床症状与体征及病原学特征。方法收集该患者临床资料,进行病例病程及诊疗分析,采集患者的痰液标本,提取样本的核酸,进行18种常见呼吸道病原体核酸检测,对检测阳性病原体进行VP1区和全基因组测序,并对序列进行遗传进化分析。结果该支气管肺炎患者以高热、咳嗽起病,高热消退后呼吸道症状加重,以喘息和咳嗽为主,抗哮喘药治疗后效果显著。 痰液标本病原学检测为EV-D68阳性,其他17种病原体均为阴性。 基于VP1区构建的系统进化树显示为EV-D68 B3基因亚型,全基因组同源性分析显示同源性最高的是2015年日本株（98.72% nt, 99.95% aa）、2015年香港株（98.61% nt,99.86% aa）和2016年美国株（98.24% nt,99.86% aa）,与北京市报道的EV-D68同源性最高的是2014年“2014-R132”株（96.89% nt,99.45% aa）。结论EV-D68是引起支气管肺炎的重要病原体,应该加强EV-D68的病原学监测,为临床诊疗及疾病控制提供基础数据。