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1.
山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究 总被引:39,自引:5,他引:39
选用5个多态性较好的微卫星标记,检测了山东省仅存的5个地方鸡种:寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡,以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离,发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类,得到4个聚类图。结果表明:DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。 相似文献
2.
[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。 相似文献
3.
卵泡囊肿病的发病率虽然比较低,但发病的奶牛不能正常怀孕、产仔、产奶,从而降低奶牛的生产性能。东港市奶牛饲养量达1500头左右,每年发生此病的有几十例,造成此病发生的原因是由于脑垂体前叶分泌的促卵泡素过多,使促黄体素相对不足,卵泡过度生长,卵泡上皮细胞变性、卵泡壁增生,不能正常排卵,卵细胞死亡,使卵泡发育中断不能正常形成黄体。也有因卵巢不断生成新的卵泡,在雌激素的作用下,呈现持续性地发情。这种病的发生,常在以精料为主的营养充足的条件下发生,并且多发生在产后一个半月左右。另外,子宫内膜炎、流产、缺乏运动、长期发情失配… 相似文献
4.
为探究黄栌个体生长情况与自身根系结构之间的关系,将以阿克苏水平衡试验站下的黄栌树为例,通过人工挖掘的方式获取成年黄栌根系并进行探究。从地下水深埋程度与根系关系和植株生长情况与根系关系的角度出发,分析黄栌个体生长情况与根系结构和环境的关系。结果表明:地下水的深埋程度对黄栌根系的生长有刺激作用,其中A3B2号黄栌根系各项参数达到最大值。同时,植株健康的黄栌其根系结构各项指标均高于较健康和不健康的黄栌,而且成年黄栌的比根长、比根面积、比根体积、平均长度、根尖数以及分支数等均低于未成年黄栌对应参数。 相似文献
5.
采用CRS-RFLP技术研究了rs14076349、rs16681032、rs14934924和rs16681031共4个SNPs位点在蛋肉兼用型、蛋用型和药用观赏型3种经济类型的6个鸡群的遗传多样性。结果表明:rs16681032在所有鸡群中未检测到变异,rs16681031、rs14934924和rs14076349位点具有较高的次等位基因频率,分别为0.4553、0.1173和0.3296。兼用型鸡与药用观赏型鸡在rs16681031位点的基因频率分布差异显著(P<0.05);兼用型鸡与蛋用型鸡在rs14934924位点的基因频率分布差异极显著(P<0.01);rs14076349位点在所有经济类群间的基因频率分布差异极显著(P<0.01)。根据基因频率信息进行聚类分析,大致可将6个鸡群分为3类,聚类结果反映出不同鸡种microRNAs调控通路的差异。研究结果表明,鸡种系特异性microRNA基因可能受到正选择的影响而存在加速进化现象,其"seed"区SNPs位点在不同鸡种的经济表型的形成中可能发挥着重要作用。 相似文献
6.
哺乳动物性别决定机理及性别鉴定方法研究进展 总被引:7,自引:0,他引:7
哺乳动物的性别决定是由SRY基因为调控中心、多基因参与的级联调控过程。本文综述了性别决定基因及其功能、性别决定的分子模型及性别鉴定的方法等方面的研究进展。 相似文献
7.
旨在筛选鸡BCO2基因中具有潜在生物学功能的同义单核苷酸多态性(nonsynonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)。从SNP数据库中检索出8个BCO2基因nsSNPs,利用SIFT、PolyPhen-2、PANTHER和PROVEAN方法分析引起的氨基酸替换是否可能影响BCO2的功能预测。进一步对鸡BCO2基因编码的氨基酸序列进行翻译后修饰位点预测以及进化位点保守性预测;使用SWISS-MODEL构建了BCO2野生型以及突变型蛋白质的空间结构。结果表明:3个nsSNPs (rs739117331、rs735703078和rs736211538)可能严重影响BCO2蛋白功能。 相似文献
8.
【目的】观察“seed”区T>C多态对鸡mir-1644基因“茎环”结构和靶基因选择的影响,分析其在不同鸡群的遗传分布,为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测,采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基 因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变,稳定性降低;②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因,与其它鸡间的基因型分布存在显著差异(P<0.01)。【结论】“seed”区T>C 突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控,且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。 相似文献
9.
【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列(GenBank登录号:NR_035151.1)设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡(95只)、北京油鸡(83只)和来航鸡(42只)3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5%位点有g.28 C>G、g.31 C>T、g.70 G>A和 g.71 G>–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G>A 位点表现为低度多态(PIC<0.25),其余3个位点均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 C>T、g.71 G>–位点、太行鸡的g.71 G>–位点以及北京油鸡的g.70 G>A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1(C C G –)和H11(G T G G)是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高(41.00 kcal·mol-1),H2和H5单倍型突变体的自由能最低(35.70 kcal·mol-1);群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】(1)gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1(C C G –)和H11(G T G G)在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。(2)种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。 相似文献