2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒HA基因同源性比较与进化分析

[目的]分析杭州市2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）的基因序列,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。[方法]应用RT-PCR的方法从临床标本中扩增新甲型H1N1流感病毒HA基因片段并测序。利用DNAMAN和Sequencher4.7软件对HA基因序列进行分析,比较HA基因氨基酸亲缘系数并绘制进化树。[结果]成功地对15例新甲型H1N1病毒的HA基因进行扩增并测序,2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒的HA基因的氨基酸序列与参考株具有高度的同源性,其亲缘系数为98.9%~100%,且HA基因氨基酸序列发生了一定的变异。[结论]2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国和其他国家的新甲型H1N1流感病毒具有高度的同源性,但HA基因的氨基酸序列发生了变异,可能与患者的病情有关,因此需密切关注新甲型H1N1流感病毒的流行情况。     

杭州地区2009-2010年急性腹泻患者中杯状病毒的检测和分型

目的 了解2009-2010年杭州地区急性腹泻患者中杯状病毒基因型别和分子流行病学特征.方法 收集2009-2010年杭州地区920例急性腹泻患者的粪便标本和流行病学资料,用多重PCR方法进行杯状病毒检测,测定部分标本的阳性扩增片段基因序列,并对序列进行系统进化分析.结果 急性腹泻患者杯状病毒检出率为21.8％(201/920),其中诺如病毒(NV)G Ⅰ型25例、GⅡ型170例、札如病毒(SAV) 11例,4例为NVⅠ型和Ⅱ型混合感染、1例为NVⅡ型和SAV混合感染.NV基因型别包括:GⅠ-1(3株)、G Ⅰ-2(1株)、GⅡ-4/2006b变异株(7株)、GⅡ-2(1株)、GⅡ-7(1株)和GⅡ-4/2008变异株(2株);SAV基因型别包括:G Ⅰ -2(5株)、GⅠ-1(4株)和GⅡ-1(1株).杯状病毒的流行在不同季节、年龄组人群均有发病.结论 杯状病毒是2009-2010年引起杭州地区急性腹泻的主要病原之一,其病原具有病毒多样性和基因型别多样性,NVGⅡ-4/2006b变异株或类似株可能是2009-2010年杭州地区流行的优势株.     

双重荧光定量RT-PCR法检测肠道病毒方法的建立及应用

目的建立检测肠道病毒(EV)、B1型柯萨奇病毒(CVB1)的双重荧光定量RT-PCR法。方法用Primer Express 3.0软件设计特异性引物和探针,优化双重荧光定量RT-PCR反应体系,建立标准曲线并评价该法的灵敏度、特异性和重复性,用该法检测150份病毒性心肌炎患儿治疗前肛拭子和29份治疗后粪便标本,并与文献提供的PCR法进行对比。结果该法对EV、CVB1型肠道病毒检测具有较高特异性,检出限均为2×10-2TCID50/mL;具有较好的重复性,CV均<2.3%;标准曲线的相关系数(r2)分别为0.999和0.997,扩增效率(%)分别为98.809和96.564;179份临床标本用该法检测95份为EV病毒,其中59份为CVB1病毒,与文献提供的PCR法结果符合率为98.88%(P均>0.05)。结论建立的双重荧光定量RT-PCR法可同时检测并区分EV和CVB1型病毒,适用于病毒性心肌炎临床标本的检测。     

五重荧光定量RT-PCR法检测呼吸道病毒

目的 建立一种五重荧光定量RT-PCR检测并鉴别流感病毒A( Flu A)、流感病毒B( Flu B)、呼吸道合胞病毒(RSV)以及新甲型H1N1流感病毒(nH1N1)的方法.方法 以人细胞RNA酶P基因为内参,用Primer Express 3.0设计PCR引物和探针.用一系列不同滴度的病毒培养物和不同来源的呼吸道...