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利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000~0.947和0.049~0.506,有效等位基因数分布范围为1.051~1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476~0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关。以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记。 相似文献
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中国明对虾抗白斑综合症病毒分子标记的筛选 总被引:7,自引:3,他引:7
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对经过连续4代选育的抗白斑综合症病毒(WSSV)中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)(174)及未经选育的与174来源相同的中国明对虾野生群体(HB)进行分析,以期筛选出与抗病性状相关的分子遗传标记,为进一步的基因定位以及中国对虾的种质资源保护和分子标记辅助育种提供有力的技术支撑和理论依据。共进行220个RAPI)单引物和114对双引物的检测,产生标记数目共计2439个。依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出5个可能与抗病相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析,发现测得片段的序列与数据库中序列的相似性较低,未能找到与所测序列同源性较高的功能基因。这与利用AFIP技术分析的结果一致。由于选育过程施加人工选择,推论这些特异性标记虽不是抗WSSV分子标记,但可能与抗病性状密切相关。 相似文献
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3种对虾种间RAPD遗传标记 总被引:5,自引:0,他引:5
用RAPD技术对虾属中凡纳对虾、日本对虾和中国对虾基因组DNA的特异性遗传标记进行分析,筛选了OPK和OPE两个系列40个引物,有37个引物获得了片段长度在250-2200bp之间且重复性良好的谱带,其中34个引物均可以将1种、2种甚至3种对虾分别区别开来,共获得了264个扩增片段,其中3种对虾特异性片段95个,每个引物分别获得了1-7个大小不等的片段,凡纳对虾获得了28个特异性片段,日本对虾获得了32个特异性片段,中国对虾获得了35个特异性片段。通过Popgnen1.32种群遗传分析软件包计算结果表明:日本与对虾与中国对虾的遗传距离最大,高达0.9096;日本对虾与凡纳对虾的遗传距离次之,为0.8608;凡纳对虾与中国对虾的遗传距离最小,其值为0.6219。根据遗传距离指数,用UPGMA方法进行聚类分析,构建系统树。 相似文献
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为评估中国明对虾生长及抗WSSV能力与中国明对虾WSSV携带量之间的相关性,实验对130个中国明对虾家系进行生长及抗WSSV性能测试,对收集到的中国明对虾生长和抗病数据,输入“水产动物育种分析与管理系统”数据库,利用综合选择指数法估计中国明对虾各个家系的育种值。根据分析结果,选择出生长育种值最大的5个家系和最小的5个家系、抗WSSV育种值最大的5个家系和最小的5个家系,分别检测上述20个家系的亲虾、养殖50 d及170 d中国明对虾的WSSV携带量。结果显示,亲虾、50 d中国明对虾及170 d中国明对虾的WSSV携带量分别为0.190 8、0.286 6和0.232 9 copies/ng DNA,三者之间差异均不显著。亲虾、50 d中国明对虾和170 d中国明对虾的WSSV携带量与中国明对虾的生长育种值相关系数分别为 0.021、0.363和0.185,亲虾、50 d中国明对虾和170 d中国明对虾的WSSV携带量与抗WSSV育种值相关系数分别为0.033、0.048和0.019。研究表明,中国明对虾的生长育种值和抗WSSV育种值与中国明对虾体内的WSSV携带量均无显著的相关性。 相似文献
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本研究旨在探讨凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)易位子相关蛋白 α 亚基(translocon-associated protein alpha, TRAPα)基因特征及其在抗白斑综合征病毒(white spot syndrome, WSSV)中的作用。通过 PCR 和 Sanger 测序技术, 获得凡纳滨对虾 TRAPα 的开放阅读框(open reading frame, ORF)序列, 将该基因命名为 Lv-trapα, 并进行生物信息学分析。采用 real-time PCR 分析 Lv-trapα 基因在健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 不同时间点的凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、 肌肉、眼柄中的 Lv-trapα 表达水平。同时, 利用重亚硫酸氢盐测序技术(bisulfite sequencing PCR, BSP)检测健康凡纳滨对虾和感染 WSSV 后 96 h 的凡纳滨对虾肝胰腺组织中 Lv-trapα 基因上游 DNA 序列的甲基化水平。结果显示, Lv-trapα 的 ORF 全长 873 bp, 共编码 290 个氨基酸, 预测相对分子质量为 32466.4, 理论等电点为 4.45。多序列比对发现 TRAPα 蛋白的保守性较高。Lv-trapα DNA 序列中有 8 个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism, SNP), 其中 1 个 SNP 位点处于外显子区域且属于错义突变, 其余 7 个 SNP 位点处于内含子区域。real-time PCR 结果显示, Lv-trapα 基因在凡纳滨对虾肝胰腺、鳃、肌肉、眼柄中均有表达, 且在感染 WSSV 后显著上调表达(P<0.05)。 值得注意的是, 在感染 WSSV 后 96 h, 体内病毒含量不同的凡纳滨对虾肝胰腺中 Lv-trapα 的表达水平差异显著, 高病毒含量组中 Lv-trapα 的表达水平显著高于低病毒含量组(P<0.05), 提示 Lv-trapα 表达水平和 WSSV 复制水平存在正相关性。BSP 结果显示, Lv-trapα 基因上游 1 个 CpG 位点(存在于 NCBI 数据库 NW_020872863.1 第 360336-360337 nt 位置)的甲基化水平和 Lv-trapα 表达水平呈负相关, 该 CpG 位点的甲基化水平和凡纳滨对虾体内 WSSV 病毒含量也呈负相关。本研究可为深入研究凡纳滨对虾抗 WSSV 的分子机制和抗病分子育种提供理论参考。 相似文献
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“周期性”水面在干旱或半干旱地区占有较大的比重,如何开发利用好这部分国土资源成为水产工作者的重要课题。我盟(地区)和有关旗(县)、市的技术人员深入到生产实践中,大胆实验,认真总结出比较成熟的周期性水面开发利用的技术措施,得到推广并取得了较好的经济效益和社会效益。1周期性水面利用的技术措施1.1不失时机的抓住丰水期周期性水面需要几年甚至更长的时间才有1次丰水期,失之可惜。因此,一旦达到丰水期要抓住时机马上利用,只要在2年内不会出现枯水死鱼(水深2m以上)就要大胆利用。1.2及时投放鱼种水面达到丰水… 相似文献