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目的 了解国内肉制品中致泻大肠埃希菌(DEC)的流行特征。方法 运用全基因组测序技术对86株DEC进行分子特征分析,明确优势病理类型、序列型和血清型。通过全基因组单核苷酸多态性分析,确定我国肉制品来源DEC菌株之间的系统发育关系。结果 肉制品中致泻大肠埃希菌的病理类型以EAEC为主,86株DEC可分为8种毒力基因型,包括48个ST型(包括6个新ST型)和55个O:H血清型;ST11和CC10为优势序列型和克隆复合体,O157、O15和O6为优势血清群。DEC菌株间表现为高度的遗传异质性,相同病理类型的同源性较低,处在不同的进化分支上。结论 DEC的病理类型与ST型及血清型间未见对应关系,通过对ST型及血清型的监测不能直接对病理类型进行判断,但数量最多的ST型及血清型揭示了DEC的主要危害特征与防控点。可根据全基因组测序结果补充和优化DEC的判定方法,为今后DEC的溯源及流行病学调查提供数据支撑。 相似文献
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采用平板涂布法(PC法)对大连长海县大长山岛虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)养殖海区的表层海水、10m层海水、成年虾夷扇贝鳃中的异养菌和致病性弧菌数量的周年变化进行了调查研究。结果表明,表层海水、10m层海水和虾夷扇贝鳃中,异养菌和致病性弧菌数量最高值均出现于5~7月,异养菌数量最高值分别为7.9×105、5.9×105 cfu/mL和1.2×105 cfu/g,致病性弧菌数量最高值分别为1.6×102、1.7×102 cfu/mL和87cfu/g;最低值均出现于11月至次年1月,异养菌数量最低值分别为1.7×105、8.0×104 cfu/mL和2.7×104 cfu/g,致病性弧菌数量最低值分别为60、67cfu/mL和28cfu/g。虾夷扇贝的鳃中致病性弧菌数量于春季呈现最高值87cfu/g。 相似文献
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目的 采用三代单分子实时测序法(single molecule real time sequencing,SMRT)研究北京和内蒙古两地原料乳中的细菌群落组成及多样性,解析其携带污染菌的差异,为原料乳质量及风险评估提供基础数据.方法 收集北京和内蒙古两地春夏季和秋冬季的原料乳样品20份,采用SMRT技术对其进行基于16... 相似文献
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肉类调理食品方便快捷,营养美味,深受消费者青睐,但其丰富的营养物质容易造成微生物的滋生,影响食品品质和消费者健康。高通量测序技术可以全面、准确的研究肉类调理食品中微生物群落结构,为微生物防控和标准化生产提供理论基础。本文通过均质提取法对肉类调理食品中微生物基因组进行提取,并以16S rRNA可变区V3-V4作为测序片段,分析细菌多样性。实验表明,4种肉类调理食品细菌多样性均较高,菌群结构具有一定的相似性,炸鸡块、骨肉相连和冷冻牛排的优势菌群是Anderseniella属,而羊肉串优势菌群是不动杆菌属,此外肉类调理食品中还存在芽胞杆菌属、梭菌属、泛菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属和乳球菌属等。本论文明确了使用均质提取法对肉类调理食品中微生物进行16S rRNA V3-V4区测序分析,为后续大规模菌群研究提供思路和方法。 相似文献
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目的 应用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-timefluorescencequantitativepolymerasechainreaction,qPCR),建立鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的快速定量检测方法。方法 通过比对鼠李糖乳杆菌HN001的近缘菌株的基因组,筛选出鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平的特异基因,以菌株水平的特异基因为靶标设计引物及探针,优化反应体系和条件,建立鼠李糖乳杆菌HN001株水平的q PCR检测方法。对方法的特异性、灵敏度、检出限进行验证,并采用已建立的q PCR方法进行模拟添加样品和实际样品的检测。结果 所建立的方法特异性强,与近缘菌株无交叉反应,鼠李糖乳杆菌HN001纯培养液检出限为102 CFU/mL,灵敏度可达到650 copies/μL,可在2h内完成样品检测。对模拟添加样品以及实际样品检测中q PCR和平板计数法结果的对数值进行显著性分析检验,两种方法的测定值结果均无显著性差异(P>0.05)。结论 本研究建立的q PCR检测方法可有效应用于益生菌产品中鼠李糖乳杆菌HN001菌株水平定量检测,具有快速、灵敏、准确的特点。 相似文献
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