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新现猪Delta冠状病毒RT-PCR检测方法的建立及其应用 总被引:2,自引:0,他引:2
【目的】猪Delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发现的可引起猪只,特别是新生仔猪腹泻的冠状病毒,其引发的腹泻具有较高的发病率和死亡率,是造成新生仔猪死亡的重要原因之一。试验拟建立新现PDCoV RT-PCR检测方法,并调查当前江西腹泻猪群中PDCoV的感染情况。【方法】通过对GenBank数据库中PDCoV全基因组序列的比对分析,找出保守序列,用Primer 3.0在线软件设计1对扩增PDCoV核衣壳(N)蛋白基因片段的特异性引物,基于该引物建立PDCoV RT-PCR检测方法;用建立的方法检测腹泻猪粪便及肠道样品,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;用本试验获得的PDCoV序列与其他国家或地区的PDCoV序列以及猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)共同构建进化树,分析PDCoV各毒株及其与PEDV和TGEV之间的进化关系;以PEDV、TGEV、猪库布病毒(PKoV)、猪星状病毒(PAstV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)及猪瘟病毒(CSFV)RNA为模板验证引物的特异性;构建PDCoV核衣壳蛋白基因片段重组质粒,并以系列稀释的重组质粒为模板确定所建立的PDCoV RT-PCR方法的敏感性;应用建立的RT-PCR方法调查249份2012-2015年江西省猪群腹泻样品中PDCoV的存在情况,随机抽取一定数量的RT-PCR阳性扩增产物进行克隆、测序进一步验证反应的特异性。【结果】①以腹泻猪粪便样品RNA为模板,应用所设计的特异性引物扩增出了329 bp的单一条带,与预期目的片段大小一致,扩增产物经克隆后测序,将获得的序列与NCBI GenBank数据库序列进行比对,比对结果表明试验所获得的序列与数据库中PDCoV序列的同源性高达99.1%,证明所扩增的序列属于PDCoV;②将8条本试验获得的PDCoV N基因片段序列与18株其他国家或地区的PDCoV毒株以及PEDV、TGEV的相应N基因片段序列构建进化树,结果表明26条PDCoV序列属于同一个分支,而PEDV和TGEV则分别属于不同的分支。试验获得的PDCoV序列与韩国PDCoV毒株KNU14-04亲缘关系最近,同源性高达99.1%;与两株香港毒株HKU 15-44和HKU 15-155亲缘关系相对较远;③本试验建立的RT-PCR方法特异性强,仅能扩增出PDCoV,而对PEDV、TGEV、PKoV、PAstV、PRRSV及CSFV核酸无交叉扩增现象;④所建立的RT-PCR方法灵敏度高,将含扩增片段的重组质粒以1.0×106拷贝/μL为起始浓度依次10倍稀释至1.0×101拷贝/μL作为模板验证方法的灵敏度,结果表明所建立的方法对PDCoV最低可检出量为1.0×103拷贝/μL;⑤应用建立的RT-PCR方法检测了249份2012-2015年采集自江西省各地区的腹泻母猪粪便及腹泻仔猪粪便/肠道样本,结果显示腹泻样本中PDCoV的检出率为31.33%(78/249),母猪粪便中PDCoV的检出率(27.78%)稍低于仔猪粪便及肠道样品PDCoV的检出率(31.92%),最早可从2012年的样品中检测出PDCoV。【结论】试验成功建立了检测新现PDCoV的RT-PCR方法;应用所建立的RT-PCR方法检测了249份2012-2015年江西地区猪群临床腹泻样品中PDCoV存在情况,结果表明PDCoV是一种普遍存在于腹泻猪群中的病毒;研究建立的RT-PCR方法对猪群PDCoV的临床诊断和流行病学调查等具有应用价值。 相似文献
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【目的】旨在探究日粮中添加益生菌对猪流行性腹泻病毒(PEDV)—德尔塔冠状病毒(PDCoV)二联灭活疫苗免疫效果及宿主肠道微生物的作用。【方法】以42 d SPF级雌性昆明鼠为试验材料,以基础日粮为对照组(NC组),分别在基础日粮中添加EM益生菌(EM组)、枯草芽孢杆菌(Bac组)、乳酸杆菌(Lac组),在试验1和14 d,分别对小鼠免疫PEDV—PDCoV二联灭活疫苗,检测分析7,14,21,28 d小鼠血液中PEDV和PDCoV的中和抗体与血清免疫因子水平,16S rRNA高通量测序分析肠道菌群差异,以及肠上皮细胞绒毛、隐窝变化。【结果】(1)与对照组(NC组)相比,饲喂不同益生菌小鼠血清中PEDV和PDCoV的中和抗体水平均有不同程度提高,其中EM组小鼠血清中PEDV和PDCoV的中和抗体水平要明显高于其他组(P<0.01);(2)血清免疫因子表达量分析发现,EM组小鼠血清中TNF-α、IFN-γ、IL-1β、IL-5、IL-6、IL-10、CXCL1表达量均极显著高于NC组(P<0.01);(3)肠道形态结果显示,益生菌试验组回肠绒毛长度均显著大于NC组(P<... 相似文献
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大豆食心虫(Leguminivora glycinivorella mats.)是我国大豆产区的一种重要害虫。在幼虫防治中,当前主要通过成虫发生期性比预测幼虫发生确定田间防治适期,迅速、准确地鉴别大豆食心虫成虫雌雄,在生产上具有重要意义。据资料记载该虫雌雄成虫主要根据体色深浅,翅缓数目、腹部末端形状是否具有产卵管或抱握器和显著的毛束。自1983年以来,作者进一步作了一些观察、研究,发现一些新的特征可供鉴别雌雄。现报道如下。 相似文献
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为研究收获期的棉秆根部直径和土壤硬度对棉秆拉拔阻力的影响,为棉秆拔秆收获机械的设计和使用提供参考依据,在山东省无棣县棉花生产全程机械化示范基地进行了棉秆拔秆试验,采集了棉秆拉拔阻力、根部直径和土壤硬度的数据。试验结果表明:在较长时间跨度里,棉秆的拉拔阻力变化很大,呈先增大后减小的趋势。已采集的6批次数据中,第2批次(2014.12.26)棉秆拉拔阻力最大,单株棉秆最大拉拔阻力为1031.6N,平均拉拔阻力为679.0N;第6批次(2015.03.21)棉秆拉拔阻力最小,单株棉秆最大拉拔阻力达到471.1N,平均拉拔阻力为340.76N。对采集的数据进行的回归分析表明:同批次的棉秆拉拔阻力与棉秆根部直径成正相关关系,直线回归关系不显著;同批次的棉秆拉拔阻力土壤硬度成正相关关系,直线回归关系不显著。 相似文献
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为了探索鼠李糖乳杆菌的生长特性和最适培养条件,研究采用单因素试验设计,分别考察了温度、培养基初始p H值、供氧水平和培养周期等参数对鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus GG,LGG)菌体生长的影响。结果表明鼠李糖乳杆菌的最适生长温度为39℃、最适p H为6.0,适宜在低溶氧量的环境中培养。研究证实鼠李糖乳杆菌适宜在偏酸性的厌氧环境中生长,在39℃下培养6 h活菌量可达108.5cfu/m L,上述结果对于鼠李糖乳杆菌的规模化生产具有一定的指导意义。 相似文献
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为了建立猪胸膜肺炎放线杆菌(Actionbacillus pleuropneumoniae,APP)快速PCR诊断方法,试验依据APP的毒素基因Apx ⅣA的序列设计引物,对江西农业大学动物科学技术学院预防兽医学教研组保存的4个血清型APP菌株以及大肠埃希杆菌、沙门杆菌进行PCR扩增,同时对提取的4个血清型菌株的基因组DNA用EcoRⅠ酶切。结果表明:4个APP菌株均成功扩增出预期大小的基因片段,而其他G-菌没有扩增出;4个血清型菌株的基因组DNA经EcoRⅠ酶切后酶切片段有所不同。 相似文献
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为了解近年来江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)分子流行病学和其遗传变异情况,本次调查于2016-2017年从江西省各地区规模化猪场采集453份疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的病料,采用RT-PCR方法对所有病料进行检测。结果发现,其中321份病料为PRRSV阳性,阳性率为70.86%,各地区的阳性率在19.15%~84.85%之间。挑选14份阳性样品测序后,经ORF5基因序列分析,江西地区各PRRSV毒株ORF5基因的核苷酸同源性为83%~100%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性在59.9%~98.5%之间。基于ORF5基因的进化树分析表明,14个测序毒株均为美洲型毒株,其中有4株为基因亚型Ⅰ,即高致病性毒株(HP-PRRSV);3株为基因亚型Ⅱ,即经典毒株;3株为基因亚型Ⅲ,即NADC30-like毒株;4株为新出现的基因亚型Ⅳ。氨基酸序列比对分析表明,基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ毒株ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸在3个表位及2个重要的抗原相关区域存在较大变异,其中以NADC30毒株为代表的基因亚型Ⅲ毒株和以GD1404毒株为代表的基因亚型Ⅳ毒株均表现出独有的氨基酸变异,这些变异可能会影响GP5蛋白的免疫原性。本次调查结果表明,2016-2017年江西地区PRRSV流行出现了新形势,美洲型毒株出现了多基因亚型共同存在的局面,以高致病性毒株(HP-PRRSV)为主,NADC30-like毒株和新基因亚型等新毒株的比例较高,同时还存在经典毒株;持续实时监测PRRSV的毒株流行和变异情况,可为临床诊断、药物和疫苗开发及PRRS的科学防控提供依据。 相似文献