实时定量PCR技术及其在水生动物研究中的应用

多聚酶链反应(PCR)研究与应用的飞速发展使其成为分子生物学实验室重要的工具,实时定量PCR(Real-time quantitative PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术,该技术以其特异性强、灵敏度高、速度快、污染少等优点,促进了PCR技术的发展.实时定量PCR技术在水生动物研究中有着广泛的应用,目前主要集中在病原体检测、定量分析以及基因表达差异等方面.本文对实时定量PCR技术的原理、特点及5种主要的荧光化学作一介绍,对其目前在水生动物研究中的应用进行了概述,并探讨了该技术存在的问题和应用前景.     

鲤春病毒血症病毒基质蛋白基因的原核表达及多克隆抗体的制备

根据鲤春病毒血症病毒(SVCV)基因组序列(GenBank:NC_002803),人工合成M基因开放阅读框序列,克隆至原核表达载体pET-32a(+),转化工程菌株BL21 (DE3),在0.1 mmol·L-1 IPTG、37℃下诱导5h,获得高效表达的M蛋白,但其主要以包涵体的形式存在,经超声破碎、包涵体纯化后,再...     

不同生长时期凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病的检出与病原鉴定

随着集约化生产、养殖环境恶化,急性肝胰腺坏死病(AHPND)成为了当前制约对虾养殖效益的主要疾病之一。本试验以凡纳滨对虾不同生长时期的亲虾、虾苗、成虾作为研究对象,将对虾的肝胰腺进行初步富集后,采用荧光PCR和普通PCR的方法,检测样品中pirA^VP和pirB^VP毒素基因;对虾苗AHPND的病原进行分离鉴定、药敏试验和动物致病性试验。结果显示,在116份样品中检测到亲虾AHPND阳性3份,虾苗AHPND阳性7份,成虾AHPND阳性9份;从虾苗AHPND样品中分离纯化获得1株弧菌,经生化鉴定为副溶血性弧菌;16S rRNA系统发育树分析显示,该分离株与副溶血性弧菌聚为一类。药敏试验结果显示,该分离株对头孢西叮、头孢呋辛、复方新诺明等11种抗菌药敏感,对头孢噻吩耐药,对阿米卡星中介。动物致病性试验结果显示,健康凡纳滨对虾浸染1.8×10⁸ CFU/mL浓度的副溶血性弧菌菌液后,24 h内全部死亡,对虾的肝胰腺小管上皮细胞出现萎缩、变性、坏死等特征。本试验进一步掌握目前粤西地区不同生长时期凡纳滨对虾中AHPND的流行病学数据和...     

鱼病毒性神经坏死病病毒（VNNV）不同基因型鉴别方法的建立及在VNN检疫和监测中的应用

从GenBank中查找出乙型野田村病毒组中海水鱼类各病毒的序列,并用Sequencher多重序列比较软件将其分到条纹踢神经坏死病毒(striped jack nervous necrosis virus,SJNNV)组、条纹星鲽神经坏死病毒(barfin flounder nervous necrosis virus,BFNNV)组、红点石斑鱼神经坏死病毒(redspotted grouper nervous necrosis virus,RGNNV)组和虎斑东方纯神经坏死病毒(tiger puffer nervous necrosis virus,TPNNV)组4个基因型的组别中。用DNAsis序列比较软件比较同一基因型各基因序列之间的同源性,均在815％以上;不同基因型之间序列的同源性,均在66％以下。结合Premier引物设计软件和Sequencher序列多重比较软件,设计了4对引物,采用逆转录聚合酶链式反应(RT—PCR)来鉴别这4个不同的基因型。对从深圳口岸进境的产地为台湾的海水鱼苗和广东、福建两省养殖的主要海水鱼类进行检疫和监测,结果在进境的海水鱼苗中检出有RGNNV基因型的VNNV,在福建和广东省养殖的石斑鱼成鱼和鱼苗的病鱼体内均检测到RGNNV基因型的VNNV,对上述扩增产物基因序列进行比较,相似性均在96．5％以上,推导出的氨基酸序列与玛拉巴石斑鱼神经坏死病毒(MNNV)序列相似性均为100％。     

用逆转录多聚酶链式反应从凡纳对虾中检出传染性皮下组织和造血器官坏死病毒

传染性皮下组织和造血器官坏死病毒 (ＩＨＨＮＶ) ,是一种细小病毒 ,它能感染所有起源于中胚层和外胚层的对虾组织细胞[1] 。在许多养殖对虾的国家都有ＩＨＨＮＶ ,特别是中美洲国家和地区[2 ] 的对虾养殖业深受其害。随着各国间对虾贸易的急剧增长 ,ＩＨＨＮＶ地理分布范围日益广泛 ,迄今为止 ,已扩散到中国台湾、新加坡、马来西亚、泰国、印度尼西亚、澳大利亚、菲律宾、厄瓜多尔、秘鲁等国家和地区[2 -4] 。红额角对虾 (Ｐｅｎａｅｕｓｓｔｙｌｉｒｏｓｔｒｉｓ)、斑节对虾 (Ｐ .ｍｏｎｏｄｏｎ)、短沟对虾 (Ｐ .ｓｅｍｉｓｕｌｃａｔｕ…     

对虾白斑综合症病毒变性高效液相色谱检测方法的建立与应用

据对虾白斑综合症病毒(WSSV)的基因保守序列,使用Primer Explorer V3软件设计了2条引物,利用PCR的扩增产物,结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术,建立了一种对虾白斑综合症病毒的DHPLC快速检测方法。该检测方法特异性好,与传染性皮下和造血器官坏死病毒、斑节对虾杆状病毒、肝胰腺细小病毒、对虾杆状病毒以及对虾基因组DNA无交叉反应;检测灵敏度较高,约为10-5ng/μL,高于常规PCR及荧光定量PCR的灵敏度。用建立的DHPLC方法对100尾对虾样品进行了临床检测,结果与荧光定量PCR检测结果一致。WSSV的DHPLC检测方法,特异性强、灵敏度高,是对WSSV进行有效检测的一种新方法。     

我国水产苗种产地检疫存在问题及对策

为规范水产苗种产地检疫,2011年3月17日,农业部关于印发《鱼类产地检疫规程（试行）》等3个规程（以下简称规程）的通知,我国水产苗种产地检疫进入了实施阶段,然而,已经落后陆生动物的产地检疫30多年。我国的苗种的产地检疫,主要依托水产技术推广、水产病害防治中心（水生动物防疫站）和水产研究所等单位开展。对此,各地党政领导重视程度、机构设置与管理及养殖水平、防疫水平、地理位置、经济实力等方面存在较大差异。本文针对产地检疫中行政管理、监督执法和技术服务三位一体存在的问题,谈谈开展水产苗种产地检疫的对策。     

病毒性出血性败血症病毒液相芯片检测技术的建立

为建立检测病毒性出血性败血症病毒（VHSV）的液相芯片快速检测技术,用DNAStar软件对GenBank中VHSV的G基因进行序列分析,设计VHSV特异性引物并标记生物素。探针氨基化修饰并与荧光编码微球偶联后与VHSV RT-PCR产物杂交反应,用液相芯片仪器检测荧光信号。结果表明液相芯片检测体系能够正确检出VHSV。病毒核酸的最低检出量为10pg,检测特异性高,说明初步建立了检测VHSV的液相芯片技术,为VHSV的检测提供了新方法。     

鲑鱼甲病毒病研究进展

1疾病概述
　　冷水鲑科鱼类价格昂贵,是世界三大养殖鱼类之一,主要分布于欧洲和北美。目前我国的鲑科鱼养殖以虹鳟（Oncorhynchus mykiss）为主,年产量占世界总产量的1％以下,每年需要进口大量的鲑鱼,尤其是大西洋鲑鱼（Salmo salar ）［1-2］,鲑鱼甲病毒病对于我国的鲑科鱼养殖具有潜在的威胁。     

牙鲆弹状病毒环介导等温扩增检测方法的建立与应用

建立了牙鲆弹状病毒的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,首先根据牙鲆弹状病毒的糖蛋白的基因保守序列,利用Primer Explorer V3软件设计了6条引物,并对LAMP反应温度和反应时间等条件进行了优化。该方法的检测限为30fgRNA,比常规RT-PCR灵敏度高100倍,与鲤春血症病毒、传染性胰脏坏死病毒、传染性造血器官坏死病毒、海洋双RNA病毒、病毒性出血败血症病毒以及病毒性神经坏死病毒等没有交叉反应。该方法检测时间短,在1h内即可完成检测。用建立的LAMP方法对临床鱼样进行了检测,结果表明40尾石鲽鱼样品中有3尾感染HRV,与病毒分离结果一致,说明LAMP方法比较适合牙鲆弹状病毒的早期及现场诊断。