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目的探讨基于单核苷酸多态性(SNP)的甘肃省鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的基因分型及其地区分布特征。方法选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌, 培养并提取基因组DNA, 进行Illumina PE150二代测序, 鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点, 采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征, 并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点, 其中, 基因间区位点28个, 非同义突变位点43个, 同义突变位点31个, 无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群, 分别为古典型(1.IN2、3.ANT), 中世纪型(2.MED)。其中, 35株属于1.IN2群, 13株属于3.ANT群, 4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇, 肃南县马蹄乡、大河乡, 夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马... 相似文献
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目的研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因分型分布及其流行特征。方法根据鼠疫菌基因组23个差异区段设计引物,采用PCR技术,分析甘肃省202株不同来源的鼠疫菌。结果202株鼠疫菌共分为8个基因型,即1b、5、7、8、13、26、GSl型(新基因型)和GS2型(新基因型)。自20世纪60年代起至今分离到1b、8和GSl基因型,而自1977年后再未分离到7、13、26基因型,在1995年后才分离到GS2、5基因型。结论甘肃省lb、8和GSl基因型鼠疫菌自20世纪60年代起持续流行至今,7、13和26基因型菌已有40余年未分离到,而GS2和5基因型菌自20世纪90年代才开始流行。 相似文献
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目的 研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)位点多态性及地区分布。方法 选取1962-2014年分离的203株鼠疫菌,培养并提取DNA。采用3对CRISPR引物对菌株DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行测序。根据菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况,确定菌株的基因型(类群),采用BioNumerics 5.10软件进行聚类分析。结果 203株鼠疫菌发现有16种间区序列,包括YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种,发现新的间区序列a1''。共发现5个CRISPR基因簇,分别为Cb2、Ca7、Ca7''、CaΔ5''、Ca35''。不同的基因簇呈现区域性特征:Cb2主要分布在会宁县、平川区,Ca7主要分布阿克塞哈萨克族自治县;Ca7''主要分布在夏河县;Ca35''主要分布肃北蒙古族自治县、玉门市;CaΔ5''主要集中在肃南裕固族自治县。结论 CRISPR分子分型方法能够较好地区分甘肃省不同疫源地的菌株,且各基因簇呈现一定的区域性特征。对研究甘肃省鼠疫菌进化规律和人间疫情分子生物学溯源有一定意义。 相似文献
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目的评价鼠疫菌检测技术在鼠疫实际监测工作的应用效果。方法分别用细菌培养、反向血凝、金标、PCR和ELISA方法检测染疫动物脏器材料F1抗原,比较了不同方法在实际监测工作中的差异。结果细菌培养、ELISA、R IHA、PCR、金标阳性检出率分别为4.68(、8.19(、15.79(、15.20(、14.62(;以标准值为对照,敏感度和特异度分别为细菌培养:敏感度36.4%、特异度100%;ELISA敏感度63.6%、特异度100%;R IHA敏感度72.7%、特异度92.6%;PCR敏感度95.5%、特异度96.6%;金标敏感度81.8%、特异度95.3%。结论细菌培养在实际应用中,受到材料腐败程度影响较大,但能培养出鼠疫菌。反向血凝在应用中以其方便、迅速且成本较低,在大范围的疫源监测中起到重要作用。胶体金法在应用中简单、准确、便捷,适用于现场操作。PCR技术在非典型鼠疫菌的检测中意义重大[1]。ELISA技术方便、快捷、特异性强,但对材料要求较高。 相似文献
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目的明确甘肃鼠疫疫源不明地区是否存在鼠疫自然疫源地,研究提出防控对策。方法以自然地理景观和宿主动物为指标,分别开展鼠疫自然疫源地构成条件调查;针对不同地区的特点,研究相应的防控对策。结果甘南高原疫源不明区应是青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分;中部黄土高原疫源不明区没有发现鼠疫动物病的流行迹象;东部黄土高原疫源不明区不存在长爪沙鼠鼠疫自然疫源地,很可能也不存在阿拉善黄鼠鼠疫自然疫源地。结论甘南高原鼠疫疫源不明区建议采取喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地控制策略;中部黄土高原鼠疫疫源不明区防控对策主要以防止历史疫区的死灰复燃,以及周边旱獭疫情的传入和波及为主;东部黄土高原疫源不明区鼠疫防控的主要任务是防止周边长爪沙鼠疫情的传入和波及。 相似文献
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甘南玛曲县及其周边地区鼠疫自然疫源性调查结果 总被引:1,自引:0,他引:1
目的调查玛曲及其周边地区是否存在鼠疫自然疫源地.方法对自然景观、宿主动物、传播媒介等进行现场调查,对所获材料进行血清学和细菌学检验.结果未检出IHA阳性血清,未分离出鼠疫菌,检出3份RIP阳性血清,但该地区自然景观及主要宿主动物分布和媒介蚤构成表明当地具备鼠疫自然疫源地存在的基本条件.结论玛曲及其周边地区可能存在鼠疫自然疫源地,建议加强监测,及时发现和控制疫情. 相似文献
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甘肃省现已判定8个旱獭鼠疫疫源县,面积达73 361.8 km2。河西祁连山-阿尔金山旱獭疫源地动物间疫情持续猛烈流行,人间鼠疫疫情时有发生。为了防止动物间疫情波及到人间或者染疫动物远距离运输后,造成远距离传播,导致疫情大范围爆发流行,避免给人民生命财产安全造成严重损失,通过设立检疫卡、出台禁止猎捕旱獭条例、加强宣传教育等措施,在 相似文献