多重RT-PCR快速检测鉴别H7亚型禽流感病毒方法的建立

目的参考AIVM基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可以检测所有亚型AIV,跨幅244bp;XZH7-1和XZH7-2为H7亚型特异性引物,跨幅634bp。利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别H7亚型AIV的多重RT-PCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术对H7亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244bp和634bp的cDNA片段,对其他亚型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其他常见禽病病原无特异性扩增,结果为阴性;该多重RT-PCR对AIVRNA的最低检出量为1pg,对H7亚型AIVRNA的最低检出量为10pg。     

多重聚合酶链反应快速检测嗜水气单胞菌和爱德华菌

目的根据嗜水气单胞菌株和爱德华菌株16S rDNA基因的结构特点,设计合成了二对引物XZAH3、XZAH4和XZE7b、XZE8,建立了一种同时检测鉴别嗜水气单胞菌株和爱德华菌株的多重PCR技术。试验结果表明,用这两对引物对嗜水气单胞菌和爱德华菌株进行多重PCR,嗜水气单胞菌株只扩增出361bp一条带,而爱德华菌株只扩增出576bp一条带,而对其他鱼病病原的扩增不出现任何条带,结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重PCR最低能检出10pg的嗜水气单胞菌株、爱德华菌株的DNA模板。     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测

目的建立一种鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测方法。方法根据已发表的结核分枝杆菌23SrRNA和牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成了两对可扩增结核分枝杆菌和牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,建立二重PCR快速检测结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的方法,测定其特异性和敏感性,并对238份牛临床样品的DNA分别进行了检测。结果该方法对牛分枝杆菌能扩增出838bp和631bp的特异性基因片段,结核分枝杆菌只扩增出838bp基因片段而扩增不出631bp的特异性基因片段,对参试的其它牛菌株的DNA扩增结果均为阴性。敏感度检测可达到50pg的DNA含量。临床样品检测结核分枝杆菌阳性有21份,牛分枝杆菌阳性有1份,其它临床样品扩增结果全部为阴性。结论本方法可作为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

贝类奥尔森派琴虫实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立一种快速、灵敏、特异的用于检测贝类奥尔森派琴虫的实时荧光定量PCR方法。方法根据基因库中奥尔森派琴虫的基因保守序列,设计合成1对引物和1条TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,对采自广西沿海的49份贻贝标本进行检测,并与常规PCR比较。结果建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达20个拷贝,比常规PCR灵敏度高100倍。49份贻贝标本的阳性率为16.3%,检测的奥尔森派琴虫基因组DNA含量为2.38×10^6～9.21×10^2拷贝/μl。结论建立的荧光定量PCR方法可以用于贝类奥尔森派琴虫感染的快速检测。     

多重反转录聚合酶链反应快速检测鉴别H9亚型禽流感病毒方法的建立

目的参考AIV M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可以检测所有亚型AIV,跨幅244 bp;XZ H9-1和XZ H9-2为H9亚型特异性引物,跨幅488 bp。方法利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。结果与结论特异性和敏感性试验结果表明,该技术对H9亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244 bp和488 bp的cDNA片段,对其他亚型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其他常见禽病病原无特异性扩增,结果为阴性;该多重RT-PCR的通用引物对AIV RNA的最低检出量为1pg,对H9亚型RNA的最低检出量为10 pg。     

3株H9N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因组序列的测定与分析

目的对3株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因序列的测定与分析。方法根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的全基因序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株H9N2亚型AIV广西地方分离株A/Chick-en/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/00的全基因序列,并对所得序列进行了比较分析。结果同源性分析及遗传进化分析发现,所分离的3个毒株的各基因与A/Chicken/Guangdong/4/00和A/Chicken/Jiangsu/1/00的相应基因的核苷酸序列有着较高的同源性和较近的亲缘关系,可能起源于同一种系。所分离毒株中每个毒株的8个基因,在遗传进化树上的分支不具有统一性,说明此3个毒株可能为不同基因亚系间发生自然重排的产物。氨基酸序列比较发现,A/Chicken/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/003株AIV的na基因核苷酸序列在开放性阅读框架的187～195位均缺失了ACAGAGATA共9个核苷酸,它们所编码的氨基酸为T、E、I。3个分离株的HA蛋白第226位氨基酸均为Gln,证明它们为人类非易感性的H9N2亚型AIV。结论此3株H9N2亚型流感病毒为基因自然重排的产物,其na基因均存在缺失,且从分子水平上证明它们对人类不具有易感性。     

多重反转录聚合酶链反应检测H5亚型禽流感病毒方法的建立

目的根据A型AIV的M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可检测所有A型AIV,跨幅为244bp;XZH5-1和XZH5-5为H5亚型AIV特异性引物,跨幅为860bp。通过对多重RTPCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H5亚型AIV多重RTPCR。该多重RTPCR对H5亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段,对其他A型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其它常见禽病病原则无244bp和860bpcDNA片段出现。该多重RTPCR对H5亚型AIVRNA最低检出量为10pg。该多重RTPCR对AIV人工感染鸡临床样品和鸡胚分离物进行检测,结果其检出率为100%。     

H9亚型禽流感病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

目的根据环介导等温扩增技术（LAMP）,建立了一种适用于H9亚型禽流感病毒（AIV）的逆转录环介导等温扩增（RT-LAMP）快速检测方法。方法根据GenBank中的H9亚型AIV血凝素（HA）基因序列,在保守区设计了一套针对HA基因8个区域的6条特异性引物,并对反应条件进行优化。结果结果表明该方法对H3、H5、H7亚型AIV及其它禽呼吸道病原体均无扩增反应,并可通过反应液是否有沉淀或向反应液中加入荧光染料来对结果进行可视化观察;扩增反应只需要在常规水浴锅中进行,50min之内可完成反应;该方法对H9亚型AIV RNA的最小检测限为0.01pg,灵敏度是一步法RT-PCR方法的1 000倍。结论本研究建立的RT-LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,适合在基层进行H9亚型AIV的快速检测。     

多重PCR快速检测鉴别牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的研究与应用

目的利用多重PCR方法建立一种同时快速检测鉴别牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的方法。方法根据牛布鲁氏菌具有种特异性的BCSP-31K基因和牛分枝杆菌23SrRNA，设计并合成了两对分别扩增牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的特异性引物，建立了多重PCR同时快速检测鉴别以上两种病原体的方法。其扩增片段大小牛布鲁氏菌为311bp、牛分枝杆菌为838bp。对所建立的多重PCR方法进行特异性试验和敏感性试验。并应用所建立的方法对临床样品进行检测。结果该多重PCR方法对所有供试的牛布鲁氏菌都能扩增出311bp，结核分枝杆菌都能扩增出838bp目的片段，对其它参试牛的菌株则无311bp和838bp条带，该多重PCR方法对牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的DNA最低检出量为10pg。305份临床样品中10份牛奶样品为牛布鲁氏菌阳性，41份包括36份PPD阳性鼻粘液样品、3份PPD可疑鼻粘液样品和2份PPD阳性牛奶样品为牛分枝杆菌阳性，其余样品均为阴性。