高等中医药院校《物理化学》网络教学平台的建设与实践

《物理化学》对高等中医药院校药学类专业学生来说,是必需学习和掌握的一门综合性、抽象性和实验性较强的课程,为此建设并开展实施了《物理化学》网络教学平台。该平台主要通过在线学习和在线测试辅助理论课和实验课教学,借助平台可图文并茂地展示复杂的理论知识点,可弥补实验设备条件的不足,更生动、形象、准确地向学生教授知识,具有较强的实用性和人性化特征,对于学生后续专业课程的学习以及培养学生的科研能力等方面发挥积极影响。     

贯叶连翘有效成分金丝桃素与HIV逆转录酶相互作用的研究

采用理论计算化学分子动力学模拟方法研究金丝桃素的分子结构,并从分子水平上研究金丝桃素与HIV逆转录酶的相互作用,建立了酶-抑制剂复合物模型,分析可能的相互作用关系和作用机理．研究结果表明,金丝桃素分子结构具有刚性特征．金丝桃素与HIV逆转录酶以氢键相互作用和Ⅱ-Ⅱ相互作用结合．     

新型室温熔盐二(三氟甲基磺酸酰)亚胺锂-乙酰胺体系的谱学研究

从分析二(三氟甲基磺酸酰)亚胺锂(LiTFSI)与乙酰胺形成熔盐的作用机制出发,通过红外和拉曼光谱的谱学分析并应用非局部密度泛函方法进行量化计算来对二者的相互作用进行了讨论.发现乙酰胺通过Li—O键与LiTFSI中Li+配位而破坏了LiTFSI的离子键,形成很大的配位阳离子,且正电荷被屏蔽在乙酰胺分子中;而TFSI-离子中电荷的部分离域导致电荷被终端—CF3基团屏蔽在整个分子中,这样两个大的阴阳离子间的库伦作用很弱;同时Li—O配位也导致乙酰胺分子间的氢键断裂,因而室温下体系以液体状态稳定存在.     

金丝桃素分子结构及其与HIV病毒蛋白酶作用的分子动力学研究

采用用计算化学方法研究金丝桃素分子结构特征, 并用分子动力学方法研究其与HIV蛋白酶的相互作用, 探讨其可能的抗HIV病毒作用机理. 结果表明, 金丝桃素分子结构具有刚性特征, 与HIV蛋白酶在酶的催化活性位点与ASP-A25 and ASP-B25以氢键作用相结合.     

小檗碱质谱碎片离子稳定性分析及碎裂机理的量子化学研究

用量子化学B3LYP/6-31G(d)方法, 研究了小檗碱质谱碎片离子的稳定性规律. 通过几何参数分析、 结合能计算和前线分子轨道分析, 研究碎片离子可能的活性部位及各部位相对反应活性, 并从理论上探讨了质谱碎裂机理. 结合能计算结果表明, 分子离子中C9所连甲氧基的C—O键比C10所连甲氧基的C—O键更容易断裂. 同时发现, 质谱碎裂过程中, 氢的解离促进了羰基的解离, 即质谱中常见的解离CO的过程.     

4-苄基哌啶类拮抗剂选择性识别hCCR3的分子模拟

以牛视网膜紫质X射线衍射晶体结构为模板, 参考定位突变实验数据, 采用配体支持同源模建(Ligand-supported homology modeling)方法构建了拮抗剂键合(Antagonist-bound)的人类趋化因子受体hCCR3和hCCR1的三维结构模型. 将一系列1,4-二取代哌啶类拮抗剂分别对接进优化后的hCCR3和hCCR1模型中, 以配体在hCCR3中的结合自由能理论值对-lgIC₅₀值进行线性回归, 确定性系数r²为0.94. 分析对接结果发现, 配体主要通过疏水芳香作用与hCCR3结合, 而4-苄基哌啶类拮抗剂对hCCR3产生选择性的主要原因在于配体的哌啶环与hCCR3中Tyr255(TM7)的苯酚侧链产生面对面的范德华作用, 而且hCCR3中处于结合口袋的EL2区的疏水性也为拮抗剂对hCCR3的选择性做出了贡献.     

不同碳源掺杂的二氧化钛光催化活性研究

采用树脂、葡萄糖作为碳源,掺杂在钛酸四丁酯中,水解后经过独特的煅烧过程,成功合成碳掺杂的TiO2纳米粒子。通过X射线衍射、扫描电镜、氮气吸附等技术对其进行表征。在可见光与紫外光下降解罗丹明B的实验表明,合成的碳掺杂的TiO2在可见光以及紫外光下均显示了较高的催化活性。     

六钼酸盐有机胺杂化衍生物与SARS-CoV 3CLpro相互作用的分子动力学模拟

采用分子动力学模拟方法, 在分子水平上探讨六钼酸盐有机杂化衍生物潜在的抗SARS病毒活性. 3CLpro主蛋白酶是冠状病毒复制和转录过程中起关键作用的功能蛋白, 因此采用SARS-CoV 3CLpro作为靶标进行抗SARS病毒的药物设计. 使用Insight II软件包中的Biopolymer, Discover 3, Profile-3D和Affinity等模块, 研究 POMs/3CLpro相互作用的结合位点和作用性质. 研究其能量变化规律, 探讨了多酸化合物对SARS病毒可能的抑制机理. 研究结果表明, POMs与3CLpro在酶的催化活性位点处有较强的结合力. 形成的复合物主要以静电相互作用相结合, 氢键相互作用对复合物的相对稳定性有一定影响. 对于POMs/3CLpro复合物, 有机胺基团取代的POMs所带负电荷比未取代体系的高, 比3CLpro的结合能更高, 这与POMs的相关量子化学计算结果吻合.