An Optimized Protocol for DNA Extraction from Wheat Seeds and Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) to Detect Fusarium graminearum Contamination of Wheat Grain

A simple, rapid, and efficient method for isolating genomic DNA from germinated seeds of wheat that is free from polysaccharides and polyphenols is reported. DNA was extracted, treated with RNase, measured and tested for completeness using agarose gel electrophoresis. DNA purification from wheat grains yielded abundant, amplifiable DNA with yields typically between 100 and 200 ng DNA/mg. The effectiveness and reliability of the method was tested by assessing quantity and quality of the isolated DNA using three PCR-based markers. Inter-simple sequence repeats (ISSRs) were used to assess the genetic diversity between different wheat varieties. Specific PCR primer pair Tox5-1/Tox5-2 and a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) procedure were used to detect genomic DNA of Fusarium graminearum in contaminated wheat seeds. In this method there is no need to use liquid nitrogen for crushing germinated seedlings. The protocol takes approximately one hour to prepare high quality DNA. In combination with the LAMP assay it is a fast and cost-effective alternative to traditional diagnostic methods for the early detection of toxigenic fusaria in cereals.     

Moodle平台的建设及扩展

随着现代教育技术的不断发展,网络教学已经成为当前教学中的一种主要的教学方式。利用开源的教学系统搭建网络教学平台,并根据自身的实际需求进行二次开发及扩展可以满足更多个性化的需要。Moodle是全球著名的开源课程管理系统,广泛应用于全球各大高校的网络教学中,文章主要对Moodle网络教学平台的搭建方法及扩展方式进行了论述。     

环介导等温扩增技术检测食品中酸土环脂芽孢杆菌

目的：利用环介导等温扩增技术建立食品中酸土环脂芽孢杆菌快速检测方法。方法：针对酸土环脂芽孢杆菌16S序列设计特异引物,再优选反应体系,用显色法检测实验结果。结果：该方法能够在63 ℃条件下1 h内检出食品中酸土环脂芽孢杆菌,所设计的引物有良好的特异性;灵敏度达6.7 CFU/mL（弱阳性）。结论：该方法具有高效、特异性强和敏感性高等特点,可满足酸土环脂芽孢杆菌快速检测筛选的要求。     

乳品中肠球菌LAMP快速检测方法的建立及应用

应用环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP),针对肠球菌16sRNA中高度保守的序列分析设计特异性引物,建立乳品中肠球菌特异性快速检测方法。结果表明,所设计的引物具有良好特异性,10株肠球菌均能扩增出特异性片段,而14株非肠球菌均未扩增出相应片段,无假阴性或假阳性情况出现。同时,该方法可在14 h内完成检测,且阳性LAMP反应所需目标菌DNA浓度仅为10 fg/μL。应用本方法对164份婴幼儿配方乳粉的检测结果显示,共在37个批次中检出肠球菌,检出率为22.6%,污染量在0.36~110 g-1(最近似值)间。该方法为肠球菌的快速检测提供了一种重要的技术手段。     

环介导等温扩增技术快速检测食品中变形杆菌的研究

采用环介导等温扩增(LAMP)技术,快速检测食品中的变形杆菌。以变形杆菌(CMCC49027)的atpD基因作为靶序列,设计内、外引物,通过肉眼观察白色沉淀,判断检测结果。共对11株致病菌进行特异性实验。结果表明,变形杆菌为阳性,其他10株菌为阴性。采用FTA滤膜制备模板进行LAMP反应,其方法的灵敏度为6.4×102CFU/mL。利用LAMP技术直接检测人工污染的肉制品中的变形杆菌,其检出限为3.6×103CFU/g。本实验所建立的快速检测变形杆菌的LAMP检测方法具有较高的特异性和敏感性,能够满足变形杆菌快速检测的需要。     

叠氮溴乙锭-环介导等温扩增法快速检测空肠弯曲菌活菌

目的建立叠氮溴乙锭(ethidium monoazide bromide, EMA)-环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)快速检测空肠弯曲菌活菌的方法。方法以空肠弯曲菌mapA基因为检测靶基因,纯培养物提取模板进行LAMP反应,检测空肠弯曲菌LAMP灵敏度、EMA曝光照射时间试验和使用浓度试验。结果空肠弯曲菌LAMP检测灵敏度为800 CFU/mL;曝光照射时间为5 min; EMA终浓度50μg/mL以下时不会抑制空肠弯曲菌活菌的DNA扩增,终浓度为1μg/mLEMA能有效抑制4×10~4CFU/mL空肠弯曲菌死菌扩增; 1%活菌混合体系中EMA-LAMP检测结果为阳性。结论 EMA-LAMP方法能有效快速检测空肠弯曲菌活菌。     

花椰菜花叶病毒CaMV 35S启动子LAMP检测方法的建立

针对花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子的保守序列设计特异性引物,并进行条件优化,建立CaMV35S启动子的LAMP检测方法。该方法具有良好的特异性,检测灵敏度可达0.002%。对80份各类植物及其加工品进行检测,检测结果与实时荧光PCR法完全相符。CaMV35S启动子的LAMP检测方法,在检验检疫行业和食品加工业具有广阔的应用前景,对于加强转基因产品检测监管,促进进出口贸易具有重要意义。     

环介导等温扩增法检测转基因玉米NK603

针对转基因玉米的特异基因(GenBank accession number AX342369)设计引物,建立转基因玉米NK603品系特异性基因环介导等温扩增方法。对该方法进行特异性、灵敏度分析。结果表明:LAMP法检测转基因玉米NK603品系成分特异性强、灵敏度高、定性检出限为0.1%。该方法快速、简便,可在作物转基因筛查中推广使用。     

桶装水中铜绿假单胞菌检测方法的比较

分别采用传统国标GB/T 8538-2008方法、基于OprL基因的PCR方法和环介导等温扩增(LAMP)方法检测桶装水中的铜绿假单胞菌,比较三种方法的检测效果.结果显示,采集的46份市场水样中,用传统GB8538-2008方法检出了3份阳性样品,检出率为6.5％,检测时间至少2天;而PCR和LAMP方法都检出4份阳性...     

环介导等温扩增技术快速检测变形杆菌属的研究

建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测变形杆菌属(Proteus)的方法——环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。通过对GenBank中变形杆菌属atpD基因序列(AX109601)进行分析,设计了6条引物(2条内引物、2条外引物、2条环引物),在Bst大片段聚合酶的作用下,对模板DNA进行梯状等温扩增,产生白色沉淀,并且优化LAMP的反应体系,检验其灵敏性与特异性。扩增产物用限制性内切酶Psp1406Ⅰ(AclⅠ)酶切,观察酶切片段大小,验证方法的正确性。结果表明,该方法在61℃保温50 min即可完成,最低检测限为5.4 CFU/mL,灵敏度高于常规PCR 10倍。对其它食品病原菌进行检测,结果均未出现目的条带。表明LAMP法检测变形杆菌属灵敏度高、特异性好,操作简便,无需特殊的仪器设备,有恒温加热设备就可以满足检测条件,极适合在我国广大基层实验室开展应用。